В боях с казаками и интервентами-чехами Чапаев показал себя твердым руководителем и отличным тактиком, умело оценивавшим обстановку и предлагавшим оптимальное решение, а также лично храбрым командиром, пользовавшимся авторитетом и любовью бойцов. В этот период Чапаев неоднократно лично водил войска в атаку. С осени 1918 г. Чапаев командовал Николаевской дивизией, которая из-за малочисленности иногда называлась отрядом Чапаева.

По оценке временно командующего 4-й советской армией бывшего Генштаба генерал-майора А. А. Балтийского, у Чапаева «отсутствие общего военного образования сказывается в технике управления войсками и отсутствии широты охватить военное дело. Полный инициативы, но пользуется ею неуравновешенно вследствие отсутствия военного образования. Однако ясно обозначаются у т. Чапаева все данные, на почве которых при соответствующем военном образовании, несомненно, явится и техника, и обоснованный военный размах. Стремление получить военное образование, дабы выйти из состояния «военной темноты», а затем вновь стать в ряды боевого фронта. Можно быть уверенным, что природные дарования т. Чапаева в сочетании с военным образованием дадут яркие итоги».

Чапаев. Первая мировая война.

В ноябре 1918 г. Чапаев для повышения образования был командирован в только что созданную академию Генерального штаба РККА в Москву.

О его академических успехах многое скажет такой пассаж: «Я про Ганнибала раньше не читал, но вижу, что он был опытным полководцем. Но я во многом не согласен с его действиями. Он совершал много ненужных перестроений на виду у противника и тем раскрывал ему свой план, медлил в своих действиях и не проявил настойчивости для окончательного разгрома неприятеля. У меня произошел случай, похожий на обстановку во время битвы при Каннах. Это было в августе, на реке Н. Мы пропустили до двух полков белых с артиллерией через мост на наш берег, дали им возможность вытянуться вдоль дороги, а затем открыли ураганный артиллерийский огонь по мосту и со всех сторон бросились в атаку. Ошеломленный противник не успел опомниться, как был окружен и почти полностью уничтожен. Остатки его бросились к разрушенному мосту и вынуждены были ринуться в реку, где в большинстве потонули. В наши руки попали 6 орудий, 40 пулеметов и 600 пленных. Этих успехов мы достигли благодаря стремительности и неожиданности нашей атаки».

Военная наука оказалась народному вожаку не по плечу, проучившись несколько недель, Чапаев самовольно бросил академию и вернулся на фронт заниматься тем, что он знал и умел.

В дальнейшем Чапаев командовал Александрово-Гайской группой, боровшейся с уральскими казаками. Противники стоили друг друга – Чапаеву противостояли казачьи конные формирования партизанского характера.

С. П. Захаров – начальник Николаевской дивизии и комбриг этой дивизии В. И. Чапаев. Сентябрь 1918 г.

В конце марта 1919 г. Чапаев по приказу командующего Южной группой Восточного фронта РСФСР М. В. Фрунзе был назначен начальником 25-й стрелковой дивизии. Дивизия действовала против главных сил белых, участвовала в отражении весеннего наступления армий адмирала А. В. Колчака, участвовала в Бугурусланской, Белебейской и Уфимской операциях, предрешивших провал колчаковского наступления. В этих операциях дивизия Чапаева действовала на сообщения противника, осуществляла обходы. Маневренная тактика стала визитной карточкой Чапаева и его дивизии. Даже белые выделяли Чапаева и отмечали его организаторские способности.

Крупным успехом стало форсирование реки Белой, приведшее ко взятию Уфы 9 июня 1919 г. и дальнейшему отходу белых. Тогда Чапаев, находившийся на передовой, был ранен в голову, но остался в строю. За боевые отличия был награжден высшей наградой Советской России – орденом Красного Знамени, а его дивизия удостоилась почетных революционных Красных знамен.

Чапаев выделился как самостоятельный командир из унтер-офицеров старой армии. Эта среда дала Красной Армии много талантливых военачальников, в том числе таких, как С. М. Будённый и Г. К. Жуков. Чапаев любил своих бойцов, и они платили ему тем же. Его дивизия считалась одной из лучших на Восточном фронте. Во многом он был именно народным вожаком, воевавшим партизанскими методами, но при этом обладавшим настоящим полководческим чутьем, огромной энергией и инициативой, заражавшей окружающих. Командиром, стремившимся постоянно учиться на практике, непосредственно в ходе боев, человеком бесхитростным и хитрым одновременно. Чапаев прекрасно знал район боевых действий, расположенный на удаленном от центра правом фланге Восточного фронта. Кстати, тот факт, что Чапаев на протяжении всей своей деятельности воевал примерно в одном и том же районе, является весомым аргументом в пользу партизанского характера его деятельности.

Чапаев. Сентябрь 1918 г. Кадр из хроники.

При этом Чапаев сумел вписаться в структуру РККА и был в полной мере использован большевиками в их интересах. Он был отличным командиром дивизионного уровня, хотя далеко не все в его дивизии обстояло благополучно, особенно по части дисциплины. Достаточно отметить, что по состоянию на 28 июня 1919 г. во 2-й бригаде дивизии процветало «безграничное пьянство, безобразия с посторонними людьми – это показывает совсем не на командира, а на хулигана». Командиры конфликтовали с комиссарами, имели место даже случаи побоев. Сложными были взаимоотношения Чапаева и комиссара его дивизии Д. А. Фурманова, познакомившихся в марте 1919 г. Они дружили, но порой ссорились из-за взрывного характера начдива.