Как отмечает П. Смирнов, обвинения в адрес Берия по поводу создания параллельных штабов и управленческих звеньев из состава НКВД не состоятельны. Потому что никто не хочет принимать во внимание то обстоятельство, что ато было продиктовано рядом специфических особенностей. Прежде всего следует иметь в виду, что обороне подлежали пространства на больших расстояниях. А из-за наличия малых сил, непонимания специфики горной местности и разобщенности группировок войск горами армейское командование того периода довольно часто теряло управление соединениям, армиями и фронтами. Хуже того. Общевойсковые командиры в основном уклонялись от контроля за положением дел в своем тылу. В итоге получалось, что войсковое командование с трудом следило за обстановкой, что не могло не отразиться и на управлении войсками. Так что были немалые основания не доверять полностью прежнему командованию. Следует учитывать также, что еще свежим оставался в памяти разгром советских войск на Украине, под Ростовом летом 1942 г. Фактически только наличие в тылу Южного и Юго-Западного фронтов естественного водного препятствия — р. Дон — спасло их от окружения и полного уничтожения. Подтверждением служит потеря управления после выхода противника на левый берег Дона, в боях на Кубани и в Ставрополье, потеря управления 51-й армией и как следствие её передача Сталинградскому фронту.

Исследование причин отказа передачи Берия в полное оперативное подчинение войск НКВД в прифронтовой полосе в первый период Великой Отечественной войны позволяет выявить ряд основных закономерностей. Во-первых, на эти войска была возложена задача охраны тыла, в первую очередь борьба с диверсионно-разведывательными силами врага и обеспечение режима прифронтовой полосы. Соответственно наличие артиллерии, тяжелого оружия было минимальным, или оно вовсе отсутствовало. Непосредственно для ведения боевых действий по аналогии с действующей армией войска НКВД не предназначались. Во-вторых, как перед войной, так и тем более после ее начала Берия предъявлял более высокие требования к подготовке войск НКВД. Более того. Он больше дорожил ими, чем это было принято в РККА. К примеру, несмотря на то что войска перед войной в подавляющем своем большинстве выполняли возложенные на них служебно-боевые задачи, уровень их обученности, боеспособности оставался выше, чем в Красной Армии. Именно Берия на правительственном уровне добился укомплектования войск НКВД по охране объектов промышленности и на железных дорогах, конвойных из расчета 14 человек на один суточный пост, против 9,5 сейчас. Аналогичной ситуация была и в пограничных войсках. В период с 1938 г. до начала войны такой подход позволил подготовить пограничные войска в военном отношении значительно лучше, чем РККА. Это доказали все приграничные сражения и впоследствии вся война. Так, ни одна из 435 пограничных застав на западных границах не отошла без приказа. Гитлеровцы рассчитывали за полчаса справиться с пограничниками, однако практически во всех случаях борьба с ними растянулась на дни и недели. Урон, который гитлеровцы понесли от самоотверженных действий пограничников, привёл их буквально в шок. А командовал пограничниками Лаврентий Павлович Берия, о чём постоянно забывают.

Л. П. Берия открыто шёл на конфликт со всеми должностными лицами, вплоть до И. В. Сталина, если речь шла о подчинении его войск командованию Красной Армии. Несмотря на сложнейшую ситуацию на фронтах, к концу первого периода войны он добился того, чтобы войска НКВД в прифронтовой полосе привлекались к участию непосредственно в боевых действиях только с разрешения наркомата внутренних дел, лично его и Ставки. Основой для утверждения такого порядка явилось утвержденное наркомом и Генеральным штабом еще 28 апреля 1942 г. «Положение о войсках НКВД СССР, охраняющих тыл Действующей Красной армии». Организационно-штатная структура, кадровые вопросы, а также использование этих частей для выполнения других задач находились в ведении наркомата. При этом войска подчинялись Военным советам фронтов только в оперативном отношении, в остальном — управлению войск НКВД по охране тыла фронта. Без разрешения наркомата внутренних дел командующий фронтом не имел права передислоцировать ни одну воинскую часть НКВД. Это стало итогом первого периода войны, хотя проекты и положения разрабатывались ранее, но не было согласования именно в этом принципиальном вопросе. В дальнейшем при разработке планов применения внутренних войск в военное время вопрос их оперативного подчинения всегда оставался ключевым. На Кавказе войска НКВД привлекались к участию в боях в самых трудных, чаще всего безвыходных ситуациях. Они обеспечивали охрану и оборону переправы через Манычское водохранилище. При возникновении реальной угрозы захвата ключевых объектов, от удержания которых зависели судьбы армий и в целом всей оборонительной операции, именно войска НКВД уничтожали прорвавшиеся части противника, в том числе и в горах.

Во многих книгах о битве за Кавказ обойден вниманием заместитель командующего 46-й армией, малоизвестный тогда офицер — полковник И. И. Пияшев. До этого он командовал 7-й дивизией войск НКВД в Воронеже, имел богатый опыт оборонительных боев с первых дней войны в Прибалтике, вначале в войсках НКВД по охране железнодорожных сооружений, где был командиром полка, затем — командиром 34-го мсп войск НКВД. Несомненно, что его назначение состоялось при участии Берия. В биографии этого талантливого офицера много малоизвестных страниц. За войну он командовал различными частями, соединениями, награжден десятью орденами. Судьба его, как и генерала И. И. Масленникова, была тесно связана с Берия, и жизнь его оборвалась в 1956 г.

Именно Пияшеву была поставлена задача остановить немцев на гудаутском и сухумском направлениях. В тот период немецкие горнострелковые части, преодолев хребет, не дошли до моря около двадцати километров. Сводной группе из внутренних и пограничных войск, стрелковых подразделений Красной Армии, курсантов Сухумского и Тбилисского пехотных училищ, истребительных отрядов НКВД удалось не только остановить немецкую группировку, но и отбросить её на северные склоны Санчарских перевалов к 20 октября. Остальные перевалы, захваченные немцами, отбить так и не удалось до их общего отхода. По приказу Берия на Кавказ в срочном порядке были переброшены две стрелковые бригады, 5 стрелковых и два мотострелковых полка и другие части НКВД. Это позволило в августе — сентябре 1942 г. сосредоточить на Кавказе до 9 дивизий внутренних войск. К этому времени в регионе было сосредоточено около 80 тысяч солдат и офицеров войск НКВД, в том числе резерв не менее 10 тысяч человек. В дальнейшем численность была доведена до 120 тысяч военнослужащих. Во взаимодействии с частями Красной Армии на перевалах действовало 8 полков внутренних войск, 7 отдельных батальонов, 14 горнострелковых отрядов войск НКВД, более 70 разведывательных и партизанских групп. В составе войск НКВД находились сформированные из горцев добровольческие отряды. Среди них был Сванский отряд во главе с офицером внутренних войск Н. Лукашевым, бойцы которого героически сражались с противником. Таким образом, вся территория Северного Кавказа и Закавказья оказалась под контролем войск НКВД. В качестве вывода следует отметить, что, как член ГКО, Л. П. Берия в период своего руководства оборонительной операцией на Кавказе внес существенный вклад в оборону этого стратегического направления.