Главным «результатом» правления Юлиана стал переход части римских территорий к Персии. Взойдя на престол, он провозгласил свободу совести по всей империи, но было понятно, что поддержку получат лишь несколько религий. Ограничения, наложенные на жертвоприношения и другие языческие ритуалы Константином и его сыновьями, были сняты. То же произошло с привилегиями, дарованными христианским священникам; так, ранее они могли не исполнять весьма обременительные общественные обязанности — например, не служить городскими магистратами. Также епископам теперь не разрешалось во время путешествия пользоваться имперскими почтовыми лошадями. Изгнанным по обвинению в ереси разрешили вернуться, хотя непонятно, восстановили ли епископов и других иерархов на их прежних постах. Юлиан сознательно поощрял многих христиан к ревностному участию в ожесточенных внутренних дебатах. Так как в 70 году Иерусалимский храм был разрушен (что, согласно евангелиям, предсказывал Иисус), Юлиан повелел отстроить его заново. Многие представители иудейской общины пребывали в сомнениях (вполне понятных): стоит ли с доверием отнестись к властям империи, от которых в прошлом они претерпевали такие гонения? Тем не менее некоторые ее лидеры одобрили решение Юлиана. Но работа над проектом вскоре прервалась. Даже язычник Аммиан Марцеллин рассказывает историю об огненных шарах, таинственным образом вырвавшихся из-под земли и напугавших рабочих, так что те бежали прочь.

Юлиан пытался создать церковь, которая имела бы четкую структуру (слово «церковь» вполне подходит, поскольку его проект носил очевидные следы христианского влияния). В каждую область назначались жрецы. Их роль и действия должны были иметь очевидное сходство с ролью и действиями христианских епископов. Юлиан чувствовал, что язычникам пришелся по душе энтузиазм в делах благотворительности, проявлявшийся христианами, и его жрецам вменялась в обязанность забота о бедняках. Задуманную систему частично успели создать. Были сделаны соответствующие назначения, и население городов ликовало (если, конечно, жители принимали новую систему). Однако сохранилось мало свидетельств того, что Юлианову версию язычества восприняли с энтузиазмом: она осталась по сути своей личной верой императора, верой умного человека, согласно которой ученость, мудрость и дисциплинированный характер должны были снискать благоволение богов. Менее всего в христианстве Юлиану нравилось обещание спасения для всех и каждого. В «Цезаре» Константина отвергают все божества, пока он наконец не прибегает к Иисусу, который возглашает:

Здесь, несомненно, различимо чувство горечи, испытанное человеком, чью семью вырезал его благочестивый дядюшка-христианин. Все должно быть наоборот: боги должны вознаграждать обладателей истинной добродетели, а не расточать свои милости злодеям за покаяние. Эмоции, с точки зрения Юлиана, не играют здесь значительной роли.

Формально Юлиан не преследовал христиан, или «галилеян», как он их называл. Некоторые погибли в результате волнений, вызванных его эдиктами, по вине разбушевавшихся толп язычников или своих же единоверцев в ходе борьбы между группировками. Прямые запреты «не сработали» в прошлом, и ничто не указывало на то, что они окажутся эффективны теперь, когда церковь приобрела официальный статус. Юлиан повел дело более тонко. Одной из мер, вызывавших наиболее сильную критику даже со стороны симпатизировавших императору язычников вроде Аммиана, стал запрет преподавателям-христианам учить риторике и классической литературе в общественных учебных заведениях. Объяснялось это тем, что никто не может адекватно преподавать Гомера или другие великие произведения, если сам не верит в олимпийских богов, деяния которых там описаны (кроме неоплатоников, подобные идеи разделяли далеко не все философы). Многие чувствовали, что с учителями-христианами поступили несправедливо: после того как они преподавали много лет, им предстояло отречься или покинуть свои посты. Так как традиционное классическое образование играло существенную роль для любой карьеры на государственной службе, цель Юлиана состояла в том, чтобы заставить честолюбивых христиан воспитывать детей как язычников.

После смерти Юлиана недавно учрежденная им государственная религия была быстро упразднена. Запрет христианам преподавать отменили; священникам возвратили большинство прежних привилегий. Что касается религиозных споров, терзавших церковь еще со времен Константина, то покончить с ними было нелегким делом. Донатисты в Африке по-прежнему отказывались признать ортодоксальную католическую церковь; борьба приняла социальный характер и временами становилась достаточно ожесточенной. Если смотреть шире, то многие отвергли Символ Веры, принятый на Никейском соборе, декларировавший равенство трех лиц Троицы. Констанций II принял точку зрения, весьма близкую воззрениям ариан, и продвигал на епископские должности в подвластных ему провинциях тех, кто их разделял. Некоторые исповедовали противоположное: они верили, что Бог-отец, Иисус и Дух Святой подобны друг другу, но не идентичны по сути. Конкретное понимание этого вопроса и многих других также весьма различалось, в результате чего возник целый ряд сект.

Ряд христиан формально отвергли мирские соблазны, решили вести целомудренную жизнь и соблюдать умеренность. Первые монашеские общины появились в Египте, но идея быстро распространилась. Аскеты стяжали великую славу благодаря чрезвычайно скромному образу жизни. Такие люди широко почитались, о них много писали, но они всегда оставались незначительным меньшинством в христианской общине. Подавляющее большинство христиан женились, растили детей и, когда выдавалась возможность и если позволяло социальное положение, занимались коммерцией или принимали участие в общественной жизни. Существует распространенное мнение, будто христианство оставалось по преимуществу религией горожан, а сельское население в течение жизни многих поколений придерживалось старых верований. Английское слово pagan (язычник) происходит от латинского paganus: так именовали тех, кто жил в селах (пагах). К несчастью, мы знаем так мало о религиозной жизни в сельской местности, что это остается весьма условным. Слово paganus обычно употреблялось с уничижительным оттенком (означая что-то вроде «деревенщины» или «мужлана») и могло просто отражать распространенное среди горожан мнение, будто сельские жители — люди «темные» и отсталые.

Иовиан, исповедовавший христианство, быстро отказался от религиозной политики Юлиана. Подобные проблемы мало волновали его, имевшего иные приоритеты: он хотел укрепить свое положение и минимизировать ущерб, который понес его престиж в результате передачи земель персам. Имперская пропаганда провозгласила, что мирный договор — величайший успех Рима. Ряд проблем, связанных с возвышением Иовиана, возник в Галлии, когда новости о случившемся достигли этих мест, хотя волнения не вылились в открытое противостояние императору. Проведя какое-то время в Антиохии, Иовиан отправился в Константинополь. Однако ему не суждено было вступить в город. В начале 364 года его нашли мертвым в собственной комнате; причиной смерти стал дым от жаровни и плохая вентиляция. Что касается Аммиана, он подозревал, что произошло убийство, но официально объявленная версия — «смерть от удушья в результате несчастного случая» — не встретила возражений. Сын императора был еще младенцем — за несколько недель до случившегося он ревел во всю глотку во время парада в Анкмре — а другого наследника Иовиан не оставил. Теперь, когда война прекратилась, чиновники и армейские офицеры могли не спешить с выборами нового правителя. В конце концов они избрали офицера по имени Валентиниан и официально провозгласили его августом 26 февраля 364 года.