Стасов был горячим почитателем таланта Елены Дмитриевны (не меняя в то же время своего мнения о ее брате). Он долгое время состоял с ней в переписке и в мае 1900 года в журнале «Искусство и художественная промышленность» опубликовал ее биографию.

«Она далеко не успела всего того, — писал Стасов, — к чему, казалось бы, способна ее натура, к чему приготовила ее горячая любовь к России, к русскому народному творчеству, к русскому художественному содержанию и красоте, но сделанное ею так оригинально, так могуче, так своеобразно и ново, что, наверное, никогда не погибнет и навсегда останется памятником несравненного русского женского творчества XIX века. Раньше нее ни одна русская женщина не задумывала и не выполняла в художестве того, что она задумала и выполнила. Она показала, чего еще можно и должно ждать от будущих русских женщин-художниц».

А в декабре 1902 года умерла Маша Якунчикова; умерла совсем молодой, ей едва исполнилось тридцать два года. Последние десять лет она жила за границей: у нее открылся туберкулезный процесс, и она проводила зимы в Париже, а летние месяцы — в Швейцарии. Осенью 1896 года она вышла замуж за доктора Вебера. С этого времени ее работы экспонируются под двойной фамилией: Якунчикова-Вебер.

Она очень болезненно восприняла весть о смерти Елены Дмитриевны, но вот и самой ей недолго осталось жить. Она ушла вслед за Еленой Дмитриевной, которая была ее ближайшим другом, пережив ее всего на четыре года.

А в сентябре 1899 года был арестован Савва Иванович Мамонтов. Он стал жертвой дворцовых интриг между министром финансов Витте, протежировавшим ему, и министром юстиции Муравьевым. Поленов был сражен этим несчастьем, он очень любил Савву Ивановича, да он был и родственником, наконец, ведь Наталья Васильевна — двоюродная сестра Елизаветы Григорьевны.

Савву Ивановича «посадили в тюремный замок, — пишет брату Алексей Дмитриевич Поленов, — в довольно скверную маленькую и душную комнату. Вся процедура более приближается к жестокости, чем к правосудию. Пришлось ехать к следователю и к прокурору, но, к сожалению, без пользы».

Мамонтов перед тюрьмой написал либретто оперы «Ожерелье», и переписка его с Поленовым посвящена этой затее, которую, вопреки судьбе, намеревается он осуществить. Мамонтов просит Поленова заняться его новым детищем. Музыку к опере написал Кротков, сотрудник Саввы Ивановича по делам Частной оперы. Поленов, разумеется, согласен на любую помощь.

В октябре он обращается к прокурору Лопухину, ведшему дело, с просьбой заменить Савве Ивановичу заключение домашним арестом, но получает отказ. Лишь в феврале благодаря ходатайству большой группы художников, организованному Поленовым, сам царь вмешался в это дело, и Савве Ивановичу было разрешено жить у старшего сына Сергея.

На Пасху, опять-таки по инициативе Поленова, художники направили Савве Ивановичу коллективное послание, в котором говорилось, что все они помнят и всегда будут помнить то добро, которое делал он всю жизнь. В отдельном письме к Савве Ивановичу Поленов вспоминает все прошедшие годы, домашние театральные постановки, совместную работу над живой картиной «Афродита», которую они подготовили к первому съезду русских художников, работу Поленова над декорациями и постановкой в мамонтовской опере «Орфей» Глюка. «За все это сердечное тебе спасибо, — кончает письмо Поленов. — Будем надеяться, что ты скоро опять будешь среди нас».

Суд, состоявшийся в июле 1900 года, оправдал Мамонтова. Тотчас же после суда Мамонтов уехал, чтобы немного отдохнуть от всепроникающей русской казенщины, в Париж, где открылась Всемирная выставка. Там, в русском художественном отделе, торжествовали свою победу ученики Поленова и питомцы его и Мамонтова. Серов получил Grand Prix, Коровин — золотую медаль, серебряные медали получили Аполлинарий Васнецов, Кузнецов, Пастернак, бронзовую — Архипов.

Зато в России художественные дела шли совсем не гладко. Тот же Коровин, например, так и не стал членом Товарищества передвижников. Да и не он один. Множество художников не могли вообще попасть на Передвижные выставки: Малявин (который так же, как и Коровин, получил в Париже золотую медаль), Сомов, Бенуа, Остроумова. С трудом проходили в свое время на Передвижные выставки работы Елены Дмитриевны. В результате страдало все русское искусство; негде выставить — художник не совершенствуется, некому продать — художник не работает вообще.

В 1895 году Поленов писал жене из Парижа с выставки в Салоне на Марсовом поле: «Описывать понравившиеся картины трудно потому, что все сводится к живописи. Какие силачи!» И в России возникают новые художественные организации. В конце XIX века — «Мир искусства», в начале XX — Союз русских художников. У них выставляются: Серов, Врубель, Коровин, Левитан, Рябушкин, Сомов, Остроумова, Грабарь, Рерих, Малявин, Бенуа.

Новая живопись хлынула мощным потоком. Теперь уже и в России появились картины, которые трудно описывать, потому что в них «все сводится к живописи», и о новых художниках можно сказать, что они «силачи».

Поленов сочувствует и одному, и другому учреждению, но сам он всюду поспеть уже не может. На выставках «Мира искусства» появляются его работы, журнал «Мир искусства», одним из учредителей которого был Мамонтов, печатает репродукции картин его и Елены Дмитриевны, в одном из номеров опубликована литературная работа Натальи Васильевны (под псевдонимом «Н. Борок») о ее безвременно скончавшейся сестре Маше Якунчиковой.

В Союзе русских художников, который был организован в 1903 году, Поленов, как ни сочувствовал его организаторам и участникам, сам выставляться уже не мог — не те были силы.

А в 1904 году — новое несчастье: война с Японией, гибель русской эскадры, сокрушительные поражения русской армии в Маньчжурии. Поленова это привело в крайне тяжелое состояние. Он пишет: «В политике я никогда ничего не понимал и, может быть, с точки зрения политики петербургского благополучия все это так и нужно, но меня эта людская бойня совсем придавила. Неужели все так тупы, что из-за тупости немногих все это проделывают; а эти немногие не понимают всей страшной ответственности, которая на них падает. В истории есть своего рода справедливость, за грехи отцов платят дети. Это ужасно, безжалостно, но оно так есть, и как мало понимают это!»

Возмездие, которое предрекал Поленов, наступило скорее, чем он думал.

В начале 1905 года произошли кровавые события в Петербурге. Поленову рассказал о них подробно приехавший из Петербурга Серов. Серов был вне себя. Он написал протест в Академию художеств, президент которой великий князь Владимир руководил расстрелом 9 января. Серов был уверен, что вместе с ним протест подпишут многие. Но никто не отважился на такой подвиг — один Поленов.

Протест, разумеется, ни к чему не привел. Владимир Александрович продолжал оставаться президентом.

С надеждой, как и многие, встретил Поленов Манифест 17 октября. «Начинается новая жизнь, — пишет он, — свобода вырвана из зубов хищников и идиотов, но немало еще пройдет времени, пока они это усвоят и привыкнут к положению, что не все зависит от их усмотрения. Но великая теперь задача отстоять эту свободу, чтобы ее не отняли, и немало пройдет времени, и, пожалуй, крови прольется немало, пока не окрепнет новое понятие об жизни, основанное не на произволе и угнетении, а на праве и равенстве перед этим правом».