Во время копирования картины А. Ван Дейка в Эрмитаже Нестерова заметил И. Н. Крамской. Последний стал помогать молодому художнику, давать ему советы.

Петербург так и не стал родным для Нестерова, и в 1884 году он вернулся в Москву, в Училище живописи, ваяния и зодчества. Продолжая писать картины бытового жанра, художник не испытывал никакого удовлетворения, чувствуя, что это не его призвание.

В 1885 году Нестеров женился на М. И. Мартыновской. Его родители были против этого брака и отказали сыну в материальной помощи. Чтобы прокормить себя и жену, художник много работал для различных журналов и издательств. В этот период Нестеров увлекся историческим жанром. Допетровская Русь привлекала многих современников мастера, и не только художников, но и композиторов, драматургов. В их числе – А. Н. Островский и Н. А. Римский-Корсаков.

Исторические картины, созданные Нестеровым в этот период, имеют ярко выраженный бытовой характер. Такова композиция «Избрание Михаила Федоровича на царство» (1886). Ощущение покоя и тишины создают темные фигуры персонажей, сияние окладов икон, светлая одежда юного царя.

Вскоре художник начал работу над другим историческим произведением – полотном «До государя челобитчики» (1886, Москва, частное собрание). Нестерову потребовались костюмы XVII столетия, и по совету знакомого он отправился к Сурикову. С этого времени началась дружба двух живописцев.

Летом 1886 года случилось ужасное несчастье: в возрасте двадцати четырех лет умерла жена Нестерова, оставив ему новорожденную дочь. По памяти он начал рисовать образ Марии Ивановны. Вскоре был написан ее портрет в подвенечном платье, но позднее, в минуты недовольства своим творчеством, Нестеров уничтожил его.

За работу «До государя челобитчики» мастер получил Большую серебряную медаль и звание классного художника. Но Крамской, в то время тяжело больной, доживавший последние дни, раскритиковал картину, сказав Нестерову, что полотно слишком велико для столь незначительной для русской истории темы.

В 1886–1889 годах Нестеров занимался иллюстрациями к произведениям Л. Н. Толстого, Ф. М. Достоевского, П. И. Мельникова-Печерского, А. С. Пушкина. В эти годы Нестеров часто встречался с Суриковым, который пережил в 1888 году такое же несчастье: умерла его жена, оставив двух дочерей.

Памяти жены посвятил Нестеров свою картину «Христова невеста» (1887, местонахождение неизвестно). В образе Христовой невесты, словно сошедшей со страниц книг Мельникова-Печерского, мастер показал умершую жену, Марию Ивановну. В этом произведении, кроме личных переживаний художника, отразился также его интерес к старообрядчеству – теме, к которой обращались многие представители русской интеллигенции того времени.

В 1888 году была написана картина «За приворотным зельем» (Художественный музей им. А. Н. Радищева, Саратов), в которой исторический жанр трактуется художником как бытовой. Изобразив молодую девушку, сидящую возле избушки старца, художник пытается передать драму отдельной человеческой личности. В то же время он так заострил внимание на деталях быта, одежды, что душевное состояние героини отходит на второй план.

Работая над картиной «За приворотным зельем», Нестеров задумал новое полотно. Вскоре он приступил к созданию «Пустынника» (1888–1889, Третьяковская галерея, Москва). Когда картина была готова, художник стал показывать ее своим друзьям. И Левитан, и Суриков одобрили новую работу, но последнему не понравилась фактура головы. Нестеров стал переписывать голову пустынника, но не мог вернуть лицу прежнее выражение, его «душу», что было очень важным для него. Он почти протер холст до дыр, но ничего не получалось. Нестерова должен был посетить П. М. Третьяков, и художник страшно боялся, что знаменитый коллекционер увидит «Пустынника» без головы. В конце концов мастер добился желаемого результата.

По совету Третьякова Нестеров послал свою картину на XVII Передвижную выставку. «Пустынник» понравился публике. Полотно отличалось от работ на ту же тему, выставленных другими художниками, и не только своими художественными достоинствами.

«Пустынник» привлек внимание необычностью: слишком большими размерами холста, что не характерно для такой камерной темы, и колоритом, выдержанным в гамме светло-зеленых, серебристо-серых, синеватых оттенков. Необычен и сам образ человека, окруженного спокойной осенней природой. Вдоль застывшей реки идет по тропинке старец в монашеском одеянии и лаптях. Он старается ступать осторожно, словно боясь нарушить эту патриархальную тишину. Удивительно выражение его лица, в котором соединились мудрая, едва заметная улыбка и погруженность в глубокое раздумье.

Главная мысль картины – гармония человека и природы, их неразрывная, идущая из глубины веков связь. Необычность полотна и в том, что, в отличие от многих работ передвижников, акцентирующих внимание на жизненной активности человека, его политической борьбе, «Пустынник» утверждает уход от мирской суеты в мир природы и философских размышлений.

Моделью для образа пустынника стал монах, которого Нестеров случайно встретил у Сергиева Посада. Но художник смягчил выражение лица своего героя, сделав его непохожим на реальный прототип. На деньги, полученные за «Пустынника», Нестеров отправился за границу. В Вене он посещал картинные галереи, изучал памятники архитектуры. Огромное впечатление на него произвела живопись Д. Веласкеса и Я. Матейко.

Затем художник оказался в Италии. Красота дворцов и старинных соборов Венеции, Флоренции, Рима поразила его. Из Италии Нестеров направился в Париж. Он любовался произведениями искусства в Лувре, Люксембургском дворце, Версале. Картины старых мастеров привлекли внимание Нестерова в музеях Мюнхена, Берлина, Дрездена. Посещая галереи и изучая памятники, живописец много времени отдавал работе, создавая этюды и зарисовки.

В конце 1880 – начале 1890-х годов Нестеров начал писать картины, посвященные жизни Сергия Радонежского. Личность Сергия, которого считали духовным объединителем русского народа в сложной обстановке, сложившейся на Руси в XIV веке, чрезвычайно интересовала русскую интеллигенцию той эпохи. А в душе Нестерова чудотворец занимал особое место. Родители художника почитали его, наряду с Тихоном Задонским, больше других святых и передали эту любовь к Сергию и своему сыну.