Однонуклеотидный полиморфизм (он же «снип») — вариация в нуклеотидной последовательности ДНК, представляющая собой замену одного нуклеотида другим.

Онтогенез — индивидуальное развитие организма; совокупность последовательных изменений, происходящих с организмом в течение всей его жизни.

Онтогенетический шум — элемент случайности, всегда присутствующий в онтогенезе и приводящий к тому, что даже генетически идентичные организмы, развивающиеся в одинаковых условиях, всегда будут хоть чуть-чуть, но разными.

Отрицательный отбор — отбор, ведущий к уменьшению частоты встречаемости какого-то аллеля. Если аллель подвергается отрицательному отбору, значит, он снижает приспособленность, то есть с эволюционной точки зрения вреден. Случаи генетического автостопа не в счет.

Очищающий отбор — отбраковка вредных аллелей; отрицательный отбор против аллелей, снижающих приспособленность. Ведет к уменьшению мутационного груза.

Паралоги — гены, возникшие в результате дупликации (удвоения) исходного (предкового) гена, а также кодируемые такими генами белки.

Партеногенез — «девственное размножение», размножение самок без участия самцов.

Плазмида — маленькая кольцевая молекула ДНК. Плазмиды встречаются у многих прокариот, нередко передаются горизонтально. Широко используются генными инженерами для внедрения нужных генов в геном подопытных клеток.

Плоидность — число копий генома в клетке. Если копия всего одна, клетку называют гаплоидной или моноплоидной, если две — диплоидной, если много — полиплоидной.

Покрытие — в геномике так называют величину, отражающую качество секвенирования («прочтения») генома. Геном секвенируется не весь целиком: секвенируют множество (чем больше, тем лучше) небольших случайных его фрагментов. Если каждый конкретный локус (или каждая нуклеотидная позиция) в итоге оказывается отсеквенирована в среднем десять раз, то говорят, что геном прочтен с десятикратным покрытием.

Полиандрия — спаривание самки с несколькими самцами.

Полиморфизм — разнообразие особей в популяции (присутствие в ней особей с разными генотипами и/или фенотипами). В сравнительной геномике этот термин иногда используется в немного другом смысле, обозначая вариабельный участок генома, в котором у разных особей могут быть разные нуклеотиды (см. однонуклеотидный полиморфизм).

Полиплоидный — имеющий много (более двух) копий генома в каждой клетке.

Положительный отбор — отбор, ведущий к росту частоты встречаемости аллеля. Если аллель подвергается действию положительного отбора, значит, он повышает приспособленность, то есть полезен в эволюционном смысле. Правда, рост частоты встречаемости аллеля может происходить и за счет генетического автостопа (сцепленности с другим, по-настоящему полезным аллелем), но тогда так и говорят, что это автостоп, а не положительный отбор.

Польза — на эволюционно-биологическом жаргоне это слово обычно означает повышение приспособленности.

Постзиготическая репродуктивная изоляция — ограничение генетического обмена между двумя группами особей, обусловленное тем, что потомство от «смешанных браков» имеет пониженную приспособленность (выживаемость, плодовитость).

Предиктор — величина, по которой можно с той или иной точностью предсказать другую величину. Например, фраза «Женская грамотность является хорошим предиктором рождаемости» означает, что, зная уровень женской грамотности в стране, можно приблизительно сказать, какой в этой стране уровень рождаемости, причем точность предсказания в среднем будет выше, чем при случайном угадывании.

Презиготическая репродуктивная изоляция — ограничение генетического обмена между двумя группами особей, обусловленное тем, что они по каким-то причинам не могут или не хотят скрещиваться друг с другом.

Приспособленность (она же дарвиновская приспособленность) — эффективность передачи индивидом своих генов последующим поколениям. У реальных живых организмов приспособленность складывается из множества составляющих (от умения добывать себе пропитание и спасаться от хищников до сексуальной привлекательности и плодовитости), но самое главное в конечном счете — это количество оставленных потомков, которые сумеют дожить до репродуктивного возраста и в свою очередь дать жизнеспособное потомство. Понятие «приспособленность» неразрывно связано с понятием «естественный отбор», которое по сути просто констатирует тот бесспорный факт, что организмы различаются по приспособленности. Мы часто говорим фразы типа «Признак повышает приспособленность и потому поддерживается отбором», но на самом деле такие высказывания избыточны: последние четыре слова не добавляют нового смысла к первым трем (по крайней мере, если речь идет о больших популяциях, где можно пренебречь генетическим дрейфом).

Прокариоты — организмы, для которых характерны просто устроенные клетки без ядра, митохондрий и других сложных внутриклеточных структур. К прокариотам относятся бактерии и археи.

Репарация ДНК — починка повреждений, по тем или иным причинам возникающих в молекуле ДНК.

Репликация ДНК — размножение молекул ДНК.

Симпатрия — проживание на одной и той же территории. Например, два вида называют симпатрическими, если их ареалы пересекаются. При этом те части их ареалов, которые не пересекаются (то есть области раздельного проживания видов) называют аллопатрическими.

Синапс — контакт между двумя нейронами или между нейроном и другой клеткой, например мышечной, служащий для передачи нервного импульса.

Синонимичная мутация — замена нуклеотида в белок-кодирующей части гена, не приводящая к замене аминокислоты в белке. Синонимичные мутации возможны из-за избыточности генетического кода: большинство аминокислот кодируется несколькими разными триплетами нуклеотидов.

Спермовые войны — конкуренция между самцами на уровне спермы. Характерны для тех видов, самки которых практикуют полиандрию. У человекообразных обезьян спермовые войны способствуют отбору на увеличение семенников, поскольку чем больше спермы производит самец, тем выше (при прочих равных условиях) его репродуктивный успех.

Стабилизирующий отбор — преимущественное выживание или размножение особей, у которых значение тех или иных признаков близко к среднему в популяции; отбраковка крайностей.

Таксон — группа в биологической классификации, включающая родственные организмы. Считается, что «хороший», «естественный» таксон должен представлять собой кладу, то есть включать какого-нибудь предка и всех — без исключения — его потомков. Таксоны бывают разных рангов: вид, род, семейство, отряд и т. д.

Транскриптом — совокупность всех мРНК (матричных РНК) в клетке или в организме. По транскриптому можно понять, например, какие участки генома транскрибируются («считываются») в тех или иных клетках и тканях.