Начиная с 7 марта проводится интенсивная подготовка и к депортации семей тех, кого высшая партийная инстанция предписала расстрелять. Решение о проведении депортации приняли 2 марта 1940 г. и Политбюро ЦК ВКП(б), и Совет народных комиссаров (СНК) СССР. 7 марта Л. П. Берия направил наркомам внутренних дел УССР И. А. Серову и БССР Л. Ф. Цанаве приказ о подготовке к выселению семей польских офицеров, полицейских и заключенных тюрем (см. № 2). Депортацию следовало подготовить к 15 апреля, семьи выселять на 10 лет в Казахстан. Строжайше предписывалось провести операцию в один день, начав ее на рассвете.

Для более четкого проведения массового выселения семей тех, кто подлежал расстрелу, Л. П. Берия приказал П. К. Сопруненко срочно подготовить списки военнопленных трех лагерей с указанием состава семей и их адресов (см. № 3). Реестры следовало составлять по городам и другим населенным пунктам западных областей Украины и Белоруссии и направлять в НКВД УССР и БССР. Нарком приказал подготовить и списки тех, чьи семьи проживали на территории Польши, оккупированной Германией (см. № 3, 6). Если данные о проживавших на советской территории людях представляли практический интерес для органов НКВД СССР в связи с планировавшейся депортацией, то адреса тех, кто находился в генерал‑губернаторстве, не могли быть использованы ими. Не исключено, что списки живших в центральных польских воеводствах людей готовились по договоренности с Германией. Во всяком случае, одновременное проведение печально известной нацистской «Акции А‑Б» по уничтожению польской интеллектуальной и государственной элиты и сталинских операций по расстрелу около 22 тысяч поляков и депортации 25 тысяч их семей весьма симптоматично.

7 марта П. К. Сопруненко во исполнение приказа наркома направил распоряжение начальникам Старобельского, Козельского и Осташковского лагерей о порядке составления списков с приложением его формы (см. № 4). Для организации этой работы в лагеря были направлены руководящие работники УПВ, которые со всей энергией взялись за выполнение «ответственного задания» (см. № 7). С предстоявшей депортацией был связан и приказ Берии наркому внутренних дел Казахской ССР С. Н. Бурдакову (см. № И).

16 марта начинается работа по составлению справок на военнопленных трех лагерей и заключенных тюрем, по которым в соответствии с решением Политбюро ЦК ВКП(б) от 5 марта 1940 г. «тройка» должна была принимать решение о расстреле военнопленного или заключенного. Справки на офицеров и полицейских должно было представлять Управление по делам о военнопленных, на заключенных – НКВД УССР и БССР. Форма справки поступила к Сопруненко от Кобулова 16 марта (см. № 8). В последнюю графу – «Заключение» следовало вписывать краткую формулу обвинения и статью УК РСФСР (для заключенных тюрем – УК УССР и УК БССР). В связи с этим из лагерей в Москву были отозваны сотрудники УПВ (см. № 9). Составлению справок придавалось огромное значение. Заказывать форму для них в типографиях категорически запрещалось ввиду сугубой секретности проводимых работ (см. № 15). Первые три графы справок заполнялись еще в лагерях, которые бросили все силы на выполнение этого задания. В одной из шифровок П. К. Сопруненко обращал особое внимание начальника Старобельского лагеря А. Г. Бережкова на необходимость отмечать во второй графе справок адрес семьи военнопленного с указанием названия населенного пункта, уезда, воеводства (см. № 15). 19 марта начальник Осташковского лагеря П. Ф. Борисовец сообщил в УПВ: «Работа начата 19‑го. Дела будут доставлены 21‑го нарочным». 20 марта П. К. Сопруненко предложил П. Ф. Борисовцу прекратить составление справок на тех военнопленных, в отношении которых были оформлены следственные дела (6050 таких следственных дел, в которых имелись обвинительные заключения, к 1 февраля 1940 г. были переданы на Особое совещание НКВД СССР). На остальных лиц следовало заполнить опросные листы и дополнения к ним, обратив особое внимание на пункт о служебной деятельности. В не законченные следствием дела необходимо было вложить весь агентурно‑оперативный материал на военнопленного и справку утвержденной Б. З. Кобуловым формы. 31 марта П. Ф. Борисовец доложил, что им посланы в Москву 345 дел с агентурным и иным оперативным материалом на тех лиц, по которым ранее следствие проведено не было. В Козельском и Старобельском лагерях справки‑заключения составлялись на весь контингент, так как их дела ранее не готовились для передачи на Особое совещание и, соответственно, обвинительных заключений в отношении них не существовало. С 21 марта в УПВ стали поступать подготовленные в Козельском и Старобельском лагерях справки. В частности, из Старобельска в Москву к 23 марта были направлены материалы на 760 человек (см. № 14). 30 марта Сопруненко потребовал присылать справки в первую очередь на высший, затем на старший и средний офицерский состав, в последнюю – на врачей, учителей, агрономов, других гражданских лиц, на которых не имелся компрометирующий материал (см. № 18). Сопруненко пристально следил за тщательностью подготовки присылаемой из лагерей в УПВ документации. 29 марта он направил в Козельск шифровку: «[В] присланных личных делах пленных большая путаница. Искажены фамилии, имена [в] фотографиях и основных документах. Справки заполняются небрежно, [в] плохой редакции. Предлагаю обеспечить четкую работу [по] заполнению справок, уточнению всех вопросов на месте. Управлению высылать проверенные, уточненные учетные дела».

Наряду с оформлением материалов на контингент трех спецлагерей на местах принимались и другие меры по подготовке к операции. С 16 марта была запрещена переписка всех военнопленных. Начальство ужесточило пропускной режим, усилило охрану лагерей, сосредоточило на соответствующих железнодорожных станциях большое количество подвижного состава и т. д. Представитель центрального аппарата НКВД СССР в Старобельском лагере капитан госбезопасности И. Д. Безруков сообщал в Москву, что в Харькове все готово, а в Старобельске имеются вагоны (см. № 14).

Главное транспортное управление НКВД СССР во главе с его начальником комиссаром госбезопасности III ранга С. Р. Милыитейном разработало подробнейший план доставки военнопленных из лагерей к местам их казни. На протяжении полутора месяцев Милынтейн ежедневно, а иногда и два раза в день, направлял Берии и Меркулову сводки, фиксируя малейшие отклонения от плана перевозок, количества отправляемого порожняка, загружавшихся и разгружавшихся вагонов и т. д. (см. № 27).

Незадолго до начала операции в Старобельск выехали капитан госбезопасности М. Е. Ефимов, возглавлявший ранее оперативную бригаду центрального аппарата НКВД СССР в этом лагере, и В. Д. Миронов, работник 5‑го отдела (ИНО) ГУГБ НКВД СССР, отвечавший за агентуру. В Козельский лагерь вновь прибыл майор госбезопасности В. М. Зарубин, в Осташковский – ст. лейтенант ГБ Д. К. Холичев.

В лагерях находились и представители Главного управления конвойных войск (ГУКВ) – И. А. Степанов (Козельск), А. А. Рыбаков (Старобельск), М. С. Кривенко (Осташков), ответственные работники Комендантского отдела АХУ, ГЭУ, ГТУ и др. подразделений НКВД СССР.

Тщательно готовился и расстрел узников тюрем западных областей УССР и БССР. 22 марта Л. П. Берия подписал приказ № 00350 «О разгрузке тюрем НКВД УССР и БССР» (см. № 13). Он был нацелен на то, чтобы централизовать расстрел заключенных, свести к минимуму число лиц, задействованных в операции. Для этого было решено сосредоточить заключенных, подлежащих расстрелу, в тюрьмах Киева, Харькова, Херсона и Минска, предварительно отправив из них заключенных в лагеря ГУЛАГа. Всю операцию по переводу заключенных из Львовской, Ровенской, Волынской, Тарнопольской, Дрогобыческой, Станиславской, Брестской, Вилейской, Пинской и Барановической областей в Киев, Минск, Харьков и Херсон следовало провести в 10‑дневный срок. Для оказания помощи республиканским НКВД в Киев был направлен начальник Главного тюремного управления НКВД СССР майор госбезопасности П. Н. Зуев, в Минск – начальник отдела ГТУ НКВД СССР капитан госбезопасности А. А. Чечев. Перевозку заключенных украинских и белорусских тюрем должен был обеспечить нарком путей сообщения Л. М. Каганович (см. № 12).