правительство Японии провело коренную реорганизацию центральных органов военного управления. К началу XX в. в составе Генерального штаба японской армии были развернуты два управления, наделенные функциями оперативного планирования и сбора разведывательной информации на основных театрах военных действий. Совместными усилиями обоих ведомств к началу 1904 г. японское правительство располагало исчерпывающей информацией о численности, вооружении, дислокации и мобилизационных возможностях русской армии на Дальнем Востоке и в Южной Маньчжурии, состоянии транспортной сети и военной топографии региона.

Вопреки утвердившемуся в отечественной и зарубежной историографии мнению, японская военная разведка действовала против России ограниченным арсеналом средств и методов с позиций легальных резидентур под прикрытием дипломатических и торговых представительств. К началу Русско-японской войны общее количество офицеров разведки Генштаба на главных операционных направлениях не превышало 15–20 человек, а основными источниками информации для них выступали агенты из числа компактно проживавших вокруг российских военных объектов в Маньчжурии, Корее и Приамурье японских граждан. Российские специальные органы не могли эффективно противодействовать японской военной разведке в силу своей разобщенности, недостатка квалифицированных сотрудников, серьезных финансовых затруднений и несовершенства методов оперативной деятельности.

Русско-японская война подвела своеобразную черту в экспериментах высшего руководства Японии по поиску оптимальной структуры вооруженных сил и органов управления армией и флотом. Кампания 1904–1905 гг. выявила очевидные недостатки в работе японской военной разведки. Во-первых, отрицательное влияние на деятельность всех видов разведки оказывало наличие в аппарате Генерального штаба двух дублирующих оперативно-разведывательных управлений, которые зачастую конкурировали друг с другом за обладание тем или иным ценным сотрудником или агентом. Во-вторых, не оправдалась ставка на вербовку агентов из числа японских мигрантов, поскольку в феврале – марте 1904 г. русские власти депортировали все японское население из зоны боевых действий и тем самым лишили японскую военную разведку проверенных источников информации. Отсутствие накануне войны регионального разведывательного центра в Маньчжурии, свертывание деятельности легальных резидентур Генштаба во Владивостоке, Петербурге и Одессе нарушили поступление в Ставку оперативной информации о противнике, а массовая заброска в русский тыл малообученных китайских агентов и отрядов хунхузов не смогла в полной мере компенсировать дефицит достоверных разведывательных сведений. Кроме того, на работе разведывательных органов Генштаба в годы Русско-японской войны отрицательно сказывалось отсутствие специализированного учебного заведения по подготовке кадров разведчиков.

Тем не менее в самом начале войны Генштаб образовал в Южной Маньчжурии два региональных разведывательных центра, которые, комбинируя методы агентурной работы и взаимодействуя с разведкой Юань Шикая, параллельно с военными атташе в Европе с лета 1904 г. начали обеспечивать Ставку достоверными сведениями о противнике. Их информация о непрерывном наращивании русских резервов в Маньчжурии стала одной из причин принятия кабинетом министров Японии решения о прекращении боевых действий.

В определенной степени выявленные в деятельности военной разведки недостатки были устранены в ходе реформы Генерального штаба в 1908 г. Создание единого органа военной разведки позволило японскому командованию сконцентрировать оперативные ресурсы на ключевых направлениях реализации внешней политики Японии. Развертывание в 1905–1906 гг. на материке двух армейских группировок заложило фундамент в организацию постоянно действующего разведывательного аппарата в Маньчжурии, Забайкалье и на Дальнем Востоке, который оперативно подчинялся ГШ через генерал-губернаторство Квантунской области и командование Корейской армии.

Несмотря на принятие в 1907 г. «Курса национальной обороны империи», закрепившего за Россией статус главного противника на суше, в межвоенный период Токио постепенно нормализовал отношения с Петербургом, закрепив в 1907, 1910 и 1912 гг. выбранное направление рядом секретных соглашений о разделении сфер влияния в Маньчжурии, Монголии и Корее.

В связи с этим в 1906–1916 гг. японские разведорганы действовали против России в основном с легальных позиций, используя для прикрытия дипмиссии или официальные должности офицеров-стажеров. На Дальнем Востоке и в Забайкалье японская военная разведка располагала небольшим, но квалифицированным агентурным аппаратом из числа вернувшихся после войны японских мигрантов и осевших в Северной Маньчжурии агентов китайцев и корейцев. Последнюю категорию разведцентр в Чаньчуне и Корейская гарнизонная армия использовали в составе разведгрупп и в качестве агентов-одиночек для вывода через российско-китайскую границу к Транссибу. И все же ключевую роль в агентурно-разведывательной сети ГШ играли главы японских колоний в Хабаровске, Николаевске-на-Амуре, Никольск-Уссурийском, Имане, Иркутске, Маньчжоули и Хайларе, в руках которых концентрировались сообщения от всех проживавших на данной территории японцев, не подозревавших об истинном получателе информации, а также резиденты во Владивостоке и Чите. В европейской части России действовали разведаппараты под прикрытием военного атташата при посольстве в Санкт-Петербурге и вицеконсульства в Одессе, которые опирались главным образом на легальные источники информации. Анализ разведывательных сводок Генштаба и армейских объединений свидетельствует, что, несмотря на активное противодействие русской и китайской контрразведок, японским спецорганам удалось в 1906–1916 гг. наладить получение достоверных сведений о военном и экономическом потенциале России, ее внутренней и внешней политике.

Свержение царского правительства и приход к власти большевиков потребовали от японской военной разведки мобилизации всех ресурсов на получение информации о тенденциях развития обстановки в России: Японию интересовали позиция новых властей относительно возврата царских долгов за приобретенное в годы Первой мировой войны оружие и перспективы сепаратного мира с Германией. Поэтому зимой 1917/18 г. военное министерство командировало на Дальний Восток, в Забайкалье, Сибирь, Внешнюю Монголию, Северную Маньчжурию и Синьцзян 20 офицеров Генерального штаба, поставив перед ними задачи по ведению агентурной разведки и сближению с антисоветскими группировками для их последующего использования в реализации плана создания так называемой «автономной Сибири». Общее руководство их деятельностью осуществлял находившийся во Владивостоке глава Разведывательного управления Генерального штаба, что свидетельствовало об исключительной важности русского направления во внешней политике Японии в 1917–1918 гг.

Кроме того, деятельное участие в сборе сведений о военно-политической обстановке в РСФСР приняли сотрудники военного атташата в Москве и Вологде, которые сумели в условиях развала царской контрразведки и становления советских спецорганов организовать агентурный аппарат и отслеживать основные тенденции внутренней жизни и внешней политики нового государства.

Благодаря активной деятельности харбинского и владивостокского разведцентров к весне 1918 г. японское правительство установило контакты с лидерами крупнейших антисоветских организаций на Дальнем Востоке, в Забайкалье и Северной Маньчжурии. С каждым из них индивидуально работал офицер Генштаба Японии, выполнявший функции советника, куратора и финансиста. Несмотря на значительную материальную и военную помощь отрядам Г.М. Семенова, И.П. Калмыкова, И.М. Гамова, разведорганам армии не удалось объединить контрреволюционные силы под началом Д.Л. Хорвата или А.В. Колчака, что впоследствии стало одной из причин поражения Белого движения на Дальнем Востоке и в Забайкалье. Определенную лепту в это внесли органы контрразведки Сибвоенкомата, ликвидировавшие в апреле 1918 г. иркутскую резидентуру связи японцев.

После высадки экспедиционных войск во Владивостоке в августе 1918 г. 2-е управление Генштаба незамедлительно развернуло на материке сеть разведорганов для сбора сведений о военно-политической обстановке, топографии, природных ресурсах Приморья