К началу 1939 года выпуск Bf.109 передали из Аугсбурга в Регенсбург из соображений увеличения производственных площадей для Bf.110. Крупные субподрядные работы начались на заводах «Ago» (Ошерслебен), «Erla» (Лейпциг), «Arado» (Варнемюнде) и «WNF» (Делиц и Винеройштадт). Из 1540 поставленных к 1939 машин менее чем 150 выпустили на «Messerschmitt AG» (как была переименована «BFW» в июле 1938 года). При вторжении в Польшу 01.09.39 года Luftwaffe имели 12 истребительных групп с 850-ю Bf.109E-l и Е-1/В.

Тринадцатая авиачасть была оснащена Arado Ar.68 и примерно 235 Bf. 109D-1, объединенных в эскадру тяжелых истребителей. Самолеты-истребители тогда не летали в истребительных эскадрах, но на бумаге они были сведены в JG 1, JG 2, JG 3, JG 26, JG 51, JG 52 и JG 53. Одна из истребительных групп имела статус LG 1, которая включала штаффель с машинами, оснащенными прожекторами, предназначенный для ночных боев на Bf. 109E-1. Война в Польше была такой короткой, что истребительная авиация не получила полного представления о своем мастерстве и организованности в боевых условиях, так как действия в основном велись легкобомбардировочными и штурмовыми подразделениями.

Вероятно, первым обменом любезностями в виде залпов бортового оружия Bf. 109 и Bf.110 с RAF стал рейд 24 бомбардировщиков Wellington из 9, 37 и 149-го дивизионов RAF на Вильгельмсхафен 18.12.39 года. Bf.109 из III./JG 77 с большим успехом встретили и сбили 12 бомбардировщиков при потере 2 и нескольких поврежденных огнем кормовых четырехпулеметных турелей Bf.109; это был первый случай применения действенной кормовой защиты при столкновении с Luftwaffe. Лейтенант Иоханнес Штайнхофф, штаффелькапитан 3/JG 77, сбил 2 бомбардировщика, к концу войны стал коммодором JG 7, летавшей на Me.262, имея 176 подтвержденных воздушных побед.

В этом бою участвовали Bf.109E-3, улучшенный подтип, поступивший в Luftwaffe к концу 1939 года. С двумя синхронизированными MG 17 в носу, двумя крыльевыми пушками и моторпушкой MG FF/M (хотя и установленная, эта пушка игнорировалась большинством пилотов, так как она вызывала сильную вибрацию при стрельбе), Е-3 стал самым многочисленным в серии; 1868 было поставлено в 1940, причем было несколько экспортных партий: 40 в Венгрию, 5 в СССР, 2 в Японию (где намечался, но был аннулирован, серийный выпуск на фирме «Kawasaki»), 73 в Югославию, 19 в Болгарию, 16 в Словакию и не менее 80 в Швейцарию. Последняя партия действовала в составе Fliegerkompagnie 6, 15 и 21 ВВС Швейцарии с бортовыми номерами от J-311 до J-390.

Швейцарский завод «Dornier-Werke AG» в Альтенхайне выпустил также 9 полных планеров. 4 пары крыльев и 7 фюзеляжей собранных между апрелем 1941 и мартом 1946 года. Bf. 109E-3 швейцарской постройки имели коды от J-391 до J-399 и опознавались по «меченым» кокам.

Основные стойки шасси Bf.109B-1.

Летчик 2.J/88 капитан Гюнтер Лютцов. 19 марта 1937 года.

Захваченный республиканцами Bf.109В-1.

Следующей серьезной акцией, в которой активно участвовали Bf.109Е, стал блицкриг на западе; 30 Е-3 из I/ JG 77, поучаствовав в Норвежской кампании апреля 1940, не повидали там серьезного боя. В апреле и первой неделе мая 1940 Luftflotte 2 и 3, оснащенные истребительными силами в составе 850 Bf.109 (из JG 3, 26, 27, 51, 52, 53, 54) были размещены на западных рубежах Рейха. Armee de 1'Air (ВВС Франции) тогда имели около 530 истребителей в 23-х авиагруппах: 11 с MS-406, 4 с Hawk 75A, остальные 8 — с Dewoitine D.520, Bloch 151 или 152. Огромное число этих машин было уничтожено прямо на земле ударом 10-го мая, подобно голландским Fokker D.XXI и пестрому составу ВВС Бельгии. Голландия капитулировала 15-го мая, Бельгия — 13-ю днями позже.

В конце мая — начале июня разрозненные французские эскадрильи упорно сопротивляясь, откатывались с боями назад, что не спасло их от окончательного разгрома; однако до подписания в Компьене 22-го июня акта о капитуляции было уничтожено около 350 французских самолетов. Bf.109E наконец прошел серьезное испытание в огне Европы, достойно показав себя против французских истребителей и Hurricane Британского экспедиционного корпуса; примерно 450 последних было потеряно в этой кампании. Появление Spitfire над Дюнкерком уравняло шансы, однако головы руководства авиацией не были настроены заглянуть вперед, чтобы предвидеть будущие баталии над Ла-Маншем. Однако было и одно неприятное обстоятельство, уменьшавшее вес численного преимущества Luftwaffe: немало «Эмилей» оказалось на земле из-за недостатка топлива, не дотянув до точек подскока. Короткий радиус стал большим камнем преткновения в карьере Bf.109E.

Существующие описания различных «фаз» Битвы за Британию в своей массе основываются на противоречивых интерпретациях, вызывающих некоторую неразбериху. Некоторые из них показывают развитие событий так: удары по береговым и морским целям с переходом на аэродромы и промышленные объекты с апофеозом в дневных налетах на Лондон. К сентябрю центр тяжести сместился на ночные бомбежки и укусы истребителей типа «hit & run» («ударил и удрал»). Хронология этого периода вызывает много дискуссий, однако считается, что массовые удары группами самолетов до 50 машин по морским целям в Ла Манше захватили июль. При этом FC RAF не могло активно применять радары, которые подоспели в массовом количестве гораздо позже.

Bf.109В-1 из второй эскадрильи легиона «Кондор».

Bf.109B-1 с поломанным шасси после грубой посадки.

Акция «Adler Tag» («День Орлов») несколько раз откладывалась, и в конце концов была назначена на 13-е августа. Первый большой рейд на побережье за 5 дней до него и удары по радарам 11-го августа были «тихим громом» перед «орлиным» ударом. Через два дня Битвы начались тяжелейшие бои: сбито 75 немецких и 34 британских самолета, и, наконец, 15-го августа расправа над пикировщиками Ju.87 и бомбардировщиками, поднявшимися без сопровождения с баз в Норвегии. Последующие три недели (до 7-го сентября) Luftwaffe были заняты тяжелыми налетами на истребительные базы RAF к северу от Лондона и изнурительными боями со Spitfire и Hurricane, пытаясь уничтожить английскую истребительную авиацию, как таковую.

Удары по Лондону, в ответ за недавнюю бомбежку Берлина, базировались на нескольких предпосылках. Разведка дала неверную картину «уничтожения» RAF, Лондон представлялся как прекрасная цель: порт, столица, промышленный центр. Однако, через некоторое время атакующие получили достойный ответ, несмотря на то, что в первые 4–5 дней численное соотношение потерь к победам было за наступающими. С 15-го сентября Luftwaffe потеряли 60 машин, т. е. в 1,79 раза больше RAF (26 машин), и стало ясно, что это долго не продлится, так как для надежной поддержки бомберов не хватает истребительных подразделений.