Первые сражения с Тайра Минамото проиграли. Сначала было поражение на реке Удзи, недалеко от Киото. Претендент на японский престол принц Монтихито и выступивший на его стороне Минамото-но Ёримаса были убиты. Разделавшись с принцем и предчувствуя грядущие неприятности со стороны Минамото, Киёмори спешно отдал приказ о поимке Ёритомо. Но исправить ошибку двадцатилетней давности ему не удалось. Ёритомо со своими отрядами выступил против Тайра летом 1180 года и потерпел поражение в сражении при Исибасияме. Ёритомо бежал в Камакура, где основал свою ставку. Собрав через некоторое время 200-тысячную армию, Ёритомо исправил положение и одержал победу при Фудзигава в провинции Суруга (современная префектура Сидзуока). С этого времени неудачи у Тайра следовали одна за другой. Минамото-но Ёритомо вместе с братьями Нориёри и Ёсицунэ в период с 1180 по 1183 год окончательно овладели восточными территориями и нанесли Тайра еще несколько поражений.

В 1183 году двоюродный брат Ёритомо Минамото-но Есинака, грубый провинциальный самурай из Синано (современная префектура Нагано), мечтавший о главенстве не только в роде Минамото, но и в Японии в целом, самостоятельно выступил против Тайра и наголову разбил их войска в северной части Центральной Японии. Через некоторое время Есинака приблизился со своей дружиной к Киото. Тайра бежали из столицы вместе с шестилетним императором Антоку. Минамото-но Ёритомо воспользовался бегством из столицы императора и провозгласил новым правителем Японии Го-Тоба (Готоба), которому было тогда три года. Утверждение нового императора было вполне логичным, так как бежавший властитель, по законам феодальных времен, автоматически терял свое место. После вступления в Киото войск Минамото между Ёритомо и Есинака начали расти отчуждение и подозрительность. К тому же Есинака со своими людьми начал разорять город и поднял мятеж против главы рода. Но внутренние распри на общий ход событий существенного влияния не оказали. Посланные против мятежников войска Нориёри и Ёсицунэ в конце февраля 1184 года разбили отряд Есинака. Сам Есинака погиб в завершающей схватке с самураями Ёритомо в окрестностях Киото.

Минамото-но Ёритомо

Фудзивара Таканобу. 1179

Битва при Ясима

Фрагмент росписи ширмы XVII в.

После подавления мятежа Нориёри и Ёсицунэ повернули свою армию против Тайра. Вслед за стремительным маршем они нанесли в марте 1184 года еще одно крупное поражение Тайра, разбив их при Итинотани в провинции Сэцу (поблизости от современного города Кобэ). Вытесненные на запад Тайра и их вассалы в течение последующего года лихорадочно собирали оставшиеся в их распоряжении силы. В марте 1185 года Тайра постигла новая неудача — Ёсицунэ предпринял удачную атаку против крепости Ясима на острове Сикоку и взял ее почти без потерь. Тайра бежали еще дальше на запад, преследуемые воинами Ёсицунэ. Приближалось последнее сражение между кланами Тайра и Минамото.

25 апреля 1185 года в южной части Хонсю около приморского населенного пункта Данноура (современный город Симоносэки префектуры Ямагути) встретились два враждебных флота. Произошла крупная морская битва. Моральный и численный перевес в кораблях и боевых лодках был на стороне воинов Минамото. В схватке, как всегда, смелостью и ловкостью отличился Ёсицунэ. В легендах отмечается, что он перепрыгивал с одного корабля на другой. Тайра были полностью разбиты. Все главные фигуры сражения, выступавшие на стороне Тайра, либо погибли в бою, либо совершили самоубийство. В водах Внутреннего японского моря утонул император Антоку которому тогда было восемь лет. Полагают, что вместе с Антоку на морское дно ушли и императорские регалии — священные драгоценности и меч, но позже ларец с драгоценностями удалось найти.

Последующие годы после разгрома клана Тайра приверженцы Минамото потратили на борьбу за окончательный захват власти и вытеснение с политической и экономической арены хэйанской (киотоской) придворной аристократии.

В конце 1180-х — начале 1190-х годов Минамото-но Ёритомо стал полновластным хозяином Японии. Все Тайра были уничтожены. Из клана Минамото ему практически никто не мог составить конкуренции. Единственным человеком, в ком Ёритомо видел опасного соперника, был его младший брат Ёсицунэ. Пока шла война с кланом Тайра, Минамото-но Ёритомо нуждался в верных соратниках и талантливых полководцах. Уже в ходе войны Ёритомо начал опасаться популярности Ёсицунэ. После окончания военных действий в стане победителей началась борьба за власть. Ёсицунэ был видной и популярной фигурой минувшей войны. От таких людей всегда исходит опасность для правителей, так как они знают себе цену, обладают собственным мнением, организаторскими и полководческими способностями, их любят друзья и поддерживают сторонники. Поэтому отношения с Ёсицунэ, гениальным стратегом и героем войны 1эмпэй, в которой почти все победы принадлежали ему, ухудшались из-за личной неприязни до тех пор, пока неблагодарный Ёритомо не заклеймил его как бунтовщика и противника двора. Ёсицунэ вынужден был скрываться сначала в Киото, а затем снова бежать на северо-восток Японии в провинцию Муцу и искать пристанища в клане Осю Фудзивара у Фудзивара-но Хидэхира в городе Хираидзуми.

Старик Хидэхира, как и прежде, любил Ёсицунэ и покровительствовал ему. Страдая от тяжелой болезни, перед смертью, Хидэхира завещал передать управление армией и провинцией Ёсицунэ. Вопреки воле покойного, главой клана себя провозгласил его второй сын Фудзивара-но Ясухира. Затем, в соответствии с приказом императора, рукой которого водил Ёритомо, угрожавший клану нашествием, Ясухира напал на Ёсицунэ и преданных ему воинов около реки Коромо, в одном из поместий Фудзивара (современная префектура Иватэ). Это произошло весной 1189 года. В неравной схватке все самураи Ёсицунэ погибли. Кго верный вассал Бэнкэй исполнил свой долг до конца. С нагината (алебардой) к руках он защищал от врагов дом, в котором находился его господин. Ёсицунэ в это время, убив двадцатидвухлетнюю жену и четырехлетнюю дочь, совершил самоубийство в соответствии с традициями японских воинов путем харакири, вспоров себе живот малым самурайским мечом. И только когда Бэнкэй погиб, пораженный десятками стрел, недруги полководца смогли ворваться в комнату, где они увидели мертвого Ёсицунэ. Голову героя в черной лаковой кадке, наполненной хорошим сакэ, вассалы Ясухира отвезли Ёритомо. Эти события увековечили Ёсицунэ в легендах как одного из самых трагических героев Японии. Ёсицунэ стал постоянным персонажем драм в театрах Но и Кабуки. Самоубийство Ёсицунэ, тем не менее, не спасло род Фудзивара от военного нашествия сил Минамото и введения на территории, принадлежащей Фудзивара, его непосредственного правления. Исполнитель воли Ёритомо Ясухира прожил после самоубийства Ёсицунэ не долго, пав от руки своего же вассала-предателя.