В этих условиях существенно возросла роль армии, которая и без того в ходе Революционных войн приобрела немалую самостоятельность. Армия стала одним из важных символов достижений Французской революции и воплощала в себе, в частности, безграничные возможности для продвижения по социальной лестнице. Она лишь до известной степени отражала тот разброс политических взглядов, который существовал в обществе. Армия была существенно более республиканской, чем население страны в целом, и более безразличной к религии – во многом за счет проводившейся в ней чрезвычайно активной пропаганды. Войска привыкали считать себя спасителями отечества – и на полях сражений, и во внутриполитических баталиях. Солдаты нередко были преданы популярным генералам, особенно с учетом того, что их снабжение и вознаграждение зачастую зависели не столько от Директории, сколько от командующего. Генералы же формально подчинялись правительству, но в реальности, как показал пример похода на Париж Гоша и кампаний Бонапарта, обладали немалой автономией, причем власти предпочитали с полководцами не ссориться. Да и сами генералы стали со временем превращаться в дипломатов и политиков, будь то Бонапарт в Австрии или Клебер в Египте.

По закону от 19 фрюктидора VI года (5 сентября 1798 года), предложенному генералом Жаном-Батистом Журданом, победителем при Флерюсе, и Пьером Дельбрелем, впервые в истории Франции вводилась всеобщая воинская повинность. Статья 1 гласила: «Каждый француз является солдатом и обязан защищать родину». Армия должна была состоять из волонтеров и призывников. Призыву подлежали французы от 20 до 25 лет в том объеме, который необходим для вооруженных сил; служба в армии оплачивалась. Таким образом, в войска попадали французы из разных регионов страны и различных социальных слоев.

Закон Журдана ставил европейские страны, в частности Англию, в сложное положение. Переход Франции ко всеобщей воинской повинности в условиях, когда она воевала лишь с Великобританией и Османской империей, означал, что Республика не отказалась от планов экспансии. Отсюда следовал естественный вывод: чем раньше по ней будет нанесен удар, тем меньше времени у нее останется для подготовки к новой войне. К тому же стало ясно, что Франция не готова ограничиться итогами Кампоформийского мира: создание в первой половине 1797 года Леманской, а затем и Гельветической республики на территории Швейцарии, оккупация Рима и пленение Пия VI показывали, что революционеры по-прежнему стремятся к расширению зоны влияния.

Османской империи не удалось разбить армию Бонапарта в Египте, однако постепенно у Турции стали появляться союзники. Неготовность республиканцев пойти на всеобщий мир заставила Павла I отказаться от роли миротворца, тем более что он, будучи протектором Мальтийского ордена, очень болезненно воспринял захват острова Бонапартом. В ноябре под давлением Англии и на волне недовольства оккупацией Рима войну Франции объявило Неаполитанское королевство. Оно освободило Рим, но французы ответили на это завоеванием Пьемонта: сардинского короля заставили отказаться от остававшихся у него территорий в Северной Италии и удалиться на Сардинию. Затем французская армия вновь заняла Рим и погнала неаполитанцев к югу.

Врагам Франции стало понятно, что настало время вновь объединить усилия. В декабре 1798 года была подписана конвенция между Российской и Османской империями, позволявшая русским судам пройти через проливы в Средиземное море. А несколько дней спустя оформился союз между Россией, Англией и Неаполем, имевший целью прежде всего освобождение от французов территорий захваченных итальянских государств. Правда, Неаполитанское королевство новый альянс от поражения не спас: союзники не успели прийти ему на помощь. Его войска оказались разбиты, сам Неаполь был оккупирован, а король бежал на Сицилию. Пьемонт присоединили к Франции, а на территории Южной Италии, вопреки желанию Директории, которая предпочла бы использовать ее как разменную карту в дипломатической игре, была создана очередная – Партенопейская – республика, названная так по древнему наименованию Неаполя.

К началу 1799 года из активных участников Первой коалиции нейтралитет сохранили лишь Пруссия и Австрия. Пруссия не поддалась на уговоры французов заключить более тесный союз, но не захотела и участвовать в коалиции. Хотя Англия и Россия предлагали ей субсидии и 40 тысяч российских солдат, они не достигли успеха. Отсутствие Пруссии в определенной степени компенсировалось стремлением стран коалиции согласовывать свои действия и тем, что впервые за годы революционных войн российская армия под командованием Суворова пришла в Европу. А вот Австрия своим согласием пропустить русские войска спровоцировала гнев Франции, и та в марте 1799 года объявила императору войну. В связи в этим в апреле переговоры в Раштатте были прерваны, а большинство французских представителей убиты венгерскими гусарами. Вскоре к коалиции присоединился и король Швеции.

Сердцем Второй антифранцузской коалиции, как и Первой, стала Англия. Основной вопрос, который стоял перед англичанами: «Мы сделали слишком мало или слишком много?» Привел бы более высокий приоритет войны с Францией к лучшим результатам или разумнее было беречь ресурсы? Итогом этих обсуждений явился разработанный Гренвилем план, согласно которому русской армии совместно с английским десантом предстояло нанести удар по Нидерландам, австрийцы, пройдя через Германию и Швейцарию, должны были выйти к Рейну, а русским, австрийцам и туркам предстояло освободить Италию при поддержке местного населения: ожидалось, что оно поднимет восстание против оккупантов. Во Франции рассчитывали на мятеж роялистов запада и юго-запада и на появление в Провансе генерала Пишегрю во главе армии, состоящей из русских и эмигрантов. Победа казалась тем более близкой, что Директория не могла опереться на лучших полководцев: Бонапарт был в Египте, Гош скончался еще в конце 1797 года, Моро побаивались и сомневались в его лояльности.

Война началась для Франции неудачно. Из четырех генералов, которые должны были действовать против Австрии, только Массена, воюя в Швейцарии, добился некоторых успехов. Еще хуже обстояло дело на Апеннинском полуострове. С декабря 1798 года в центральной и особенно южной Италии активизировалось повстанческое движение, отстаивавшее монархические и религиозные ценности. Основу его составляли крестьяне и городской плебс. Народ, который, согласно революционной пропаганде, должен был поддержать «освобождение от тирании», на деле поднялся против захватчиков, создавая партизанские отряды.

С появлением в северной Италии Суворова совместные действия русско-австрийских войск сделали положение французов безнадежным. Север был освобожден всего за несколько месяцев: к концу апреля Милан, а к концу мая Турин. В июне рухнула Партенопейская республика. Армия эрцгерцога Карла угрожала войскам Массена в Швейцарии.

Директория попыталась переломить ситуацию, отправив в начале июля в Северную Италию генерала Жубера, однако он задержался, предоставив Суворову возможность собраться с силами. В результате 15 августа превосходившая французов по численности австро-русская армия разгромила войска Жубера в битве при Нови недалеко от Генуи, в которой 30-летний генерал был смертельно ранен. В сентябре неаполитанцы и англичане освободили Рим.