Любящие Вас Ваши купцы и христиане».

Первой в Мукден уже 18 сентября ворвалась сотня охранной стражи под командованием есаула Денисова. Казаки заняли внешние городские ворота и открыли огонь по городу с крепостных стен. К ночи все восемь городских ворот Внутреннего города были в руках русских. Большая часть китайского гарнизона и местных жителей города разбежалась.

Утром 19 сентября в Мукден прибыл с авангардом своего отряда генерал Д.И. Суботич. На площади Императорского дворца полковым священником Пивоваровым был отслужен торжественный молебен. К полудню главные силы русских проследовали через весь город и остановились в 5 км к северу от него. Немедленно русские войска приступили к ликвидации мародерствующих китайских шаек, наведению порядка в городе и его окрестностях и разминированию объектов города.

20 сентября в оккупированном Мукдене началось создание местных органов управления — китайской администрации. Военным комендантом города был назначен полковник П.К. Домбровский. Сам город был разделен на четыре района, во главе каждого из которых был поставлен русский полицмейстер с пятью помощниками.

Главной задачей русских войск в Мукдене стало поддержание порядка и спокойствия. Работа местной администрации затруднялась непрекращающимися попытками террористических актов, поджогов и грабежей в городе. Неоднократно бандитами делались попытки взорвать или поджечь некоторые объекты Мукдена, а также Императорский город.

Одним из наиболее важных объектов, взятых под охрану русскими войсками в городе и его окрестностях, стал комплекс Императорских сооружений — дворец и гробницы. Для определения ущерба, нанесенного этим сооружениям, была образована специальная комиссия, в которую вошли полковник Нищенков (председатель), подполковник Гаитенов, капитан Масальский, представитель Государственного контроля чиновник Успенский и делопроизводитель подпоручик Мяновский. Комиссия констатировала попытки грабителей и мародеров из числа местных жителей и китайских солдат проникнуть на территории дворца и гробниц. Однако русские войска успели взять под свою охрану все наиболее ценные вещи и сооружения. В частности, район Императорских гробниц, находившийся к Северо-западу от Мукдена, был занят двумя эскадронами драгун, двумя стрелковыми ротами и взводом конной артиллерии.

В конце сентября в Мукден прибыл представитель китайского императора, который «был очень тронут таким вниманием к их святыне и заявил, что Китай никогда не забудет такой услуги со стороны России».

В Мукдене русские войска взяли богатые военные трофеи, в частности 50 орудий новейших систем, 8 тысяч артиллерийских выстрелов, 7 тысяч ружей разных систем, свыше 20 миллионов патронов к ним, а также несколько тысяч пудов пороха на патронном и пороховом заводах. 27 сентября при уничтожении пороховых запасов на одном из складов произошел взрыв, в результате которого погибло 27 русских военнослужащих и 5 человек было ранено. Проведенное расследование показало, что причиной трагедии было взрывное устройство, заложенное отступавшими из города китайскими войсками.

В целом местное китайское население Южной Маньчжурии достаточно доброжелательно отнеслось к русским войскам. Это обусловливалось несколькими причинами. Прежде всего китайская армия и «боксеры» своими грабежами и мародерством полностью скомпрометировали и себя, и национально-освободительное движение Ихэтуань. Кроме того, в русских войсках строго следили за поведением военнослужащих и их отношениями с местным населением.

В частности, как пишет генерал-майор Нищенков, «Южноманьчжурский отряд может гордиться тем, что во время похода в Мукден им не было сожжено ни одной деревни. В отряде все время был образцовый порядок. Считаю своим долгом указать, что и до приезда генерала Суботича в Южноманьчжурском отряде был большой порядок, ибо генерал Флейшер обращал постоянное внимание на установление правильных отношений войск к жителям. Благодаря этому в скором времени явилось доверие жителей к нашим властям».

Далее участник тех событий генерал Нищенков отмечает: «Дисциплина в войсках отряда, покупка предметов продовольствия и фуража на наличные деньги, отсутствие насилий над жителями и поджогов деревень со стороны войск, создали добрую славу про наших солдат. Все чаще и чаще стали повторяться случаи донесений жителями о пребывании в том или другом месте хунхузов. По этим указаниям не раз производились захваты хунхузов и шаек китайских войск. Очень часто жители обращались с просьбой поставить у них в деревне хоть несколько наших солдат.

Единственное исключение составили жители города Мукдена, не сразу возвратившиеся в свои дома и сумрачно посматривавшие на нас. Но это объяснялось тем, что они ожидали возмездия с нашей стороны и казней; только месяц спустя после занятия Мукдена стали возвращаться жители сперва поодиночке, потом целыми семьями; в то же время началась и торговля…

Принимая во внимание крайнее миролюбие и трудолюбие коренного населения Маньчжурии, прихожу к заключению, что если суждено будет отойти этому краю под скипетр нашего Государя, то при хорошей администрации и справедливом отношении к жителям очень скоро край станет цветущим, а жители его сделаются такими же верными подданными нашего обожаемого монарха, как и коренные жители России».

С овладением городом Мукденом была решена первая часть возложенной на генерала Д.И. Суботича задачи. Следующим шагом русского военного командования был перевод оккупированных территорий на путь мирного развития. В связи с этим 22 сентября начальник Южноманьчжурского отряда в своем приказе № 36 по войскам указывал:

«Ныне предстоит нам еще успокоить волнуемую мятежниками страну.

Помните, что в Азии надо быть всегда начеку. Требую от всех начальников частей отнюдь не распускать своих людей и держать их в постоянной боевой готовности. Безусловно запрещаю ослаблять меры охранения на биваках, особенно в ночное время.

В части войск, стоящих на биваках или размещенных казарменным порядком, всегда должна быть в полной готовности дежурная часть. Команды, посылаемые в предместья или окрестности города, должны быть при оружии.

В сношениях с жителями войска должны стремиться ласковым, справедливым обращением и своевременной уплатой за забираемые продукты или товары приобретать себе друзей, но отнюдь не восстановлять их против себя и русского имени грубым обращением и самоуправством.

Предписываю начальникам всех отдельных частей внушить указания настоящего приказа своим подчиненным, дабы высоко держать во вновь занятой нами стране честь русского оружия и доброе имя своей части».

23 сентября отряд полковника Мищенко вступил в Телин, где вошел в контакт с казачьей сотней под командованием есаула Кузнецова из авангарда генерала Ренненкампфа. В результате этого русские войска, вошедшие в Маньчжурию с севера и юга, соединились в Телине. Вся трасса КВЖД, включая ее Южную ветвь, была полностью очищена от китайских войск, отрядов «боксеров», банд и шаек хунхузов. Таким образом, к концу сентября военные операции русских войск в Маньчжурии окончились.

4 октября 1900 года российский император утвердил инструкции, подготовленные Военным министром и адресованные вице-адмиралу Е.И. Алексееву в Порт-Артур: