Это судно получило задание выполнить рейс с Диксона на Землю Франца-Иосифа, но 11 сентября у островов Известий ЦИК потерпело аварию, при обстоятельствах, описанных старпомом А.Ф. Пинежаниновым следующим образом: «На карте, которой мы пользовались, на нашем пути были редкие глубины порядка 35—40 метров. Для проверки глубин капитан приказал измерять глубины с кормы лотом Томсона через каждые 15 минут, так как эхолот не работал… После очередного измерения глубины в 21 ч. 45 мин. судно в 21 ч. 55 мин. выскочило на неизвестную скалистую банку… Мне поручили проверить, нет ли поступления воды в трюма и жилые помещения… Спустившись вниз, я обнаружил, что вода заливает нижние жилые помещения… палубу второго дна разорвало и в образовавшуюся большую пробоину хлынула вода. Команда успела перебежать из машинного отделения вверх по трапу… затопило динамо-машину, погас свет, скала, пробившая второе дно, поднималась все выше и поднимала котел № 4, чем разорвала трубу подачи пара на главную машину, и в это большое отверстие вырвался пар под большим давлением из котлов… Днем 12 сентября ветер изменился на южный и переходил в шторм. Через верхнюю палубу перекатывались волны, экипаж перебрался в ботдечные помещения… Начальник морских операций М.П. Белоусов на ледоколе "Ленин" немедленно вышел нам на помощь, и к вечеру 12 сентября ледокол остановился от нас в 1,5 милях в ожидании улучшения погоды. К ночи шторм усилился, волны стали заходить на шлюпочную палубу» (Николаева, Хромцова, с 109).

Картина аварийного судна с борта «Ленина» выглядела в высшей степени опасной, но в условиях шторма помочь ему было невозможно и оставалось ждать, пока шторм начнет стихать. Обратившись к старинному морскому опыту для укрощения гребней волн, Хромцов, капитан «Ленина», приказал травить в море масло, и только в шесть часов первая шлюпка отправилась к «Садко». Еще спустя час на борт «Ленина» стали поступать моряки с «Садко», эвакуация которых закончилась к 21 часу. Потерей «Садко», однако, потери не ограничились — трибунал присудил капитана к высшей мере.

К осени отчетливо обозначилась разница в использовании наших северных портов. «Архангельский порт имеет сейчас и будет иметь в ближайшем будущем особо важное значение. Это на западе самый близкий к линии фронта свободный морской порт. Мурманск еще ближе, но он всего в 40 километрах от фронта, и вражеская авиация бомбит город регулярно. Мы заключили соглашение с Рузвельтом и Черчиллем. Через Атлантику идут в Архангельск корабли с грузами. Надо организовать их приемку, быструю разгрузку и немедленную отправку на фронт. Это очень важно» (Папанин, с 238). Тогда же на эту работу был направлен Папанин в качестве уполномоченного Государственного Комитета Обороны, которому с ходу пришлось включаться в работу вместе со своими помощниками.

В первую очередь это было связано с расширением порта с учетом крупнотоннажных заморских кораблей с большой осадкой, тем более что «до войны единого портового хозяйства в нем не было, порт делился на отдельные участки, тянувшиеся на многие километры, каждый имел своего хозяина Основной район порта Бакарица был расположен на левом берегу реки… в 50 километрах от устья реки… Моста через Северную Двину тогда не было, поэтому летом с Бакарицей, Левым берегом и железнодорожной станцией Архангельск был связан пароходами и паромами. Город располагался на правом берегу реки. Близ ею центра находился еще один портовый участок — Красная пристань. Он обслуживал только пассажирские пароходы и катера пригородного сообщения. Второй основной район порта находился в устье Северной Двины и назывался Экономия. Это была перевалочная база для лесоматериалов… Железнодорожной связи с Экономией не было. И наконец, важный район порта находился уже на берегу Двинского залива, там где позднее вырос город Северодвинск» (Папанин, с 243).

Картина глазами нового хозяина выглядела удручающей, тем более накануне наступления зимы. Порт мог одновременно принимать не более пяти судов с осадкой не более шести метров. Причалы, средства механизации на них, железнодорожные пути находились в запущенном состоянии. Левый берег был приспособлен лишь для погрузки угля, а Экономия вообще не могла принимать суда с военными грузами. В Молотовске у судостроительного завода продолжал строиться причал. «Предстояло незамедлительно увеличить причальный фронт, перестроить причалы так, чтобы они могли принимать и быстро обрабатывать большие пароходы с грузами: произвести реконструкцию железнодорожных путей в порту; построить новые порты в устье Двины и на Экономии, оснастить все районы механизмами, резко увеличить число грузчиков, машинистов кранов, механиков» (там же, с 244).

Добившись постановления ГКО «Об Архангельском порте», Папанин много сделал, выражаясь его словами, «в превращении захолустного порта в механизированный международный», начав с причалов, складских помещений и железнодорожных путей в Бакарице, Экономии и будущем Северодвинске, мобилизовав всю наличную рабочую силу от студентов (точнее, студенток) до заключенных. Много сил потребовали дноуглубительные работы на фарватерах Северной Двины к новым причалам, с которыми надо было успеть до замерзания реки. С окончанием строительства железнодорожной ветки от Экономии до Жаровихи встал вопрос о переброске поступающих грузов (включая такие тяжеловесы, как танки) на левый берег к действующей железнодорожной магистрали. Одними зека и мобилизованными студентками здесь было не справиться, но полярный опыт Папанина здесь пригодился, когда он привлек к решению этой проблемы не только изыскателей-портовиков Г.Л. Наливайко и строителей-железнодорожников из системы НКВД но еще и ученых Н.Н. Зубова и M.M. Сомова Последние выполнили необходимые расчеты для определения прочности ледяной переправы, полученной методом наращивания льда на Двине, поливая его водой на морозе. Затем на намороженный лед укладывали рельсы дороги-времянки, по которым мотовозы один за другим переправляли тяжеловесы-танки к Исакогорке на левом берегу. На союзников сильное впечатление произвело размораживание доставленных морем танков, ставших похожими на айсберги, струей пара с паровозов. Несомненно, Папанин со своей народной сметкой и талантом организатора оказался на месте, заслужив среди подчиненных известность в качестве министра авралов.

Вскоре стало ясно, что Архангельск с Молотовском не в состоянии справиться с потоком грузов, поступающих морем, и, когда 5 ноября английская миссия поставила вопрос о возможности заходов конвоев с грузами в Мурманск, Головко согласился с этим предложением. Прошло два месяца, и 17 января 1942 года адмирал отметил в своем дневнике: «Конвои, как и следовало ожидать, пошли на Мурманск. Первый конвой из 9 транспортов пришел 12 января и до сих пор разгружается. Разгрузка организована плохо. Оборудование из Мурманска вывезли в первый месяц войны, подготовка же к приему конвоев здесь не велась» (Папанин, с. 93).

Мурманском пришлось заниматься также Папанину, куда через Обозерскую и Беломорск он добрался по новой железной дороге, построенной на костях зека, использовав опыт Архангельска в полной мере. Первые впечатления не давали оснований для оптимизма: «Густой пар поднимался от Кольского залива. Высоко в небе полыхало полярное сияние. Где-то вдали бухали зенитки, озаряя горизонт багровыми вспышками. Ни одного огонька на пустынных улицах Мурманска. Настороженная тишина: рядом фронт» (там же, с 265). Ситуацию в Мурманске Папанин увидел иначе, чем Головко: «Мурманский порт был закрыт. Портовые механизмы демонтированы и вывезены. Оставался один плавучий кран да несколько разобранных паровых кранов. Железнодорожная сеть в порту была развита слабо. Причалы находились в плачевном состоянии и требовали капитального ремонта. Не было ни общежитий для рабочих, ни столовых, ни запасов спецодежды, ни продуктов питания. Короче говоря, картина еще плачевнее, чем в Архангельском порту, когда я увидал его впервые. Но шла война и раздумывать было некогда. Надо было незамедлительно браться за работу» (Папанин, с 263).