Оскорбительное слово «пуританин» использовалось для обозначения природы и набора мнений, которые консерваторы не одобряли. Оно означало «церковный мятежник» или «горячий» протестант; однако суть пуританизма заключалась в способности «благочестивых» протестантов узнавать друг друга в испорченном и погрязшем в грехе мире. Люди, преданные идее (многие из них изгнанники времен Марии), пуритане стремились устранить порчу и «папистские ритуалы» из Церкви (знак креста при крещении, преклонение колен перед принятием причастия, ношение риз и стихарей, использование органа и т. п.), но Елизавета постоянно отказывалась изменить даже детали установлений. Самое большее, на что она готова была пойти, так это направлять петиции, которые она одобряла, епископам. На деле же, когда пасторы-пуритане переходили грань, от них требовали строгого следования предписанным правилам. «Объявления» архиепископа Паркера (1566), выпущенные в ответ на споры об облачениях клириков и обрядах, подтверждали соответствующие рубрики «Книги общих молитв». А когда Эдмунд Гриндел (архиепископ Кентерберийский в 1576–1583 гг.), разделявший стремление пуритан к Реформации, посмел сказать Елизавете о том, что она подчиняется высшей власти, его отстранили от исполнения обязанностей. Его преемник Джон Уитгифт (1583–1604) требовал, чтобы все духовенство письменно признавало королевскую супрематию, «Книгу общих молитв» и Тридцать Девять статей под страхом быть смещенным.

Однако необходимость вписать Англиканскую церковь в английское национальное сознание стала лишь первым из нескольких испытаний, с которыми пришлось столкнуться правительству. В апреле 1559 г. мир в Като-Камбрези (между Испанией, Францией и Англией) завершил начатую Марией войну с Францией, и Филипп II ненадолго присоединился к числу претендентов на руку Елизаветы. На протяжении 60-х годов XVI в. Испания старалась сохранить дружбу с Англией, не в последнюю очередь для того, чтобы обеспечить себе свободное передвижение по Ла-Маншу к Испанским Нидерландам. Однако католики, папство, Испания и Франция оставались потенциальными врагами Англии: угроза католической коалиции против нее составляла подлинную опасность. К 1569 г. интересы католиков были связаны с интригами, самые невинные из которых были нацелены на признание прав Марии Стюарт как преемницы Елизаветы, а в более опасных формах представляли собой заговоры с целью сместить Елизавету и возвести на престол Марию.

В апреле 1558 г. Мария Стюарт вышла замуж за дофина, а семь месяцев спустя шотландский парламент согласился предложить ему брачную корону в обмен на поддержку шотландской Реформации. Смерть Марии Тюдор развязала новую французскую интервенцию в Шотландии; имели место незначительные столкновения, заслоненные полнокровной протестантской революцией. Когда Джон Нокс вернулся из ссылки в Женеве и в мае 1559 г. начал проповедовать, он поджег бикфордов шнур давно готовившегося взрыва. Муж Марии Стюарт унаследовал французский престол под именем Франциска II в июле 1559 г., но, когда в декабре 1560 г. он умер, шотландская королева была вынуждена вернуться в Эдинбург — она оказалась там к началу августа 1561 г. К тому моменту Елизавета и Сесил вмешались на стороне Нокса: шотландская Реформация стала орудием вытеснения континентального влияния с Британских островов и утверждения гегемонии, к которой стремился Генрих VIII.

Тем временем Елизавета отказывалась выйти замуж или назвать имя своего наследника. Ее упрямство доводило Сесила и Тайный совет до исступления. Сторонники Марии Стюарт, напротив, надеялись, что она унаследует Елизавете в результате католического заговора. Ведь бабушкой Марии была Маргарита, сестра Генриха VIII. Но Мария допустила ошибки в Шотландии; она настроила против себя как друзей, так и врагов, проиграла сражение при Ленгсайде и в мае 1568 г. бежала в Англию. Елизавета, по сути, отправила ее в тюрьму. Последовала целая серия интриг, в которых амбиции католиков, папства и происпанской группы угрожающе соединились с чаяниями фракций противников Сесила при Дворе. Однако Северное восстание 1569 г., возглавленное разочарованными католиками, графами Нортумберлендским и Уэстморлендским, началось несвоевременно и было легко подавлено. К 1572 г. Елизавета и Сесил прошли второе важное испытание, была сохранена стабильность, а Сесил получил титул лорда Берли.

Северное восстание и заключение Марии Стюарт в тюрьму ознаменовало начало новой фазы в тюдоровской политике. По всей Европе мнения поляризовались по религиозным принципам: возвеличивалась роль Англии как защитника протестантов. Отношения с Испанией ухудшились, после того как Сесил захватил корабли Филиппа II, перевозившие сокровища, по пути в Нидерланды (декабрь 1568 г.). Затем папа Пий V издал буллу Regnans in Excelsis (февраль 1510 г.), где провозгласил Елизавету отлученной от Церкви и призвал верных католиков сместить ее. Потом, в 1572 г., произошла резня протестантов в Париже в день Св. Варфоломея, и началось открытое восстание в Нидерландах — оба эти события воспламенили сознание протестантов и побудили англичан добровольно оказывать помощь Нидерландам. Наконец, entente (соглашение) Елизаветы с Францией как противовес Испании, дважды достигавшее стадии переговоров о браке, Филипп II рассматривал как враждебное по отношению к себе. Мнение членов Тайного совета об этих предметах разделилось. Но различия были не между про- и антииспанской политикой, а между realpolitik и религией. За немногими исключениями, члены Тайного совета объединились против Испании и были убежденными сторонниками дела европейских протестантов. В частности, Берли, граф Суссекский, Лестер и Уолсингэм были согласны относительно общих целей протестантской внешней политики в 70-х и 80-х годах XVI в. Различия между ними касались лишь того, насколько Англия должна быть вовлечена в военные действия. Лестер и Уолсингэм стремились к прямому английскому вмешательству в Нидерландах, но королева и Берли были непреклонны: одна Англия не в состоянии выдержать войну с Испанией.

Однако, когда в 1585 г. война началась, Англия оказалась изолированной. После 1572 г. Елизавета помогала Франции против Испании в Нидерландах, пытаясь примирить конфликтующие политические, торговые и религиозные интересы с минимальными потерями. Она поддерживала Франсуа, герцога Анжуйского, своего наиболее вероятного жениха, брата и наследника Генриха III Французского. Но в июне 1584 г. герцог Анжуйский умер, так и не сумев остановить продвижение испанцев в Нидерландах. А поскольку протестант Генрих Наваррский теперь стал наследником французского престола, во Франции возобновились религиозные войны: придворная партия Гизов вступила в союз с Испанией (секретный договор в Жуанвилле, декабрь 1584 г.). Так что Франция была разделена, а Филипп II процветал. Он аннексировал Португалию (1580) и Азорские острова (1582–1583): его флот превышал флоты Нидерландов и Англии вместе взятые. В этот момент маркиз де Санта-Крус предложил «вторжение в Англию» — Армаду — для свержения Елизаветы. Наблюдатели расходились лишь в мнениях о том, Нидерланды или Англия будут подчинены первыми.

Поворотной точкой стало убийство голландского лидера, Вильгельма Оранского (10 июля 1584 г.). Это вызвало панику среди английских политиков, опасавшихся, что и Елизавета может стать такой же жертвой. В мае 1585 г. Филипп почувствовал себя достаточно уверенным, для того чтобы захватить английские корабли в иберийских портах; Елизавета ответила, предоставив свободу действий графу Лестерскому, вступив в союз с голландскими Генеральными штатами в августе, и отправив графа в Голландию с армией. Но миссия графа провалилась; он умер вскоре после своего бесславного возвращения, в декабре 1587 г. Только сэру Фрэнсису Дрейку и прочим флибустьерам сопутствовал успех. Открытая война началась вслед за казнью Марии Стюарт в феврале 1587 г. Дело в том, что новые католические заговоры, по крайней мере один из которых предполагал убийство Елизаветы, ужесточили позицию Таиного совета. Елизавета оставалась нерешительной и бездеятельной; Мария предстала перед судом и была осуждена, но в ее жилах текла королевская кровь. Однако Совет больше не мог ждать: приговор был приведен в исполнение. Шотландия метала громы и молнии, но двадцатиоднолетнего Якова VI задобрили субсидиями и ставшей реальной перспективой величайшего из заманчивых призов — восшествия на английский престол. (В любом случае Яков не питал иллюзий относительно испанской поддержки шотландской Реформации.)