Весной 1998 года ситуация в Абхазии резко обострилась. Грузинские боевые группы существенно увеличили количество нападений на абхазскую армию, которая фактически потеряла контроль над Гальским районом. 18 мая грузинские партизаны совершили набег на абхазское отделение милиции в деревне Репи Гальского района, убив 17 милиционеров.

В ответ 20 мая 1998 года абхазская армия провела локальную операцию против грузинских партизан в Гальском районе. Для этого была собрана группировка в 3500 военнослужащих регулярной армии и 1100 местных ополченцев при поддержке танков T-55 и T-72, БМП и артиллерии.

Грузинские партизаны, вооруженные только легким стрелковым оружием, могли рассчитывать и на поддержку грузинской артиллерии и бронетехники МВД Грузии.

Наиболее ожесточенные бои развернулись за н.п. Кхумушкури, Квемо Барджеби, Саберио и Сида. В целом абхазская операция продолжалась 6 дней, таким образом, к 26 мая контроль почти над всем Гальским районом был восстановлен.

А еще ранее, 25 мая, в Гагре грузинские и абхазские делегации заключили соглашение о перемирии. Согласно ему, обе стороны должны были отвести свои вооруженные силы из Гальского района в 6 часов утра 26 мая. Для установления контроля над ситуацией была образована специальная комиссия, составленная из представителей Организации Объединенных Наций и других международных организаций. Условия достигнутых соглашений неоднократно нарушались грузинской стороной, что привело, в конечном итоге, к очередному всплеску конфликта в августе 2008 года.

В ходе почти недельных столкновений стороны понесли достаточно серьезные потери. По данным грузинской прокуратуры, собственные потери составили: пропавших без вести — 6 человек, убито — 35 гражданских и 17 военнослужащих, ранено — 24 и захвачено в плен — 56 человек. Абхазские потери оценивались в 600 убитых и сотни раненых.

По абхазским данным, со стороны абхазов насчитывалось 8 убитых и 17 раненых, со стороны грузин — около 160 убитых.

Кратковременные боевые действия, происшедшие в 2001 году в Кодорском ущелье, были связаны, прежде всего, с «чеченским следом» грузино-абхазского конфликта. Летом того года отряд грузинских боевиков под руководством представителя президента Грузии в Кодорском ущелье Эмзара Квициани и при поддержке чеченских боевиков полевого командира Руслана Гелаева попытался захватить стратегически важное Кодорское ущелье.

Первые столкновения произошли еще в июле 2001 года при попытке боевиков провести разведку боем. 17–18 июля боевики выдвинулись из верхней части Кодорского ущелья и прошли на 70 км вглубь территории Абхазии, после чего отступили, наткнувшись на сопротивление и понеся потери. Однако это было только начало.

25 сентября чеченские боевики и грузинские формирования общей численностью около 500 человек попытались захватить Гульрипшский район Абхазии. 4 октября они напали на деревню Георгиевское. Через 4 дня над Кодором был сбит украинский вертолет с наблюдателями ООН, при этом погибли 9 человек.

К середине октября грузинские отряды были разгромлены и отступили на прежние позиции. 18 октября 2001 года Министерство обороны Абхазии заявило, что их силы восстановили полный контроль над Кодорским ущельем. Как утверждалось в СМИ, в тех боях был ранен командир отряда чеченских боевиков Руслан Гелаев.

Официальный Тбилиси отверг свою причастность к этой антиабхазской акции, оставив без ответа закономерные вопросы о том, каким образом Гелаев со своим отрядом, техникой и боеприпасами сумел незаметно перебраться из Панкисского ущелья в восточной части Грузии на запад, в Абхазию, ведь для этого понадобилось преодолеть примерно 400 км пути, затем проделать обратный путь, причем вместе с ранеными, и почему Грузия не противодействовала боевикам, а напротив, ее официальный представитель участвовал в совместной военной операции с ними. По этому поводу глава Службы государственной безопасности Республики Абхазия Рауль Хаджимба в интервью газете «Утро» предположил, что, скорее всего, в планы Грузии входило дождаться установления контроля чеченских боевиков над Сухуми, а затем под предлогом войны с терроризмом провести якобы антитеррористическую операцию против них, попутно захватив Абхазию.

Связь грузинского руководства с Гелаевым косвенно подтверждает позиция президента Грузии Эдуарда Шеварднадзе, ранее обвинявшего боевиков Гелаева в «геноциде» грузин в 1992–1993 годах, а затем, после неудавшегося рейда в Абхазию, неожиданно сделавшего заявление о возможной непричастности Гелаева к боевикам. Такое заявление, прозвучавшее 8 ноября 2001 года, вынудило Генпрокуратуру России уже на следующий день направить Грузии требование о выдаче Гелаева.

Приход к власти лидера «Национального движения Грузии» Михаила Саакашвили, который победил 4 января 2004 года на внеочередных президентских выборах в Грузии, означал только новый виток борьбы за реинтеграцию Абхазии.

В интервью от 26.01.2004 года, отвечая на вопросы газеты Neue Zuercher Zeitung, новоизбранный президент подчеркнул, что «регион находится под контролем российских генералов. Он открыт для другой незаконной деятельности. Абхазский конфликт, с одной стороны, является делом двухсторонних российско-грузинских отношений. Но, с другой стороны, мы обязаны также обратиться к абхазскому населению, поскольку среди него существуют эти сепаратистские интересы. Абхазский вопрос является, с одной стороны, следствием российско-грузинской войны в начале 90-х годов, а с другой — продуктом этнического конфликта».

В середине июля 2006 года парламент Грузии принял резолюцию, в которой в ультимативной форме было выражено требование вывода российских миротворческих сил из Абхазии и Южной Осетии. В ответ на это парламент Абхазии призвал все страны, в том числе Россию, «незамедлительно начать процесс официального признания независимости Республики Абхазия», а также решил обратиться к ООН, ОБСЕ и другим международным организациям с просьбой «пресечь милитаристские планы грузинского руководства».

Руководитель МИД РФ Сергей Лавров 20 июля в интервью газете «Коммерсант» заявил: «Благодаря миротворцам в Южной Осетии и Абхазии сохраняется мир и не льется кровь. Если кто-то забыл, можно вспомнить, как эти конфликты начинались и какой ценой, включая жизни наших солдат, удалось кровопролитие остановить. И в том, и в другом случае есть механизмы, одобренные международными организациями. Для Южной Осетии — это ОБСЕ, для Абхазии — это ООН. В рамках этих организаций одобрены, как я уже сказал, существующие миротворческие механизмы. Поэтому решение парламента — это попытка обострить ситуацию до предела».

В конце июля 2006 года президент Грузии Михаил Саакашвили отменил свой визит в Москву для участия в неформальном саммите СНГ в связи с отказом российской стороны организовать его встречу с Владимиром Путиным.

А 25 июля подразделения грузинских вооруженных сил и МВД (до 1,5 тысячи человек) были введены в Кодорское ущелье. Формально — для проведения спецоперации против местных вооруженных сванских формирований (батальона «Монадире») Эмзара Квициани, отказавшегося подчиниться требованию министра обороны Грузии Окруашвили сложить оружие и обвиненного в «измене родине».