Несмотря на превосходство союзников в линкорах, общий уровень морской подготовки и боевой выучки английского флота значительно превосходил как французов, так и испанцев. Многомесячная блокада французского побережья выматывала английские команды и выводила из строя корабли, но также способствовала еще большей выучке офицеров и матросов.

В свое время, чтобы как можно больше разбросать блокадные силы британского флота, французы заняли Ганновер, состоявший тогда в личной унии с Англией. Этим был прегражден английским торговым судам вход в Гамбург и нанесен мощный удар по британской торговле в Европе. Одновременно в Южной Италии был занят полуостров Отранто — удобная позиция для атаки Ионических островов (которые в то время находились под протекторатом России) и Египта.

20 мая 1803 года Нельсон покинул Англию на старом, но еще крепком 104-пушечном корабле «Виктори». Командовать им он предложил своему старому и испытанному товарищу по Абукиру и Копенгагену капитану Фолею. Тот, сославшись на нездоровье, вежливо отказался. Тогда Нельсон остановил свой выбор на капитане Харди. Спокойный и доброжелательный Харди всегда нравился Нельсону, он был опытным моряком и храбрым воином. Именно Харди стал флаг-капитаном Нельсона в его последних кампаниях.

Уже проходя Ла-Манш, Нельсон с попутным судном отправил письмо Эмме: «Поверь мне: хотя я доволен, что покинул это жуткое место — Портсмут, море все время напоминает о том, что мы с тобой находимся в разных стихиях. Душой понимаю, что Бог милостив и мудростью своей воссоединяет нас; ты, пожалуйста, глядя на наше дорогое дитя, думай о том, что я мог бы сказать тебе сейчас, и будь уверена — я вспоминаю тебя каждую минуту. Сердце мое рвется на части. Благослови и сохрани тебя Господь».

Два года проведет на этот раз Нельсон в море, так ни разу и не ступив на берег в погоне за вечно ускользающим французским флотом.

Все это время он с каждой оказией слал письма любимой женщине. Из письма Нельсона: «Поверь мне, дорогая Эмма, хотя нас разлучил долг чести, мое сердце всегда с тобой и я не позволю себе быть трусом». В день, когда Эмма получала очередное письмо от Нельсона, она прикалывала к волосам живую розу, и все понимали, в чем дело.

Между тем война только разгоралась. Первоначальный план Наполеона был таков. Тулонская эскадра прорывает блокаду Нельсона и вырывается в открытое море. Чтобы отвлечь Нельсона от Тулона, у побережья Отранто предполагалось имитировать подготовку еще одной экспедиции в Египет. Клюнув на эту приманку, Нельсон должен был упустить выход из Тулона французской эскадры. Когда же он, наконец, поймет, что обманут, время будет уже потеряно и искать французов в атлантических просторах станет бесполезно. Обманув Нельсона, Тулонская эскадра должна соединиться с Рошфорской эскадрой и далее спешить к Булони, где находилась уже полностью готовая к десанту Великая армия. Одновременно, чтобы отвлечь северную эскадру адмирала Корнвалиса, в Бресте был готов 20-тысячный корпус для демонстративного десанта в мятежную Ирландию. Общее руководство всеми действиями франко-испанского флота было возложено на талантливого и решительного командующего Тулонской эскадрой адмирала Латуша де Тревиля. Все эти маневры должны были стать последней рокировкой перед переброской Великой армии в Англию. Нельсон держит под постоянным наблюдением Тулон. Он стремится выманить французов и дать бой, но те упорно не желают покидать укрепленный порт.

— Мой друг месье Латуш, кажется, должен был приготовить свои корабли к войне. Хотелось бы, чтобы на него все же снизошла храбрость и, перестав играть в кошки-мышки, он вылез из своей норы. — говорил Нельсон своим капитанам.

Но осторожный Латуш из норы упорно вылезать не желал.

Новый, 1804 год Нельсон встречал в открытом море, борясь с зимней непогодой. Ровно в полночь по старой английской морской традиции самый младший член экипажа, юнга, отбил 16 склянок: 8 за старый, 1803 год, и 8 — за новый. Матросам налили по чарке рома и выдали двойную порцию солонины, а офицеры скромно посидели в кают-компании вместе со своим командующим.

Чтобы команды не пришли в уныние от блокадного однообразия, Нельсон проводит непрерывные учения. В одном из писем Эмма пишет, что хотела бы приехать к нему на Средиземное море. Нельсон категорически запрещает ей это, не желая подвергать любимую женщину опасности. Вскоре он узнает, что Эмма снова беременна. В феврале 1804 года у нее родился мальчик, который спустя несколько дней умер. Роды были тайными, а потому тайными были и похороны. Узнав об этом несчастье, Нельсон впал в уныние. Его уже не особенно интересовали и те огромные долги, в которые все больше и больше влезала Эмма, буквально разоряя своего любимого.

Тем временем Латуш де Тревиль все же предпринял попытку выбраться из Тулона и вывел свой флот в море. Получив об этом известие, Нельсон рванулся ему наперерез.

— Насыплем соли на хвост месье Латушу! — радовался он, оглядывая свою мчавшуюся на всех парусах эскадру.

Увы, на этот раз Нельсон опоздал. Мудрый де Тревиль уже повернул обратно и снова заперся в Тулоне. Нельсон рвал и метал, но ничего поделать не мог. В довершение всего вскоре он узнал, что де Тревиль известил французские газеты, будто не он, а Нельсон позорно бежал с поля брани.

— Я поймаю этого негодяя! — ярился Нельсон, бегая по палубе «Виктори». — И заставлю его съесть его лживую газету!

Заставить съесть газету французского командующего ему, однако, так и не удалось. Вскоре Латуш де Тревиль, не выдержав физического напряжения, скоропостижно умер. Потеря эта была для Франции поистине невосполнима, ибо второго столь талантливого и авторитетного адмирала у Наполеона не было. Скрепя сердце Наполеон вынужден был назначить командующим Тулонской эскадрой адмирала Вильнёва, того самого, что бежал во главе арьергарда из Абукирской бухты, бросив на произвол судьбы своих товарищей. Наполеон Вильнёву не доверял и вниманием не баловал, но другого выхода у него тогда просто не было.

Из инструкции морского министра Франции командующим эскадрами перед началом кампании 1805 года: «Главное намерение императора состоит в том, чтобы отыскать в рядах, в каких бы то ни было званиях, офицеров, наиболее способных к высшему начальствованию. Но чего он ищет прежде всего, так это благородной любви к славе, соревнования к почестям, решительного характера и безграничного мужества. Его величество хочет уничтожить эту боязливую осторожность, эту оборонительную систему, которые мертвят нашу смелость и удваивают предприимчивость неприятеля. Эту смелость император желает видеть во всех своих адмиралах, капитанах, офицерах и матросах, и каковы бы ни были последствия, он обещает свое внимание и милость всем тем, кто доведет ее до высшей степени. Не колеблясь нападать на слабейшие и даже равные силы и сражаться с ними до уничтожения — вот что желает его величество».

Внезапная смерть адмирала де Тревиля вынудила Наполеона поменять свои планы. Теперь он возлагает главную задачу уже не на нерешительного Вильнёва, а на более деятельного командующего Брестской эскадрой адмирала Гантома. Ему предписывалось неожиданно прорвать блокаду Бреста, вырваться в Атлантику с караваном десантных судов, как можно быстрее высадить десант в Ирландии и мчаться в Ла-Манш, чтобы прикрывать переброску в Англию главных сил. Одновременно вырвавшаяся в море Тулонская эскадра Вильнёва должна была пересечь Атлантику и, соединившись с вест-индской эскадрой Миссиеси, захватить несколько тамошних островов, а затем вернуться в Европу, чтобы деблокировать Рошфор и составить резерв для действий в Ла-Манше. По расчетам Наполеона, бросок Вильнёва в Вест-Индию должен был увлечь за собой до тридцати английских линкоров и тем самым помочь выходу из Бреста эскадры Гантома.