Таким образом, внутреннее состояние «Сфатул Цэрий» не позволяет говорить о нем как о едином органе. Понятно, что в таких условиях сторонники сближения с Румынией должны были действовать втайне от остальных его членов. 14 (27) декабря представители «Сфатул Цэрий» в Яссах вновь обратились к Румынии за помощью. Они надеялись также получить помощь и от УНР. 19 декабря (1 января 1918 г.) на закрытом заседании «Сфатул Цэрий» было решено дать Совету генеральных директоров карт-бланш на приглашение иностранных войск. Правда, даже в Совете директоров не было единства по вопросу о том, кого именно следует пригласить. 21 декабря (3 января 1918 г.) в Яссы военному министру Румынии была отправлена телеграмма с просьбой прислать в Кишинев в распоряжение Совета директоров полк трансильванцев из Киева: «Согласно решению Генерального совета директоров Молдавской республики просим Вас распорядиться о срочной отправке в Кишинев полка ардяльцев».[38] 22 декабря (4 января 1918 г.) Совет директоров обратился к французскому военному атташе при МНР полковнику д'Альбиа с предложением подготовить соглашение «о приглашении союзных атташе и присылке инструкторов для правильной организации войск республики».[39]

Несмотря на все усилия и пропаганду дружбы с Румынией, МНП так и не удалось создать заметную поддержку этой программе среди местного населения. На выборах в Учредительное собрание за депутатов от МНП проголосовало всего 2,3 % избирателей Бессарабии. Даже солдаты-молдаване республиканской армии были настроены отрицательно к идее отделения от России. В Кишиневе ВРК Южного района и исполкомы Кишиневского и Бессарабского губернского Советов 24 декабря (6 января 1918 г.) создали Революционный штаб советских общереспубликанских войск Бессарабского района во главе с Е. М. Венедиктовым, которому подчинялись все советские отряды.[40] 28 декабря (10 января 1918 г.) румынские и украинские части захватили Унгены, устроив расправу со сторонниками советской власти. 29 декабря (11 января) с ведома и разрешения «Сфатул Цэрий» в с. Лозово прибыли 40 офицеров и 20 солдат румынской армии якобы для закупки продовольствия. В тот же день «Сфатул Цэрий» решил пригласить румын для наведения порядка. Однако сведения об этом просочились в прессу и вызвали всеобщее недовольство. В этих условиях 1 (14) января 1918 г. Кишиневский Совет взял власть в свои руки, но «Сфатул Цэрий» не был разогнан. В течение января 1918 г. в неоккупированных районах Бессарабии установилась советская власть.

1 (14) января 1918 г. Фронтотдел издал приказ № 1, в котором предписывал всем властям и учреждениям строго следовать его приказам, не исполнять приказы Центральной рады УНР, генерала Щербачева и других самопровозглашенных органов. Всем военным и почтово-телеграфным учреждениям Румынского фронта предписывалось эвакуироваться из Ясс в Кишинев, а органам снабжения фронта — в Бендеры и перейти в распоряжение Фронтотдела. Сформированные Фронтотделом отряды заняли вокзал и другие важные пункты Кишинева. Перед войсковыми комитетами ставилась задача восстановления армии для защиты «дела свободы… под началом Советской власти». От них требовалось «озаботиться прекращением отпусков, приостановкой национализации и демобилизации войск».[41] Сообщая о политическом и военном положении, начальник Революционного штаба Венедиктов предлагал СНК РСФСР обратиться «к правительству Молдавской республики, дабы оно отказалось от ввода румынских войск в Бессарабию». Со своей стороны, Революционный штаб был готов по указанию СНК воздействовать на молдавское правительство.[42]

24 декабря (6 января 1918 г.) военный министр Румынии генерал Янковеску приказал трансильванцам, находившимся под Киевом, двинуться по железной дороге в Кишинев, куда они и прибыли 6 (19) января около часа ночи. Узнав об этом, Кишиневский Совет и Фронтотдел направили на вокзал войска местного гарнизона. Пытаясь предотвратить разоружение трансильванцев, руководители МНР Инкулец и Ерхан явились на вокзал уговаривать солдат молдавского полка вернуться в казармы, утверждая, что трансильванцы якобы не имеют никакого намерения бороться против революционных организаций Бессарабии, а отправляются на фронт. Но солдаты не желали их слушать. После небольшой перестрелки трансильванцы, потеряв 5 человек убитыми, были разоружены и арестованы.

Тем временем еще 4 (17) января Румыния решила послать войска в Бессарабию. 5 (18) января украинские, а 6 (19) января румынские войска форсировали р. Прут и начали оккупацию Бессарабии. Направленные в Бессарабию румынские войска шли на Кишинев тремя отрядами. Один из них был задержан войсками Фронтотдела в Унгенах и выбит оттуда с большими потерями, а два других двинулись на Кишинев и к вечеру 6 (19) января прибыли к станции Гидигич. Румынские войска были встречены у Гидигича и Кожушны советскими отрядами и в два часа ночи 7 (20) января отступили в беспорядке по Страшенскому шоссе, преследуемые кавалерией, посланной Фронтотделом. Около деревни Трушены румынские части пытались свернуть на Ганчештскую дорогу, но, встреченные и здесь советским отрядом, повернули к станции Гидигич, а затем отступили в сторону Унген. В тот же день на станции Корнешты 4 эшелона румынских войск, которые сопровождал генерал Некрасов, посланный в Бессарабию в качестве уполномоченного Щербачева для того, чтобы он своим присутствием импонировал русскому населению, были окружены железнодорожным батальоном и частично взяты в плен, а частично отступили. На следующий день Некрасов и его адъютант были взяты в плен и расстреляны местным отрядом самообороны и отрядом солдат Румынского фронта.

Железнодорожный путь из Кишинева на Страшены был разобран в нескольких местах. 8 (21) января ремонтирующий его отряд 2-го железнодорожного района столкнулся с эшелоном румынских войск. В ходе разгоревшегося боя было взято в плен 40 румынских солдат, а остальные отступили в сторону Унген. Пленные румынские солдаты рассказывали, что они не знали, куда их посылало командование, «что их ловили, насильно запирали в вагоны и отправляли, не объясняя куда и зачем». В ночь на 10 (23) января на юге Бессарабии, в Болграде, ВРК 6-й армии сумел разоружить прибывшую из Галаца румынскую роту. В итоге первое румынское вторжение было отбито, а Леово, Рени, Вулканешты и Кагул освобождены.[43] После первых побед Фронтотдел доносил Румчероду, что «армия в порядке. Опасности нет. Сила в Бессарабии наша. Национально-политические организации без исключения признали верховной властью фронта Фронтотдел. Фронтотдел послал ультиматум и протест румынам по поводу ввода войск и ликвидации ставки. Румыны отступают».[44]