В выступлениях наркома юстиции РСФСР Н. В. Крыленко, популяризировавшего идею обострения классовой борьбы в СССР, выделялись в качестве основных следующие ее формы: «1) контрреволюционные организации; 2) элементы бандитизма и разложения в наших учреждениях и вне их; 3) спекулятивная торговля; 4) кулацкое сопротивление. Во всех этих четырех формах классовый враг выступает, так сказать, в чистом виде».

Согласно логике наркома, религиозные организации были отнесены к «контрреволюционным организациям», что оправдывало применение по отношению к ним самых жестких мер воздействия.

В поступающих с мест в комиссию отчетах красной нитью проходит мысль о том, что местные органы власти считают возможным «упрощенное разрешение» вопросов, связанных с деятельностью религиозных объединений, без какого-либо их документирования, без учета «действительной потребности населения в отправлении обрядов религиозного культа». Так, комиссия Горьковского исполкома сообщала о многочисленных случаях нарушений законодательства о культах, в частности в области наложения административных взысканий. Указывалось, что «штрафы налагаются сельсоветами в размерах до 500 рублей — за несоблюдение противопожарных мероприятий, антисанитарию, невыполнение ремонта и т. д.; сроки для уплаты устанавливаются от „немедленно“ до трех дней. Как выяснилось по некоторым делам, такие штрафы получаются потому, что штраф за одно и то же нарушение исчисляется путем умножения штрафной ставки (обычно в размере установленного законом максимума или даже выше) на количество членов церковного совета или на количество верующих, составляющих т. н. церковный приход. Такой же принцип используется и при взимании пошлины за подаваемые заявления о разрешении всякого рода шествий и церемоний: ставка пошлины в три рубля умножается на количество подписей на заявлении, в других местах — на количество сел и деревень, составляющих „приход“, и даже на количество участников того или иного шествия, для чего предварительно отбираются от церковного совета необходимые сведения».

Единственно возможным выходом из создавшегося положения было, по мнению П. Г. Смидовича, создание общесоюзного органа, ответственного за «церковную политику», принятие общесоюзного акта по регулированию деятельности религиозных организаций. В январе 1934 года в записке в Президиум ЦИКа СССР он отмечает ненормальность сложившегося положения, когда в республиках не было единства в решении одних и тех же вопросов, связанных с законодательством о религиозных культах, как не было и единой системы органов, отвечающих за проведение этого направления советской работы. И предлагает «расширить деятельность Постоянной культовой комиссии при Президиуме ВЦИК, развернув ее в орган союзного значения при Президиуме ЦИК Союза ССР».

…В условиях антирелигиозного и административного разгула все труднее удавалось Сергию удерживать «на плаву» церковный корабль, которому раз за разом наносились удары. На начало 1930 года 37 архиереев отказались от административного подчинения его церковной власти. В храмах ряда областей духовенство «не поминало» за богослужением имени его как заместителя местоблюстителя. Он вынужден был отрешать от кафедр тех епископов, которых власть, инкриминируя им политические или уголовные деяния, осуждала на тюремное заключение. Заменить их было некем, ибо немногие в те годы решались на пастырское служение.

На страницах «антирелигиозной» прессы вновь появились призывы расправиться с религиозными организациями, творящими «вражеское дело», распространяющими «реакционные, враждебные социализму идеи».

Раскручивающийся в стране маховик репрессий не обошел стороной православное духовенство. Только среди иерархов церкви в 1931–1934 годах было арестовано более тридцати человек. Как правило, им предъявлялось обвинение в «контрреволюционной и шпионской деятельности». Дальнейшая судьба большей части из них трагична.

Доставалось в эти годы и самому митрополиту Сергию. То ему угрожают судебным преследованием за то, что «посмел» разрешить добровольные пожертвования на помощь пострадавшим от стихийных бедствий, то пытаются отобрать здание Елоховского собора в Москве, то выдвигают на страницах «антирелигиозной» литературы вздорное обвинение в шпионаже в пользу японских спецслужб.

И тем не менее Советское государство, фактически тоже вынужденно, пошло на некоторые уступки: временно приостановился процесс закрытия храмов, частично были возвращены ранее закрытые; разрешено издание «Журнала Московской патриархии» и совершение епископских хиротоний: с 1930 по 1934 год в сан епископа были посвящены 22 человека, в 1932 году Сергий был награжден предношением креста при богослужении, а в 1933 году все члены Временного патриаршего синода были возведены в сан митрополитов.

Свои нападки на церковь власть нередко оправдывала ссылками на деятельность «карловацкого раскола», лидеры которого исповедовали и привносили в ряды русской эмиграции идеи реставрации монархии, борьбы с «большевизмом и Советами». В одном из своих посланий в феврале 1930 года митрополит Антоний (Храповицкий) говорил, обращаясь и к тем, кто был в России: «Идите же смело, други, за веру, царя и отечество!.. Русские люди, я вновь призываю вас на борьбу с врагами Христовыми — большевиками и прочими богоборцами; готов первый умереть в этой борьбе».

Но в самой эмигрантской среде существовала сильная оппозиция этому политическому курсу, и тем более его не разделял митрополит Сергий, который неоднократно призывал «карловчан» не путать церковный амвон с политической трибуной.

В июне 1934 года, считая, что время увещаний, ожиданий и отсрочек окончилось, Патриарший синод принял постановление о предании церковному суду заграничного духовенства «карловацкой группы» как восставшего на свое законное священноначалие и упорствующего в расколе и отстранил его от церковных должностей до суда. С этого времени каких-либо связей между митрополитом Сергием и «карловчанами» не поддерживалось.

Спустя некоторое время в неприметный домик в Бауманском переулке, где в те годы располагалась Московская патриархия, принесли конверт, сплошь покрытый штемпелями: видно, не одно почтовое отделение он прошел в поисках адресата. Внутри лежал лист бумаги. Неизвестное лицо, скрывшееся за псевдонимом Наблюдатель, сообщало о том, какое тяжкое впечатление произвело на митрополита Антония (Храповицкого) предание его церковному суду. «Я посетил владыку, — писал незнакомец, — и в разговоре со мной он упоминал о Вас исключительно в добрых словах: „светлая голова“, „доброе сердце“; вспоминал совместный труд в Санкт-Петербургской академии, многолетнюю вашу дружбу. И хотя, говорил он, в последние годы Сергий перемудрил и политический курс его я принять не могу, но добрые чувства к нему сохраняю поныне. А в конце беседы Антоний показал когда-то Вами подаренную ему панагию с выгравированной надписью: „Дорогому учителю и другу!“». А еще таинственный корреспондент писал о каком-то спасительном «елее», который в наступивший грозный для православной церкви час Антоний предлагает своему бывшему ученику и другу, увещевая его отвергнуть сотрудничество с безбожниками большевиками и пойти на мученичество.

Видимым признанием авторитета и особенного положения митрополита Сергия стало решение, принятое на расширенном заседании Патриаршего синода 27 апреля 1934 года, о переводе его с Нижегородской кафедры на Московскую кафедру, вдовствующую после кончины патриарха Тихона, и присвоении титула «Блаженнейший» и права ношения двух панагий.