Наиболее равнодушные к обрядовости люди восприняли новые установления спокойно, то есть без сопротивления. Но были и другие, которые видели в новшествах вмешательство самого князя тьмы, а в патриархе и его сподвижниках — его ближайших слуг. Все они, кто поднял свой голос против нововведений Никона, были сосланы или замучены в темницах. Протопоп Иоанн Неронов привезен на Борисоглебский двор, бит плетьми, прикован цепь на шею, как собака, и отослан на далекое Кубенское озеро, а оттуда еще дальше — в Кандалакшский монастырь, где Никон велел «держать его там скованным цепями, и не давать ему ни чернил, ни бумаги, чтобы он не имел возможности ничего писать из своего тяжкого заточения». Другой протопоп — Даниила Костромской — схвачен в Москве, острижен, лишен сана, избит жестоко и сослан в Астрахань, где его бросили в яму и замучили до смерти. Протопоп Даниила Темниковский — «посажен в монастырь у Спаса на Новом». Священник Михаил — «погублен безвестно». Но особо жестокая участь выпала протопопу Аввакуму. Его заковали в цепи и бросили в Андроньев монастырь. Там над ним издевались, морили голодом, выдирали волосы, таскали за цепи, били по ребрам и плевали в лицо. Протопоп смиренно сносил надругательства, но от веры своей не отрекался. Тогда его сослали из Москвы в Сибирь. Сначала он попал в Тобольск, потом в Енисейск, затем в Даурию. Другой оппонент Никона, епископ Павел Коломенский, был избит и лишен сана прямо на Соборе и отправлен в северный Палеостровский монастырь. Никон приказал там предать его жестоким мучениям и сжечь в срубе. Летописец по этому поводу меланхолично заметил, что бывший епископ «яко хлеб Богови испечеся». После Собора 1666–1667 года в далекую ссылку на север, в Архангельский край, в Пустозерск, были отправлены многие инакомыслящие. Там их всех посадили в земляную тюрьму, предварительно вырвав языки, лишив правых рук — чтобы ни проповедовать, ни писать более не могли. Некоторым, очевидно, языки удалили не полностью, пришлось экзекуцию повторять. Сюда был в конце концов доставлен и многострадальный протопоп Аввакум. 14 апреля 1682 года, после четырнадцати лет заточения в темноте и сырости, в земляном гробу, их вывели на городскую площадь, где уже был подготовлен сруб. Была весна, яркая и солнечная погода. Как пишет Мельников, «бодро и радостно вошли они в сруб. Толпа людей, сняв шапки, молчаливо окружила место казни. Подожгли дрова, и сруб запылал. Протопоп Аввакум успел еще обратиться к народу с прощальным словом. Подняв высоко сложенную в двоеперстие руку, он завещал: „Вот будете этим крестом молиться, вовеки не погибнете“. Когда мученики сгорели, народ бросился собирать на память святые кости их, чтобы разнести их потом по всей русской стране».

Еретиками, то есть приверженцами старой, единственно верной для них веры, были и все насельники северного Соловецкого монастыря. Они пять раз писали царю Алексею Михайловичу и просили его сохранить им их веру. «Лучше нам временною смертию умереть, нежели вечно погибнуть. И если нас предадут огню и мукам или на части разсекут, мы и тогда не изменим апостольскому преданию вовеки», — поясняли они свою точку зрения, выбирая лучше уж смерть, чем отказ от религии отцов. Царь тоже так считал: хотят смерти, так пусть ее получат. Он отправил на Соловки военную команду, наказав силой заставить соловецких монахов принять новую веру и новые книги. Как только стало известно, что на монастырь идет войско, монахи затворились в нем, как в крепости. Семь лет царские посланцы осаждали монастырь! Захватить оборонявшихся удалось только 22 января 1676 года. Расправа была кровавой: кого утопили в прорубях, кого повесили, кого казнили на наскоро сделанной плахе. Всего погибло около четырехсот человек, в живых остались только 14 старцев. Вся земля монастыря была покрыта частями тел, залита кровью. Новую веру на Соловках принимать стало некому. К лету тела собрали и погребли, а на место убитых монахов прислали из Москвы новых. Эти твердо держались реформированной церкви.

Вполне понятно, что обреченные охотно выбирали мученическую смерть по своей воле, а не по воле властей. Так что по всей стране началась эпидемия самосожжений. В старинном тексте «Жалобница поморских старцев о самосожжении» дается такая картина того жестокого к раскольникам мира: «В лето от воплощения Слова Божия во исполнение по Писанию числа зверина 1666-е, в царствующем граде великоросийския державы бысть отступление от отеческаго благочестия православныя веры, от злочестиваго деяния и лукаваго сонмища злобою и нечестием Никона патриарха, претвориша бо ся пастырие в волчее естество и разсвирепеша на стадо Христовых овец и разгнаша я по горам и пропастям земным, и оттоле бысть пастырем оскудение, а безчиния вина. И ту явишася благочестивыя от нечестивых; овии убо, яко добрии воини Христови, мужественно ополчившеся противо нечестивых, и даже до крови храбро ставше, и по благочестии душа своя нещадно положиша; инии же — вирхи горам постигоша, и пустынныя дубравы населиша, и ту соблюдающе со искуством благоверие. Другии же — разслабевше душами своими на горшее, и предашася волком, яко пастырем, в погибель последоваша прелести латыноримскаго костела, и оставиша церковное благоверие евангельския правды. Нецыи же, извет благочестия восприемше, прохождаху сквозе грады и веси, и предлагающе простым людем необычное учение, странно толкующе божественное Писание, и новосекуще неведом путь — нелепое учение самоубиственныя смерти. И на се явишася учители мнози по различию достоинства, иноческаго и мирскаго, и сташа в пререкание истиннаго дохмата в приличное разсуждение неправый веры. Токмо образом благоверия мирницы являющеся, делом же, яко убийцы, по Писанию разсуждающе, и нечувственне явишася проповедницы соблазну, и всюду растекошася на сиверных странах, и скоро плениша немалую часть русския земли, даже и до днесь подвизают на самогубительное сожжение внутрь полунощных и западных стран… Что же от романовских учителей згоревших и кто им число изочтет, — токмо Бог един весть. В северных же странах многочисленное згоревших и ниже мест описати возможно. От Игнатия бо и Германа, соловецких старцов, и их учеников в Каргополских пределех боле сед ми сот мужей, и жен, и детей сожгоша сами себе. Сам же Игнатей, собрав две тысящи и пятсот, и со всеми заключившася в манастыре в Палеострове, и взяв множество книг, и чудотворныя иконы, и прочия церковныя вещи, и ту пожгоша сами себе вси от мала и до велика их, иконы же, и книги, и церков пожгоша. По двою лету сего ужаснаго и страшнаго пожара Ерман, старец соловецкий, и ученик его Емельян, и собравше болше двою тысящ поселянских мужей, жен и детей в той же монастырь, в Палеостров, и сотворивше такожде, якоже Игнатий, сожгоша сами себе, икон же и книг многочисленное с ними згореша, церков же и монастырь до основания сожгоша. Того же лета и доброписец и певец Иосиф, поморский старец, опроверже себе в необычный дохмат, благонадежно упова на самосожжения чистец, и собрав поселянский чади триста и пятдесять, и со всеми сими купно и сам сожжеся; и на Березовом Острове полторы тысящи згорело, лопския погосты до конца запустеша, людем же сожженным Бог весть число. В Новгороцких же, и Псъковских, и Олонецких пред ел ех толико множество поселянских людей, яко хврастия, сами себе сожгоша от учения сего страннаго догмата. Еще же в Колмогорской и Важской Палестине многочисленное сожгоша сами себе». Эти самосожжения, которые, по мнению поморских старцев, противны истинной вере, происходят только от гонений официальных иерархов церкви, потому обращаются они к власть предержащим с такими последними словами: «Учините милостиво, отцы святии, Господа ради, порадейте усердно о сем разсуждении, понеже многочисленное приготовилися в нашей стране самех себе сожечь деревенскаго народу. Сего ради подайте руку помощи о Христе таковой бедности християнским душам». Но отцы не порадели.