Летом 1940 года под давлением СССР в Эстонии были начаты внутриполитические преобразования. Сначала после советского ультиматума президент Эстонии назначил просоветское правительство. Затем были проведены выборы в Государственную Думу Эстонии. Выбранные делегаты обратились с просьбой к Верховному Совету СССР о включении советской Эстонии в состав СССР. Эта просьба была удовлетворена в августе 1940 года. Одновременно происходило наращивание советских сил в Эстонии. Штаб КБФ в течение 15–16 июля несколькими эшелонами передислоцировался в Таллин. Здесь же была образована Главная база КБФ, комендант береговой обороны ГлВМБ КБФ размещался в Палдиски. С 10 сентября 1940 года из состава береговой обороны ГлВМБ КБФ была вновь выделена Береговая оборона Балтийского района (БОБР) с подчинением ее коменданта Военному Совету КБФ.

К концу сентября 1940 года система базирования и береговой обороны КБФ в советских республиках Прибалтики была следующей. В Таллине и Палдиски располагалась Главная база КБФ (ГлВМБ). В нее входила береговая оборона островов, прикрывающих подходы к Таллину: Найссаар и Аэгна, а также острова западнее Палдиски: Вяйке-Пакри и Суур-Пакри. В ГлВМБ располагались основные силы КБФ: штаб КБФ, эскадра, 2-я бригада подводных лодок. На Моонзундских островах располагалась Береговая оборона Балтийского района (БОБР). В Латвии – Либавская военно-морская база (ЛибВМБ). В состав ЛибВМБ входили военные порты, части береговой обороны и тыла ВМФ в Лиепае, Вентспилсе и Риге. В самой Лиепае базировался отряд легких сил (ОЛС) КБФ, управление 1-й бригады подводных лодок с 3-м и 4-м дивизионом подводных лодок. В Риге – 1-й и 2-й дн ПЛ 1-й бр ПЛ. Береговая оборона ЛибВМБ была предназначена для защиты морских портов и Ирбенского пролива с его южного берега.

Осенью 1940 года на острова прибыла 3-я отдельная стрелковая бригада. Первоначально она входила в состав КБФ, но затем в ноябре 1940 года была передана ПрибОВО. На острове Хийумаа с мая 1941 года на строительстве укреплений находилось два стрелковых батальона 16-й сд. На островах, также летом 1940 года, был развернут 10-й пограничный отряд, входивший в состав ПрибПО.

В НК ВМФ была введена должность заместителя начальника строительного управления (СУ) по вопросам базового и берегового строительства в Прибалтике, на которую был назначен Б. Л. Лившиц [26] . Для строительства береговой обороны на эстонском побережье был создан 1-й особый строительный отдел, начальник отдела – военинженер 1-го ранга А. И. Евстигнеев (в Латвии – 2-й особый строительный отдел, 3-й ОСО на Ханко). В подчинении 1-го ОСО были развернуты особые линейные строительства (ОЛС). Они располагались: в районе полуострова Пакри – ОЛС № 01; на островах Суур-Пакри и Вяйке-Пакри – ОЛС № 02; в Палдиски – ОЛС № 03; на острове Хийумаа – ОЛС № 04; на острове Сааремаа – ОЛС № 05. Для строительства сооружений в Прибалтике проводился особый призыв со специальным отбором, из него формировались четыре инженерных батальона: с 33-го по 36-й (35-й в Вентспилсе) [27] .

Таким образом, к началу июня 1941 года на Моонзундских островах находилось несколько частей и соединений НКВМФ, НКО и НКВД. Самым крупным соединением КБФ был БОБР. В его составе была вся береговая артиллерия, ПВО, связь, саперы и госпиталь. Эти части, находящиеся на Сааремаа, напрямую подчинялись коменданту БОБР. Для руководства частями БОБР на Хийумаа был создан Северный укрепленный район во главе с комендантом. Он подчинялся коменданту БОБР. В декабре 1940 года первый комендант БОБР, генерал-майор береговой службы С. И. Кабанов, убыл на учебу. В его отсутствие обязанности коменданта исполнял начальник артиллерии БОБР капитан В. М. Харламов. В июне 1941 года комендантом БОБР был назначен генерал-майор береговой службы А. Б. Елисеев [28] . Список командного состава БОБР находится в приложении № 1.

Схема управления БОБР, при которой северным сектором на Хийумаа руководило управление СУС, а южным на Сааремаа непосредственно БОБР, не в полной мере обеспечивала его живучесть и непрерывность. Поэтому уже 1 октября 1940 года комендант БОБР, генерал-майор береговой службы Кабанов, в докладе на имя командующего КБФ предлагал для руководства береговой обороны южного сектора на Сааремаа сформировать отдельное управление. Кроме этого, он предлагал перенести командный пункт БОБР в район Хаапсалу либо, в крайнем случае, создать его в районе Кейгусте. По мнению коменданта, это позволило бы, уделяя одинаковое внимание обоим секторам, лучше управлять и использовать все силы и средства обороны островов [29] . Однако реализованы эти предложения не были.

Связь на островах строилась с использованием гражданских линий связи: телеграфная Курессааре – Палдиски; телефонная Курессааре – Кихельконна, Курессааре – Церель, Церель – Микельбака, Кярдла – Палдиски, Кярдла – Тахкуна. Этого было недостаточно. Поэтому в довоенный период силами, сначала эстонского министерства почт и телеграфа, а затем управления связи Эстонской ССР проводились работы по наращиванию линий связи. Наиболее подробно описание создания инфраструктуры связи дано в справке «По вопросу оборудования о-вов Эзель и Даго средствами телефонно-телеграфной связи и радиосвязи» [30] . К 18 июня эстонскими подрядчиками были проложены следующие линии:

Таблица 1

Всего на Сааремаа было построено 240 км линий связи, на которых находилось 1828 км телефонных и 356 км телеграфных проводов. На Хийумаа было построено 105 км линий с 980 км телефонных и 148 км телеграфных проводов. В Курессааре и Кярдла были оборудованы телефонные станции на 100 номеров каждая. В Курессааре оборудован телеграф. Все работы на островах в 1940 году обошлись в 830 тыс. рублей, что составило 40 % от всех средств, отпущенных на строительство связи по театру КБФ. В 1941 году планировалось освоить еще 350 тыс. рублей. В их числе были ассигнования на прокладку подводного кабеля на направлениях Виртсу – Куйвасту, Пярна – Паммана и Суурсадам – Рохукюла. Кабель был сделан и загружен на кабельное судно «Кабельный», но в связи с началом войны проложить кабели не смогли.

Значительные усилия предпринимались для совершенствования радиосвязи. Связьмортрест и цех связи артиллерийского ремонтного завода смонтировали 16 радиостанций корабельного типа (по 8 на Сааремаа и Хийумаа) и 3 полевые радиостанции (соответственно 2 и 1). Со складов для БОБР было отпущено 41 полевая радиостанция, 2 р/ст «11-АК», 25 р/ст корабельных, 24 приемника, 11 зарядных станций «ОЭС-3».

К началу войны телефонная проволочная связь была проведена от штаба БОБР в Курессааре ко всем батареям на Сааремаа, кроме батареи на полуострове Нинаст (использовалась линия гражданской связи). То же самое было сделано от штаба СУС в Кярдла к батареям на Хийумаа. На постоянных батареях были смонтированы мощные радиостанции, радиосвязь с временными береговыми батареями обеспечивалась полевыми рациями. Резерва для радиосвязи и проволочной связи не было [31] . Связь островов с материком осуществлялась кабелем гражданской связи, связь острова Сааремаа с островом Хийумаа тоже через кабель гражданской связи, допускавшей переговоры только по одному проводу, что совершенно не обеспечивало управление.