После победоносной для Японии Русско-японской войны 1904– 1905 годов, когда южный Сахалин превратился в губернию Карафуто (губернатором которой, как упоминалось выше, был с 1908 по 1914 год Садатаро Хираока – дед Юкио Мисимы), туда вновь вернулись старые японские порядки. Остров интенсивно заселялся иммигрантами с Японских островов, и вскоре пришлое население многократно превысило айнское. В 1914 году всех айнов Карафуто собрали в десяти населенных пунктах. Передвижение жителей этих резерваций по острову ограничивалось. Японцы всячески боролись с традиционной культурой, традиционными верованиями айну, пытались заставить айнов жить по-японски. Был снова запрещен «Медвежий праздник», в домах айнов наряду со служившими предметом поклонения деревянными палочками-инау, появились буцуданы (Буцудан, буквально: «дом Будды» – небольшой домовой или храмовый алтарь в традиционных японских домах. Обычно буцудан устраивается в виде шкафа с дверцами, внутри которого помещаются объекты религиозного поклонения (статуэтки Будды и бодхисатв), свитки с изображениями Будды (хондзон), изображения буддийской мандалы. Дверцы буцудана обычно закрыты, их открывают только во время религиозных мероприятий. Помимо прочего, в буцуданах хранят различные культовые принадлежности (буцугу): подсвечники, подставки для возжигания благовоний, молитвенные колокольчики, подносы для подношений. Последователи некоторых буддийских школ располагают в буцудане или рядом с ним ихаи – памятные таблички с именами заболевших близких. Буцуданы используются в религиозных практиках дальневосточных буддистов, перед ними молятся утром и вечером. Представители дзен-буддизма медитируют перед буцуданами. Традиция возводить алтари подобного типа пришла в Японию из Китая и Кореи) и камиданы (Камидана, буквально. «полка (ниша) для ками» – в традиционных японских домах – небольшое семейное синтоистское святилище. Камидана представляет собой полку, подвешенную на стене, либо нишу с полками, где размещены атрибуты синтоистского культа. Традиция устраивать подобные святилища связана с культом предков. Обычно камидана служили для молитвенных целей домочадцев и для жертвенных подношений богам (ками). Устраивать камидана в домах обычно могли себе позволить только представители зажиточных слоёв японского общества). Ассимиляционным целям служило и обращение в 1933 году всех айнов в японских подданных. Всем айнам присвоили японские фамилии, а молодое поколение айнов в дальнейшем получало и японские имена.

После поражения Японии во Второй мировой войне в 1945 году все айны (считавшиеся теперь уже японскими подданными) были – за исключением двухсот человек, – как «японцы» репатриированы советскими властями на «родину», то есть на совершенно чуждые им Японские острова, где подавляющее большинство из них отродясь не бывало.

В настоящее время в Японии, как уже говорилось выше, проживает, по официальным оценкам, от двадцати пяти тысяч до тридцати тысяч айну (и около двухсот тысяч – по неофициальным данным).