Распутин, несомненно, был в той или иной степени знаком с религиозной практикой хлыстов, но сам к секте не принадлежал. Вероятно, у хлыстов он заимствовал обряд общего чаепития со своими поклонниками и главным образом поклонницами.

6 сентября 1907 года, по доносу 1903 года, поступившему от о. Петра Остроумова, Тобольской консисторией было заведено дело на Распутина, который обвинялся в распространении лжеучения, подобного хлыстовскому, и образовании общества последователей своего лжеучения.

Распутину инкриминировали занятие врачеванием без диплома, а также проповедничество без принадлежности к духовенству, поскольку сам он в иноки идти не хотел. Дочь Матрена показала на следствии, что отец «говорил, что ему не по душе монастырская жизнь, что монахи не блюдут нравственности и что лучше спасаться в мире». Будто бы две девицы Дубровины, сестры жены Распутина, по словам односельчан, умерли из-за «издевательств Григория». Сам Распутин настаивал, что они умерли от чахотки, и в этому ему можно вполне поверить.

Распутину также вменяли в вину эпизод насильственного поцелуя 28-летней просфорни Евдокии Корнеевой. Между ними была устроена очная ставка. Как отмечалось в протоколе, «обвиняемый отрицал это показание частью вполне, а частью отговариваясь запамятованном («6 лет тому назад»)».

У следствия имелись также показания священника Покровской церкви отца Федора Чемагина, который «зашел (случайно) к обвиняемому и видел, как последний вернулся мокрый из бани, а вслед за ним оттуда же пришли и все жившие у него женщины – тоже мокрые и парные. Обвиняемый признавался, в частных разговорах, свидетелю в своей слабости ласкать и целовать барынешек, сознавался, что был вместе с ними в бане, что стоит в церкви рассеянно». Распутин «возразил, что он в баню ходил задолго до женщин, а сильно угоревши, лежал в предбаннике, оттуда вышел действительно парный, – незадолго до (прихода туда) женщин».

Первоначальное расследование провел священник Никодим Глуховецкий. На основе собранных фактов протоиерей Дмитрий Смирнов, член Тобольской консистории, подготовил рапорт епископу Антонию с приложением отзыва о рассматриваемом деле специалиста по сектам Д. М. Березкина, инспектора Тобольской духовной семинарии.

Д. М. Березкин в отзыве о ведении дела отметил, что следствие произведено «лицами, малосведущими в хлыстовстве», которые обыскали лишь жилой двухэтажный дом Распутина, хотя известно, что место, где происходят радения, «никогда не помещается в жилых помещениях… а всегда устраивается на задворках – в банях, в сараях, в подклетях… и даже в подземельях… Не описаны картины и иконы, найденные в доме, между тем в них обычно кроется разгадка ереси…» После чего тобольский епископ Антоний постановил произвести доследование по делу, поручив его опытному противосектантскому миссионеру.

В итоге дело развалилось и было утверждено как законченное Антонием (Каржавиным) 7 мая 1908 года. Впоследствии председатель Государственной думы Родзянко, бравший дело из Синода, сообщил, что вскоре оно исчезло, но в конце концов оно нашлось в Тюменском архиве.

В приложении к докладу митрополита Ювеналия (Пояркова) на архиерейском соборе, состоявшемся осенью 2004 года, отмечалось: «Дело об обвинении Г. Распутина в хлыстовстве, хранящееся в Тобольском филиале Государственного архива Тюменской области, основательно не исследовалось, хотя пространные выдержки из него приведены в книге О. А. Платонова. Стремясь «реабилитировать» Г. Распутина, О. А. Платонов, не являющийся, кстати, специалистом по истории русского сектантства, характеризует это дело как «сфабрикованное». Между тем даже приведенные им выписки, в том числе показания священников слободы Покровской, свидетельствуют о том, что вопрос о близости Г. Распутина к сектантству гораздо сложнее, нежели кажется автору, и во всяком случае нуждается еще в специальном и компетентном анализе».

С 1908 года встречи царя с Григорием участились и стали более регулярными.

В 1908 году Распутин благодарил царицу за вышитую рубаху: «Рубашка – риза – радость вечного жития, твое шитье есть златница. Благодарность за всю эту услугу я высказать не могу».

Матрена Распутина утверждает: «…Отец грамоте обучен был, мягко говоря, не вполне. Первые уроки письма и чтения он начал брать в Петербурге». Судя по всему, однако, Григорий Ефимович какие-то основы грамоты усвоил уже к моменту своего приезда в Петербург.

Первую свою книгу, «Житие опытною странника», Распутин выпустил в мае 1907 года. Разумеется, сам он ее не писал. Это была литературная запись его бесед.

В своей первой книге Распутин рассказывал о себе: «Много, много я кое-где бывал: бывал у сановников и офицеров и князей даже, пришлось Романовское поколение видеть и быть у Батюшки Царя. Везде нужны подготовка и смирение и любовь. Вот и я ценю, что в любви пребывает Христос, то есть неотходно есть на тебе благодать – только бы не искоренилась любовь, а она никогда не искоренится если ставить себя невысоко, а любить побольше. Все ученые и знатные бояре и князья слушают от любви слово правды, потому что если в тебе любовь есть – ложь не приблизится.

Не так, как пишется, но на деле-то попасть к высокопоставленным нужно быть очень осторожным и приготовленным ко всему, тогда от веры твоей повлияет на них Господь своею красотой. Они встрепещут и твое простое слово примут за самое высокое образование, потому что в них скажется особенно чего не опишешь, то есть повлияет Сам Господь своею благодатью. Я грешный тут бывал, то высказать не могу, у всех и вся и много кое-чего видел. Одно главное: кто живет со Христом нищий и убогий, у того радость больше его хаты, а и во дворцах и у высокопоставленных, как Бога нет, уныние больше хижин. Действительно много и среди аристократов таких, что благодати выше дворцов и умению к благочестию. Которые умеют себя унизить у тех и благодать выше дворцов, не добиваются сей славы, а добиваются высшей благодати им и скорби как овсяная плева для ветра. А которые ждут от Царя почестей и награды, а сами не заслужили – у них фундамент-то на песке. Вода пришла, и все унесло, то есть маленькая ошибка, а они уже то давятся, то стреляются, то наливаются, потому что они не искали небесной славы, а искали земного удовольствия. Бога и то купили в магазине – изумруд. А он-то, изумруд, у них заржавел, и ржавчина послужила свидетелем. Кто Богу и Царю служил и не искал славы, трудился – заслуга. Не спал день и ночь, делал правду, служил Богу и уноровлял Батюшке Царю, на того и гора упадет, его не задавит, перенесет все с радостию и получит наслаждение даже больше старого. Вспомнил еще один опыт и испытание в моей жизни. Ходил в Петров пост на острова и там собирал лыко; таскал больше чем за полверсты в озеро мочить. Хлеба кушал малость, а оводов и комаров от себя не отгонял. В пять часов вечера я снимал рубашку, клал сто поклонов и творил Иисусову молитву. Враг ненавистник очень много этому позавидовал, напустил уныние, даже неудовольствия сделались. Едва-едва смог перенесть, но понял я, что ему досадил. Потом сам еще ошибся и его оклеветал, но тогда-то он меня вторично донял, то есть больше еще научил к опыту и остался нечестивый осмеянный со своими хитростями. Его роль была богохульство, а оно произошло от просимого мною чуда. Так вот, не советую просить чудес или подвиги большие брать, а брать подвиги по мере. Я действительно получил пользу от оводов и комаров, цифра неписанная, и научился всякому терпению, вообще ударам или изнурению тела. Придется если на мягком спать, то и хорошо в интеллигентном обществе, а в поле на кочке и слаще, и березонька под боком и зорьку не проспишь и на все это опыт. Еще в петровские ночи я пахал, оводов тоже убирал с себя – пускай покушают тело и попьют дурную кровь. Я размышлял: и они Божие создание, так и я сотворен Богом. Кабы Бог не дал лета, не было бы и комаров. Ах, какой у мужика труд золотой и он делает все с рассуждением. Вот и комаров-то покормит и то во Славу Божию. Мужичок мудреный и опытный. Душа живая у него и пережито им много. Однако жалко, что у него ум спит, потому что он не был в гимназии. Неизвестно однако, что бы с ним было кабы поучился. Одно известно, учение к Богу и в Боге в храме и в храме соединяться с Господом, принимать Святые Тайны три раза в год. Если все это сохранить в себе, то будут на тебя нападки, преследования разные и вообще будут священники пытать, на все нужна сила и Бог даст дарование – их буква останется дешевой ценой».