Гражданской войне положил конец «Талибан». Многие талибы выросли в лагерях беженцев на территории Пакистана и учились там в ортодоксальных исламских школах. Первых успехов они добились весной 1994 года, захватив город Спин-Болдак на пакистанской границе. С тех пор они неумолимо продвигались вперед, захватили Кандагар, но на время остановились перед Кабулом, где преимущество было за Масудом. Затем они при поддержке Пакистана устремились на запад, захватили базу в Шинданде вместе с авиацией, а в сентябре 1995 года взяли без боя Герат. В сражении за Мазари-Шариф обе стороны устроили настоящую бойню, но в августе 1996 года «Талибан» прочно закрепился и там. Джелалабад и Кабул пали в сентябре.

Большинству жителей Кабула победа «Талибана» принесла — по крайней мере сначала — определенную безопасность и некоторое ощущение порядка, пусть даже основанного на шариате. Но Наджибулле пришел конец. Талибы ворвались в представительство ООН, захватили его и его брата, пытали их, кастрировали и повесили их тела в центре города.

После ухода русских политическая и военная карьера Масуда шла в гору. Но неустойчивые союзы времен гражданской войны и обстоятельства, особенно восхождение «Талибана», все чаще вынуждали его переходить в оборону. Атаки авиации выдавили его из Кабула. Масуд по-прежнему умело сражался и пользовался поддержкой Ирана, Узбекистана и России.

Но в конце концов его оттеснили назад, в Панджшер. Потом Масуд возглавил Объединенный исламский фронт спасения Афганистана (Северный альянс), собравший под свои знамена лидеров разрозненной оппозиции. Они представляли примерно десятую часть территории страны, все еще свободную от влияния «Талибана».

Несмотря на эти неудачи, Россия продолжала укреплять связи с Северным альянсом и Масудом. Он состоял в переписке с президентом Ельциным и Евгением Примаковым, возглавлявшим Службу внешней разведки России. В феврале 1994 года представители России приехали в Афганистан на секретные переговоры с Масудом. В 1998 году Масуд отправил в Москву своего министра иностранных дел Абдуллу Абдуллу для обсуждения военно-технического сотрудничества и военной помощи. Его представители встретились с начальником Генштаба генералом Квашниным, помощником Ельцина Севостьяновым и замминистра иностранных дел Пастуховым.

В 2000 году снова начались боевые действия. Талибы задействовали против Масуда танки и авиацию, и хотя ему все острее не хватало техники и боеприпасов, он смог отбить атаки. Весной того же года «Талибан» объявил России джихад. В октябре Масуд встретился в Душанбе с российским министром обороны маршалом Сергеевым. Россия согласилась снабжать его оружием и боеприпасами. Талибы тут же выступили с предупреждением: «Россия должна прекратить вмешиваться во внутренние дела Афганистана, иначе это принесет ей много бед и приведет к тяжким последствиям». В декабре 2000 года по предложению России и США Совет Безопасности ООН оставил в силе санкции в отношении режима талибов. В апреле 2001 года Масуд побывал в Европарламенте в Брюсселе и попросил помощи в борьбе с «Талибаном», чьи союзники из «Аль-Каиды», предупреждал он, вскоре обратят свои взоры на Европу и США.

В начале сентября 2001 года журналист «Нового времени» Аркадий Дубнов жил в гостинице в Панджшерском ущелье, ожидая интервью с Масудом. Дубнов наладил с ним контакт, когда приехал в Афганистан в 1993 году. В одном номере с Дубновым жили два арабских журналиста, которые тоже собирались взять у Масуда интервью. Девятого сентября арабы добились встречи и убили Масуда: взорвали бомбу, спрятанную в телекамере. Утверждалось, что это марокканцы из лондонского информагенства. Поэтому дело взялся расследовать Скотланд-Ярд, следователи из которого допросили Дубнова. Но из-за отсутствия достаточных улик следствие прекратили.

Президент Путин немедленно позвонил президенту Бушу: «Я в разговоре с ним упомянул о том, что на днях был убит лидер Северного альянса в Афганистане Масуд. И я сказал тогда американскому коллеге: “Знаешь, меня это очень тревожит. Такое чувство, что должно что-то произойти. Они явно к чему-то готовятся”».

Два дня спустя в Нью-Йорке были взорваны «башни-близнецы». Путин первым из иностранных лидеров выразил Бушу соболезнования и тут же оказал практическую поддержку грядущей американской кампании против «Талибана» и «Аль-Каиды». Его люди передали американцам немало информации, в том числе карты минных полей, многие из которых за давностью лет, естественно, были неточными. Путин открыл российское воздушное пространство для американских военных самолетов и убедил лидеров среднеазиатских государств последовать его примеру. Он встретился с лидерами Северного альянса, увеличил российскую военную помощь и убедил их сотрудничать с американцами. В последующие годы это сотрудничество развивалось. Северный маршрут снабжения через Россию становился все важнее, так как у американцев возникли проблемы с традиционным маршрутом через Пакистан. Продолжался и обмен информацией. В октябре 2010 года русские предоставили поддержку и советы для американского налета на четыре крупных фабрики по производству наркотиков. Это была первая совместная операция такого рода. Многие россияне считали, что американцы не слишком благодарны за то, что сделал для них Путин.

Когда американская кампания закончилась и в Кабуле воцарился новый режим, Россия продолжала укреплять связи с Афганистаном. Русские чиновники, журналисты и даже туристы ездили в Афганистан, как и практически все время после вывода советских войск.

Масуда похоронили в Панджшерском ущелье, на горе у его родного кишлака Джангалак. Ему немедленно поставили памятник. В церемониях на его могиле по случаю второй годовщины его смерти приняла участие солидная российская делегация во главе с генералом Варенниковым. С годами культ Масуда разросся, его гробница превратилась в крупный мавзолей. Русские все так же чтили его память. Пуштуны же с возмущением смотрели на прославление человека, который не был одним из них и который держал с русскими перемирие вместо того, чтобы сражаться.

Для одной из дивизий 40-й армии война так и не закончилась. 201-ю дивизию перевели из Афганистана в Таджикистан, где она осталась после распада СССР и обретения страной независимости. Ее штаб находился в столице Таджикистана Душанбе, а два полка базировались в Кулябе и Курган-Тюбе, неподалеку от афганской границы. Когда в 1992 году между правительством и мятежниками-исламистами разгорелась гражданская война, местные призывники-таджики дезертировали. Российские офицеры и прапорщики заперлись в казармах вместе с семьями и отказались сдаваться толпе. Ельцин принял дивизию обратно под российскую юрисдикцию. Ее состав пополнили российскими призывниками и контрактниками, служившими на выгодных условиях, и она стала ядром миротворческих сил СНГ. Когда в 1997 году гражданская война закончилась, миротворческие силы распустили, но дивизия осталась в Таджикистане с неопределенным статусом.

Для пограничных войск война тоже не кончалась. Их штаб-квартира тоже находилась в Душанбе, а отдельные части — на афганской границе. Некоторые из них участвовали в операциях в Афганистане, некоторые погибли (всего в Афганистане были убиты 576 офицеров КГБ). Теперь они продолжали охранять границу между Таджикистаном и Афганистаном, боролись с наркокурьерами и бандформированиями, жаждущими поддержать мятежников-исламистов в Таджикистане. В мае 1993 года Россия подписала с Таджикистаном соглашение о дружбе и сотрудничестве, по которому формальная ответственность за охрану границы переходила к России.