Самым сложным для Черноморского флота был период 1941–1942 гг., когда силы флота вели тяжелые оборонительные бои с противником на подступах к Одессе и Севастополю, на Керченском и Таманском полуостровах и в районе Новороссийска. С оставлением советскими частями Крымского побережья в начале весенне-летнего наступления гитлеровцев 1942 г. Ставка ВТК поставила перед ЧФ задачу по обороне Кавказского побережья, в том числе кавказских портов Черного моря, куда из Севастополя перешли боевые корабли Черноморского флота.

В начальный период войны контрразведчики флота понесли самые существенные потери в личном составе за все годы Великой Отечественной войны. Только при обороне Севастополя и эвакуации советских частей погибли десятки сотрудников Особого отдела Черноморского флота. Потери среди профессионально подготовленных сотрудников создавали трудности в организации оперативно-розыскной работы флотских контрразведчиков.

О масштабах потерь флотских контрразведчиков свидетельствуют многочисленные документы. Так в одном из подобных документов, докладной записке начальника Особого отдела ЧФ Н.Д. Ермолаева от 19 июля 1941 г. «Об эвакуации работников ОО НКВД Черноморского флота из Севастополя», отмечено: «За период с 30 июня по 3 июля эвакуированы 56 человек, 66 сотрудников остались в Севастополе и приняли свой последний бой, защищая город»[440].

Например, в боях за Севастополь погиб младший лейтенант П.М. Силаев, помощник оперуполномоченного Особого отдела ЧФ, который в составе группы из пяти бойцов до последнего патрона отстреливался от противника, отстаивая последний оплот обороны города — Херсонесский мыс[441]. П.М. Силаев погиб 5 июля 1942 г., уничтожив группу немецких солдат, он подорвал себя последней гранатой. В честь подвига П.М. Силаева на берегу Черного моря была воздвигнута величественная стела, а его именем названы одна из улиц Севастополя и городская школа.

В первый период войны советские военные контрразведчики активно боролись с дезертирами, изменниками Родины, трусами и паникерами. На Черноморском флоте за годы войны были зарегистрированы 3844 случая дезертирства, из них 2582 относятся к 1941–1942 гг.

Борьба с дезертирством включала мероприятия по обнаружению намерений отдельных военнослужащих покинуть свою часть, вести пораженческую агитацию, подавать примеры паникерства и трусости. Всего на флоте заградотрядами было задержано 4719 человек, из которых 4301 направлен в распоряжение командования, 290 арестованы и осуждены, а остальные переданы прокуратуре. За весь период войны перед строем было расстреляно 20 дезертиров, а всего на поле боя во внесудебном порядке — 199 человек из числа изменников Родины, трусов, паникеров и дезертиров. Большинство расстрелов пришлось на период тяжелых боев при обороне Одессы и Севастополя[442].

Деятельность контрразведчиков Черноморского флота резко изменилась уже к осени 1943 г. Быстрое продвижение советских войск вызвало необходимость создания оперативных групп контрразведчиков, которые вместе с наступающими войсками и в составе десантных частей вступали в освобожденные города и населенные пункты. В задачу этих групп, в составе которых, как правило, были оперативники, розыскная агентура, переводчики, радисты и конвойные подразделения, входило выявление, розыск и арест вражеской агентуры, восстановление связи с оставленными при отступлении нашими разведчиками, захват архивов противника и других трофеев.

После изменения стратегического положения на фронте в 1943–1944 гг. в пользу СССР корабли и части Черноморского флота выходят на широкий оперативный простор и активно участвуют в освобождении приморских городов, в том числе и главной базы флота — Севастополя.

Освобождая ранее оккупированные советские территории от гитлеровских захватчиков, Красная армия и флот вступили на территорию сопредельных европейских государств, где моряки Черноморского флота совместно с армейскими частями овладели портами Сулина[443], Констанца[444], Варна[445] и Бургас[446].

Вступая вместе с передовыми частями армии в освобожденные города и военно-морские базы, оперативные группы немедленно выходили на связь с оставленной ранее или заброшенной в период войны агентурой. Накопленная зафронтовыми разведчиками информация сразу давала нить к разоблачению вражеских агентов, имевших задание на оседание или не успевших уйти с отступающими частями.

Положительные результаты в розыске агентов противника давало использование специальных поисковых и опознавательных групп, привлечение перевербованных агентов, а также процедура фильтрации в лагерях военнопленных.

В результате агентурно-оперативных мероприятий, проведенных оперативными группами ОКР «Смерш» ЧФ в городах Причерноморья и Приазовья, по разным причинам были арестованы 190 человек, из которых 9 оказались агентами немецкой и румынской разведок[447].

Военным контрразведчикам удалось захватить некоторые документы противника. Так, в Аккермане[448] в их руки попали документы местной жандармерии и начальника гарнизона. Ознакомление с этими документами показало, что они представляют оперативный интерес, и в дальнейшем их использовали для розыска вражеской агентуры.