Помимо боевых соединений, расположенных непосредственно на линии фронта, в расположение военного командования были выделены охранные дивизии, части полевой жандармерии и тайной полевой полиции, а также полицейские подразделения из националистически и антисоветски настроенных элементов общества. Численность только полицейских формирований к началу января 1942 г. составляла более 60 тыс. чел., что вдвое превышало состав немецкой полиции порядка, используемой на оккупированной территории. Генерал-полковник Л. Рендулич признавался, что «ни на одном другом театре военных действий не было такого тесного взаимодействия между партизанами и регулярной армией, как на русском». Он отмечал, что «уже в первые месяцы войны деятельность партизан стала принимать все более широкие размеры… Весной 1942 г. они уже представляли серьезную опасность для тыловых коммуникаций немецкой армии, поэтому для решительной борьбы с ними немецкому командованию приходилось стягивать в уже оккупированные районы большие силы, а для проведения крупных операций, где движение приняло наиболее угрожающие размеры, снимать отдельные части с фронта». Начальник военных сообщений немецкой группы армий «Центр» генерал Г. Теске в послевоенных мемуарах отмечал, что «первая битва, которую проиграл в ней вермахт, была битва против советских партизан зимой 1941–1942 годов. Затем последовали дальнейшие поражения в этой борьбе… В основном они состояли в том, что с самого начала инициатива находилась у партизан и оставалась у них до конца войны». Известный нацистский генерал Г. Гудериан впоследствии отмечал в своих мемуарах, что «по мере того, как бои на фронте становились все более упорными, партизанская война стала настоящим бичом, сильно влияя на моральный дух фронтовых солдат».

25 октября 1941 г. командование сухопутных войск Германии выпустило наставление под названием «Основные положения по борьбе с партизанами», которое было распространено в оккупационных войсковых частях, вплоть до батальонов. В нем впервые была сделана попытка проанализировать истоки и характер партизанского движения, его организационную структуру, приемы и способы их боевых действий и вооружение партизанских формирований. Гитлеровцы, как видно из приказов их командования, считали партизанами 2/3 населения оккупированной ими территории СССР. Ещё 19 июля 1941 г. появился приказ Главного командования вермахта (ОКБ) по проведению боевых действий против партизан. Он предписывал поддерживать в частях состояние боевой готовности, создавать специальные конные патрули для охраны коммуникаций, проводить внезапные повторные налеты на населенные пункты, прочесывать местности и т. д.

С первыми частями немецких войск нашу границу перешли два легиона бандеровцев «Роланд» и «Нахтигаль». Они входили в состав дивизии войск СС «Бранденбург». Значительную помощь спецслужбам Германии в борьбе с партизанами оказали эстонские, латвийские, литовские, украинские и белорусские националисты. Много предателей на службе оккупантов было и из числа граждан РСФСР — Российская освободительная армия (РОА), казаки 15-го казачьего корпуса СС, казачьи, калмыцкие и мусульманские легионы. На оккупированной территории стали формироваться разведывательные и карательные органы противника. Из этой среды гитлеровцами рекрутировались кадры для проведения шпионско-диверсионной, террористической и иной подрывной деятельности против СССР.

Начиная с августа 1941 г. немецкое командование приступило к формированию специальных моторизированных и конных отрядов для борьбы с партизанскими формированиями. К осени 1941 г. при многих немецких частях были созданы истребительные команды, отряды и батальоны для борьбы с партизанами. Но развернувшееся партизанское движение вынудило немецкое командование применять в борьбе с партизанами крупные силы, вплоть до дивизий. Уже осенью 1941 г. немецкие генералы признавали, что инициатива в партизанской войне в тылу германских войск принадлежит партизанам. Генерал Роквер в секретном приказе № 1198/41 от 14 сентября 1941 г. указывал, что «в лице русских партизан мы встречаем очень деятельного, ловкого, подвижного и решительного противника, который отлично умеет использовать местность, проводит свои операции преимущественно по ночам и, действуя в собственной стране, в большинстве случаев, пользуется поддержкой населения». Подобное мнение выражал в приказе № 52 от 14 сентября 1941 г. и генерал Шенкендорф. Он отмечал, что «для успешной борьбы с партизанами… необходимо части дивизий охраны тыла расчленить вплоть до взводов и занять возможно большее число населенных пунктов. При этом проводить внезапные наступления на рассвете или незаметный захват населенных пунктов в темноте. Повторные удары проводить спустя 2–3 дня».

В 1941–1942 гг. при продвижении немецких войск вглубь советской территории, штабы фельджандармерии (ГФБ) на оккупированной территории немедленно приступали к организации карательных отрядов. В их задачу входили: вооруженная борьба с партизанским движением; проведение репрессивных мер по отношению к советским патриотам; охрана военных объектов и коммуникаций в тылу действующей германской армии и содействие в проведении мероприятий немецких оккупационных властей на оккупированной территории. Численность карательных отрядов в среднем состояла из 150 человек. Они делились на взводы, а те — на отделения. Они комплектовались в основном из бывших военнослужащих Красной Армии, которые, попав в окружение, возвращались к месту жительства. Начальниками этих карательных отрядов назначались бывшие военнослужащие — изменники Родины, назначенные на эти должности фельджандармерией. Карательные отряды обычно действовали совместно с полицией СД, фельджандармерией, частями немецкой армии и отдельными карательными формированиями. Для уничтожения партизан были созданы и так называемые ягдкоманды (истребительные команды). Их структура давала возможность бороться против партизан весьма ограниченными силами. Они применялись чаще всего для проведения разведки боем. Численность их колебалась от взвода до роты. Главное в их тактике — скрытное продвижение, позволяющее как можно ближе подойти к партизанам, внезапно атаковать их и постараться уничтожить.

Для усиления борьбы с партизанским движением и советской разведкой в оккупированных районах нашей страны наряду с управлениями полиции безопасности и СД в марте 1942 г. был создан специальный орган «Зондерштаб Р» (Особый штаб по России). В его задачи входило выявление дислокации партизанских формирований, их руководящего состава, численности, партийной прослойки и совершение террористических актов в отношении командно-политического состава.

Германские спецслужбы — абвер и гестапо — большое внимание уделяли работе внутри партизанского движения. Начальник тылового района Северного фронта в приказе № 1198/41 от 14 сентября 1941 г. требовал «создать широкую сеть секретных агентов, хорошо инструктированных и знающих ближайшие пункты явок. Создание этой организации является совместной задачей дивизий охраны тыла и тайной полиции!». В партизанские отряды засылалась агентура из числа предателей Родины с задачей разложения их изнутри, проведения террористической и диверсионной деятельности. Часто группы агентов под видом партизан или разведчиков Красной Армии, снабженных подлинными документами и радиоаппаратурой, забрасывались в партизанские соединения для выявления мест их расположения. Боевые операции против партизан зависели от разведданных, в большинстве случаев добытых агентурным путем. В особых указаниях по борьбе с партизанами, а их в разное время было издано немецким командованием несколько, 11 ноября 1942 г., 10 февраля 1943 г. и 1 апреля 1944 г., говорилось, что «облавы против партизан без агентуры и проводников всегда будут безрезультатными, поэтому их следует предпринимать только с использованием агентуры».