Когда принималась резолюция, инквизитор и депутат Риеско предложил кортесам засвидетельствовать перед страной, что она нисколько не направлена против инквизиции, ведавшей до сих пор цензурой книги. Но его предложение большинством собрания было отклонено, и в этом отразилось отношение кортесов к деятельности инквизиции.

Супрема между тем продолжала бездействовать, хотя Этенард-и-Салинас прилагал колоссальные усилия, чтобы собрать кворум. В конце концов ему это удалось, но фактически Супрема ничем себя так и не проявила. В 1811 году в кортесах много говорилось об этом, причем одни депутаты резко нападали на инквизицию, называли ее учреждением, оскорбляющим человеческое достоинство, даже характеризовали как антирелигиозный институт и требовали ее уничтожения, а другие, наоборот, сожалели об отсутствии назначенного великого инквизитора и требовали восстановления деятельности инквизиции в прежнем виде. Одним из аргументов против избрания великого инквизитора, однако, служило неведение относительно того, была ли отставка Арсе-и-Рейносо, ревностного сторонника короля Иосифа I, принята в 1808 году папой; ведь могла возникнуть абсурдная ситуация, когда одновременно в разных частях Испании действуют два великих инквизитора.

Так и не придя к компромиссу, кортесы никаких конкретных решений по инквизиции не приняли, хотя продолжали спорить о ней даже после того, как одобрили конституцию, в которой, как и в конституции для Испании Наполеона, об инквизиции не упоминалось. Враждебные инквизиции депутаты шаг за шагом усиливали свои позиции, и становилось ясно, что дело идет к неблагоприятному для нее исходу. Сначала они провели постановление, согласно которому Супрема лишилась функции высшего судебного учреждения, а затем еще одно — о передаче на рассмотрение специальной комиссии всех законов на предмет выяснения, нет ли в них какого-либо несоответствия конституции государства.

Доклад этой комиссии об инквизиции был представлен кортесам 8 декабря 1812 года. В нем говорилось, что комиссия просила правительство предоставить в ее распоряжение все какие только возможно документы, воспользовалась помощью историков и изучила произведения испанских писателей, в которых говорится об инквизиции. Исследовав доступные ей материалы, комиссия пришла к выводу, что инквизиция несовместима с конституцией. Причин этому было названо множество. Главная же, по мнению комиссии, заключалась в том, что инквизиция сама создает законы, применяет их и контролирует их исполнение. Решения инквизиционных судов, даже самые несправедливые, не могут изменить ни епископы, ни архиепископы, ни даже сам папа, ни тем более гражданские власти. Ход следствия, который ведет инквизиция, не поддается никакому контролю со стороны. Составив протокол о преступлении, инквизиторы могут немедленно арестовать преступника, и даже к верховному совету инквизиции они обращаются только в случае, если внутри инквизиционного суда возникают разногласия. Арест сопровождается всегда секвестрацией имущества подозреваемого, и жене и детям оставляются самые скудные средства, которые едва ли могут обеспечить их пропитание. Подсудимые подвергаются одиночному заключению и лишены свиданий с родителями, женами, детьми, родными и друзьями. Защитники и духовники допускаются к ним только по особому разрешению инквизиционного суда, причем разговор подсудимых и защитников обязательно проходит в присутствии инквизиторов. Допрос производится очень тщательно, пытки пускаются в ход постоянно; при этом от подсудимых усиленно скрывается причина ареста и свидетели обвинения. Если же подсудимые раскаиваются в своих преступлениях или заблуждениях, их все равно покрывают позором — например, лишают права занимать доходные и гражданские должности, причем это наказание распространяется на их семьи.

Кортесы обязаны следить за исполнением законов в стране. Но как могут они контролировать деятельность инквизиторов, если те окружают ее глубокой тайной? Для обеспечения самостоятельности и политической свободы нации кортесы установили такую систему ответственности и гармонии власти, что все виды власти контролируют друг друга и несут ответственность за свои поступки. Только священная особа короля не считается ответственной, но зато ни один королевский приказ не считается действительным, если он не скреплен подписью ответственного секретаря. А перед кем ответственны инквизиторы? Жалобы в Рим запрещены, от общественного мнения действия инквизиторов скрыты, и каждое лицо, осуждающее инквизицию, объявляется отлученным от церкви. Таким образом, создается следующее положение: в Испании существуют суды, которые держат в своих руках свободу, честь и имущественное положение граждан, действуя при этом скрытым путем, и эти суды не ответственны ни перед какой властью; эти суды издают по своему усмотрению законы, не только не соответствующие, но даже противоречащие законам государства. Разве можно считать свободным и независимым народ, подвластный подобным судьям?

Доклад комиссии произвел на кортесы огромное впечатление; противники инквизиции считали свое дело выигранным. Противоположная сторона, однако, не сложила оружия. Не надеясь на свои силы в кортесах, она повела в стране энергичную агитацию, и когда 4 января 1813 года открылись прения по докладу, кортесы были завалены многочисленными петициями, докладными записками, протестами, мемориалами и прошениями о сохранении инквизиции. Среди протестовавших против предполагаемой ее отмены были два архиепископа, 24 епископа, советы провинций Галисии и Алавы, нескольких крупных городов, а также представители высшей знати и некоторые высокопоставленные военные. Сами прения проходили в том же ключе: бывшие в меньшинстве сторонники инквизиции заявляли протест за протестом и требовали хотя бы отложить решение вопроса, пока не выскажутся все провинции, в том числе и заморские. Они надеялись, что за это время что-то поменяется в государстве и вопрос отпадет сам собой.

Чтобы выиграть время и еще более запутать прения, консервативные депутаты даже готовы были согласиться с несоответствием инквизиции принятой недавно конституции, но при этом втягивали собрание в бесконечные дискуссии, имеют ли кортесы вообще право самостоятельно изменять «национальное учреждение, вызванное к жизни двумя сторонами, королем и св. отцом», доказывая, что для этого необходимо также согласие Римской курии. С обеих сторон выступали выдающиеся ораторы. «Причиненный инквизицией государству и церкви вред не подается определению, — говорил либеральный депутат духовного звания Руис Падрон. — Инквизиция не заботилась о просвещении народа, не распространяла среди него истинных начал религии; наоборот, она стремилась лишь к ухудшению его положения, к умственному и нравственному его порабощению. Она преследовала печать, сеяла предрассудки, распространяла ложь; вот почему разум, справедливость и народное право, объединенные мучительно долгим периодом ужасных преследований, обращаются к трону с мольбой принять их под свою высокую руку. С другой стороны, кровь многочисленных невинных людей, сделавшихся жертвами клеветы, вероломства, фанатизма и корысти, вопиет о мести, как некогда ее требовала кровь Авеля. Из глубины гробов невинных поднимается величественный и властный голос, требуя справедливости и протестуя против инквизиции, несовместимой с правами человека. И если инквизиция по существу своему является кровавым учреждением, то я осмелюсь сказать, что и матерь церковь должна требовать ее полного и окончательного уничтожения. Ведь если Давиду не было дано построить храм Иерусалима, потому что этот царь защищал народ Божий с мечом в руках, то как может в лоне церкви существовать инквизиция, посылающая людей на костер?» В ответ инквизитор Риеско произнес дифирамб инквизиции, продолжавшийся почти два заседания. Это переполнило чашу терпения собравшихся, и 22 января председатель кортесов поставил на голосование предложение о прекращении дальнейших дебатов ввиду того, что собрание уже выяснило сущность вопроса. В тот же день прошло поименное голосование — 90 голосами против 60 кортесы признали, что инквизиция несовместима с конституцией 1812 года.