После отступления от Рязани Заруцкий зимовал в Михайлове. При нем находился «царевич» Иван Дмитриевич. Старшины Заруцкого старательно поддерживали среди населения надежды на его скорое избрание, и боярские холопы, пашенные мужики стекались в Михайлов со всех сторон. Люди Заруцкого грабили дворянские усадьбы и побивали их владельцев. Вскоре под знаменами Заруцкого собралось около трех тысяч человек. Их надо было кормить. Для населения казачьи поборы становились все более тяжелыми.

Царское избрание покончило с агитацией в пользу приглашения в Москву воровского «царевича» Ивана. Сначала мелкие дворяне, а затем и атаманы стали тайком покидать лагерь воренка. Вскоре против Заруцкого выступил князь Иван Одоевский с дворянскими отрядами. Воевода знал, с каким опасным противником ему придется иметь дело, и выступил в поход лишь после многих напоминаний. Одоевский сошелся с казаками в степях под Воронежем и бился с ними два дня беспрестанно. Князь хвастливо доносил в Москву, что разбил Заруцкого наголову, взял у него пушки, знамена и обоз. Он преувеличивал свой успех. В бою под Воронежем, записал летописец, Одоевский ничего Заруцкому не сделал. Тем не менее счастье окончательно изменило атаману. С недоверием взирали казаки на польскую царицу, ставшую наложницей их предводителя. Без прежнего воодушевления сражались они за воренка, отвергнутого страной. Когда Заруцкий велел отступать за Дон, большая часть его армии отстала от него в пути. Казаки ушли в Москву и принесли там повинную. По-видимому, далеко не все казаки попали на государеву службу, а лишь одни «старые казаки», участвовавшие в земском освободительном движении. Испытывая нужду в воинских людях, власти тотчас послали их под Смоленск.

Донские казаки не поддержали Заруцкого, и ему пришлось уйти в Астрахань. Астраханцы давно отложились от Москвы, и теперь они не признали Михаила Романова своим царем. Передавали, будто астраханцы сами послали за «царевичем» Иваном Дмитриевичем. Волжские казаки и астраханские меньшие люди приветствовали воренка. Со всех сторон в Астрахань стекался беглый «гулящий» люд. Заруцкий посылал гонцов в Замосковский край и на Белоозеро. Действовавшие там повстанцы готовились силой пробиться в Нижнее Поволжье. К весне 1614 года в Астрахани собралось несколько тысяч вооруженных людей. С ними Заруцкий намеревался идти в поход на Самару и Казань.

Чтобы обеспечить себе тыл, «царица» Марина и Заруцкий затеяли переговоры с персидским шахом. «Государыня» надеялась найти убежище в Персии, и шах Аббас принял своеобразное участие в ее судьбе.

Сношения Заруцкого и его «царицы» с Персией встревожили астраханского воеводу князя Хворостинина. При поддержке лучших людей города он готовился напасть на Заруцкого врасплох и захватить его вместе с наложницей. Атаман упредил заговорщиков. Он казнил воеводу, многих мурз и добрых посадских людей. Казаки разорили двор архиепископа, а самого его бросили в тюрьму. Но против них выступили служилые люди. Поддержанные местным гарнизоном дворяне заняли острог. Заруцкому пришлось сесть в осаду в каменной крепости. С ним осталось не более восьмисот казаков и стрельцов. На помощь астраханским дворянам спешили верные правительству войска с Терека. Атаман потерял надежду удержаться в Астрахани и бежал на Яик. В окружении бывшего земского правителя зрела измена. Казаки не желали умирать ради чужеземной «царицы». После нескольких стычек они выдали ее властям вместе с Заруцким.

Романовы не пощадили своих врагов. Младенец воренок Иван Дмитриевич был повешен. Его участь разделил дьякон Матюшка, которого держали на цепи в Москве со времени его пленения. Заруцкого посадили на кол. Марина Мнишек не снесла горя и умерла в заточении в Туле. Заодно с воренком власти повесили Федьку Андронова. Он один должен был заплатить жизнью за предательство семибоярщины.

Разделавшись с восстанием в Поволжье, бояре стали более жестко действовать в отношении казаков. При всякой возможности они проводили «разбор», очищали станицы от беглых холопов и крестьян, возвращали их прежним господам. Опасаясь сопротивления, власти объявили, что намерены впредь решать дело по доброй воле и по челобитью самих казаков, «кто куда похочет». Ссылка на добрую волю не могла никого обмануть. Свобода, предоставленная казакам, была горше неволи. «А боярские люди, – значилось в боярском приговоре, – которые, отходя (сбежав) от бояр своих, были в казаках при боярах под Москвой до государева обиранья, а из казачества, которые похотят в холопы по прежнему к старым своим боярам, и тем боярским людям дана воля – повернуть в холопы к старым ли или к новым господам по выбору».

Эгоистическая политика правителей бояр, добивавшихся возвращения своих холопов и крестьян из казачьих отрядов, усилила брожение среди казачества по всей стране. Казаки не желали мириться с тем, что им, освободителям Москвы, приходилось бедствовать, а изменные бояре опять стали хозяевами положения. Один из героев земского движения, атаман Козлов, направляясь с армией под Новгород, реквизировал продовольствие и имущество в вотчинах Мстиславского и царицы Марфы Романовой. Повстречав на большой дороге игумена Кирилло-Белозерского монастыря, атаман велел снять с него соболью шубу.

Казацкие атаманы и местное население помогли воеводам разгромить вражеские отряды, бесчинствовавшие в Вологде, Каргополе, Двинской земле. Но война затягивалась, и в деревне становилось все более неспокойно. Вологодский край не знал дворянского землевладения. Большинство населения там составляли черносошные государственные крестьяне. Романовы не считались с традициями и жаловали вологодские земли своим придворным.

Поражение Трубецкого под Новгородом дало новый толчок движению казацкой вольницы. Покидая отступавшую армию, казачьи станицы отказывались идти на Москву, где их ждал «разбор». Не для того добровольцы брались за оружие и сражались со шведами, чтобы затем снова вернуться в неволю. На Севере и в Поморье казачьи отряды мгновенно разрастались. В казаки уходили мужики, холопы, стрельцы. Целое войско собралось под знаменами атамана Михаила Баловни. Правительство пыталось потушить вспышку казацких восстаний и вскоре добилось успеха. Баловня вступил в переговоры с воеводой Волынским о возвращении на государеву службу. Казаки послали в Москву атамана Титова с повинной, а затем и сами двинулись туда. Среди казаков одни служили в подмосковных ополчениях, другие сражались с оружием в руках против шведов и черкас. Они соглашались идти под Смоленск и сражаться с неприятелем при условии, что всех их определят в казаки и снабдят жалованьем. Казачий круг постановил: если государь велит разбирать, которые были в казаках боярские люди холопы или крестьяне, и им бы за то помереть всем за один, и идти по городам либо на Дон.

Под Москвой казаков ждала западня. Царь хитростью заманил Баловню и прочих предводителей казацкого войска в столицу и там арестовал их. Одновременно воевода Лыков ударил по казачьим таборам, не ожидавшим такого вероломства. Оставшись без вождей, казаки не смогли оказать сопротивления и побежали от столицы. Под Малоярославцем Лыков нагнал их и принудил к сдаче. Три тысячи двести пятьдесят казаков вернулись в Москву и там были «разобраны».

Бояре не слишком считались с прошлыми заслугами казаков. Многие атаманы и казаки, служившие в земском ополчении, попали в тюрьму. Бояре, сидевшие с поляками в Кремле, не забыли старых обид и жестоко отомстили казакам. Баловня и другие предводители были повешены. Многих казаков возвратили на холопскую службу.