Накануне начала операции «Барбаросса» Политбюро коммунистической партии Союза ССР дало НКО указание численно усилить четыре фронта, на которые в случае войны ложилась основная тяжесть боевых действий: Северный, Северо-Западный, Западный и Юго-Западный фронты, создав пятый фронт, названный Южным. Кроме того, предполагалось сформировать отдельное командование для управления так называемыми армиями второй линии. Штаб этого нового командования, которое Ставка 25 июня назвала Группой Резервных Армий, находился в Брянске и отвечал за поддержку передовой обороны Красной Армии вдоль западной границы Советского Союза.[292]Командовать этой новой группой Ставка поручила 29 июня генерал-лейтенанту войск НКВД И. А. Богданову, назначив ему комиссаром С. Н. Круглова, комиссара государственной безопасности 3-го ранга.[293]

Накануне войны Политбюро распорядилось сформировать новые охранные войска НКВД для защиты тылов передовых действующих фронтов Красной Армии. Согласно этой директиве, НКВД должен был поддерживать каждый действующий фронт специально подобранным для данной цели комплексом дивизий, полков, батальонов и пограничных отрядов, подразделениями оперативных, железнодорожных и конвойных войск (см. таблицу 5.6). В конечном итоге 29 июня Ставка назначила пятерых генералов НКВД командовать войсками охраны тылов этих фронтов и «армий второй линии» и шестого — командовать Московским военным округом.[294]

Несмотря на страшный хаос, вызванный стремительным наступлением вермахта, и на массовое расстройство мобилизационной системы Красной Армии, НКВД приложил все усилия для выполнения распоряжений Политбюро. Сразу же после начала вторжения было завершено формирование 21-й, 22-й и 23-й мотострелковых дивизий НКВД из 11 оперативных полков НКВД, дислоцированных на Северном, Северо-Западном и Юго-Западном фронтах, а также одного мотострелкового полка на Западном фронте.

Последующая мобилизация добавила к структуре НКВД 41 500 человек, 16 000 которых были набраны в приграничных военных округах. Одновременно управления НКВД во внутренних военных округах Советского Союза формировали и укомплектовывали личным составом в соответствии с мобилизационными планами дополнительные соединения НКВД. Однако из-за катастрофических потерь, понесенных Красной Армией в начальный период войны, Ставка была вынуждена обратиться к НКВД с требованием передать дополнительную живую силу, соединения и командные кадры на укрепление Красной Армии.[295]

Например, 29 июня 1941 года Ставка приказала НКВД «немедленно сформировать 15 новых дивизий, включая десять стрелковых и пять мотострелковых дивизий», использовав в качестве ядра каждой новой дивизии по 1500 командиров и военнослужащих из пограничных и оперативных войск НКВД.[296]За набор этих новых дивизий отвечал лично Народный Комиссар Внутренних Дел Л. П. Берия. Это были первые из в общей сложности 25 дивизий, которые НКО потребовал от НКВД сформировать к 17 июля 1941 года. В результате НКВД сформировал на Западном стратегическом направлении 243-ю, 244-ю, 246-ю, 247-ю, 249-ю, 250-ю, 251-ю, 252-ю, 254-ю и 256-ю стрелковые дивизии, на Северо-Западном направлении — 257-ю, 259-ю, 262-ю, 265-ю и 268-ю стрелковые дивизии, а на Южном направлении- 12-ю, 15-ю, 16-ю, 17-ю и 26-ю горнострелковую дивизии.[297]

В августе-сентябре 1941 года, когда вермахт угрожал Ленинграду окружением, командование Ленинградского фронта сформировало из имеющихся пограничных и других охранных войск три стрелковых дивизии НКВД, отдельную стрелковую бригаду НКВД и несколько полков НКВД. В их число входили 1-я, 20-я и 21-я стрелковые дивизии НКВД, которые в сентябре-октябре 1941 года приняли активное участие в обороне осажденного города.[298]

В начале декабря, после того, как войска вермахта взяли Харьков и угрожали Ростову, Юго-Западный фронт свел воедино остатки 91-го, 92-го, 94-го и 98-го погранотрядов с 6-м, 16-м и 28-м мотострелковыми полками НКВД, образовав 8-ю мотострелковую дивизию НКВД. В декабре 1941 — январе 1942 года эта новая дивизия в составе 21-й армии Юго-Западного фронта приняла участие в наступательных операциях близ Белгорода, и лишь в июле 1942 года ее передали Красной Армии как 63-ю стрелковую дивизию.[299]

Вслед за катастрофическими поражениями Красной Армии в начале октября 1941 года под Вязьмой и Брянском Главное Управление Внутренних Дел НКВД сформировало 12 октября 1941 года из оперативных, охранных и пограничных войск пять стрелковых и три мотострелковые дивизии.[300]Эти дивизии, получившие обозначения 5-й и 6-й, 10-й, 11-й и 12-й стрелковых, 7-й, 8-й и 9-й мотострелковых дивизий НКВД, были сформированы в Тихвине, Калинине, Туле, Воронеже, Ростове, Сталинграде, Краснодаре и Саратове и отвечали за прикрытие этих районов и борьбу с вражеской агентурой. Однако ухудшающаяся оперативная обстановка вынудила Ставку преобразовать 10-ю и 11-ю стрелковые, 8-ю и 9-ю мотострелковые дивизии НКВД в обычные дивизии Красной Армии, соответственно 181-ю стрелковую, 2-ю гвардейскую стрелковую, 63-ю и 41 -ю стрелковые дивизии, и использовать их в активных боевых действиях.[301]