Лично благочестивый человек, Иван III, к сожалению, покровительствовал еретическим движениям, если видел в них государственную пользу, например, возможность отобрать церковные земли для раздачи служилым людям. Так, под его влиянием в митрополиты московские после Геронтия был поставлен Зосима, склонный к ереси жидовствующих. Суть ереси состояла в уклонении от православия в иудейское учение каббалистики и тайную науку чернокнижия (впрочем, суть еретического учения трактуется разными историками в широких пределах). Несколько лет спустя религиозные пристрастия митрополита, а также его пьянство вызвали всеобщее возмущение в Церкви, и Зосиму свели с кафедры. Возведение на Московскую кафедру его преемника Симона было совершено с большой торжественностью. По словам церковного историка E. Е. Голубинского, «Иван Васильевич хотел придать чину поставления митрополитов тот вид, как в Константинополе совершалось поставление патриархов». В 1504 году церковный собор осудил и сурово наказал жидовствующих, и Церковь действовала тогда в полном согласии с Иваном III.

В Европе обретение радом радикальных бюргерских ересей общей платформы, получившей впоследствии название протестантизма, привело к долгим десятилетиям Религиозных войн. Россия была от них избавлена. В немалой степени этому способствовало симфоническое действие государя Ивана III и нашей Церкви в первые годы XVI столетия.

За время правления Ивана III Москве покорилось множество русских земель и княжеств, которые прежде были независимыми или почти независимыми государствами.

В 1463 году под власть великого князя перешел Ярославль. На протяжении 70—80-х годов XV века власть Москвы распространилась также на Пермскую и Вятскую земли, еще очень слабо заселенные русскими.

В 1471 году началось последнее противоборство Новгорода Великого и Москвы.

Еще при отце Ивана, великом князе Василии II, новгородцы потерпели поражение в войне, признали старшинство Москвы, обязались выплачивать значительные пошлины и отдали победителям значительные области. В начале 70-х годов XV века они вновь вышли из московской воли и захватили старые свои владения. Новгородское боярство пыталось заключить союз с Великим княжеством Литовским. Это был худший из возможных вариантов: между Москвой и Литвой шла борьба за господство на Руси, и рождение единого Русского государства никогда бы не произошло, если бы продолжалось соперничество этих двух центров. Соответственно, государь Иван Васильевич давал отпор любому проявлению литовского влияния в русских землях.

Объединенное войско многих земель вошло в пределы Новгородской республики. Нескольких сражений хватило московским воеводам, чтобы полностью сокрушить военную мощь неприятеля. Решающее столкновение произошло на реке Шелони. Лучшие полки Новгорода Великого были наголову разгромлены. После столь очевидного поражения новгородцам оставалось только признать власть Ивана III и отдать спорные земли. Великий князь Московский получил контроль над внешней политикой Новгорода и высшую судебную власть. Сторонники Литвы были казнены.

Однако в 1477 году вольный город сделал последнюю попытку сохранить независимость. В ходе волнений погибло несколько сторонников Ивана III. Тогда великий князь вновь собрал армию и привел ее под самые стены Новгорода. Голод заставил горожан согласиться на гораздо более жесткие условия, чем в 1471 году. Новгород становился рядовой землей в составе Московского государства. Он сохранил незначительные остатки самоуправления, но все важнейшие дела решал теперь именем великого князя его наместник. Вечевой колокол — главный символ политической независимости Новгорода Великого — сняли и увезли в Москву. А чтобы уничтожить даже призрачную возможность нового мятежа, Иван III велел «вывести» новгородское боярство с земель, издревле ему принадлежавших, и поселить в иных областях державы. На их место пришли небогатые дворяне, составлявшие главную силу московского войска.

Присоединение Новгорода Великого к Москве вызвало долгую дискуссию в среде историков. Сопротивление новгородцев великий князь Московский подавил с большой суровостью. У Новгорода осталась лишь тень былой политической независимости. Исчезло вече, исчезли выборные должности новгородской администрации, исчезли собственное войско, печати и монеты. Иными словами, бывшая вечевая республика, «северная Венеция», она же «боярская Швейцария» стала всего-навсего одним из драгоценных камней в державном венце московских государей.

Как оценить эту драму? Однозначно ответить невозможно. Немало сказано о том, как могла бы пойти история аристократического Новгорода, помоги на Шелони Бог северянам… Возможно, современная политическая карта украсилась бы еще одним крупным самостоятельным государством. Возможно, на Новгородчине быстрыми темпами прижился бы европеизм, бурно расцвели бы демократические начала и нынче эта земля играла бы роль метрополии Евросоюза. Возможно, там сформировалась бы новая, доселе невиданная цивилизация. Возможно, официальная резиденция президента Российской Федерации находилась бы сейчас не в Московском Кремле, а в новгородском Детинце.

Однако контрфактическое моделирование (научный термин для бытового понятия «если бы да кабы») предлагает и другие варианты «альтернативной истории» Новгорода Великого. Колоссальный экономический ресурс независимого Севера был жизненно необходим поднимающейся Руси для борьбы с ордынской угрозой. И в свою пору новгородское серебро и новгородские ратники пригодились для борьбы с ханом Ахматом, о чем речь пойдет ниже. Если бы Москва, жестко и порой жестоко «собиравшая земли», не подчинила себе новгородскую вольницу, как знать, куда повернула бы судьба всей Руси. Могло произойти худшее: новая утрата независимости, раздробление на мелкие улусы, падение православия. Не объединившись с «низовской» Русью, Новгород тем не менее имел все шансы разделить ее горькую судьбу. И тогда, быть может, в наши дни на месте старинной твердыни и множества храмов стояла бы рыбацкая деревенька, туристы время от времени заглядывали бы туда посмотреть на сохранившиеся кое-где башни и стены Детинца, а главная магистраль между столицами каганата и халифата пролегла бы намного южнее. Рыбаки платили бы ясак местному тудуну, а по дороге к ближайшему большому базару предъявляли бы пайзцу отважным нукерам. Ну а тот, у кого не сыскалось бы в нужный момент пайзцы, все равно мог избежать зиндана в Торжке, дав нукерам приличествующий бахшиш…

Да, Иван III разрушил в Новгороде вечевую демократию. Но как знать, не стала ли утрата старинной вольности меньшим злом в судьбе Новгородчины?

В 1485 году большая московская рать отправилась к Твери. Древний, богатый город когда-то соперничал с Москвой за первенство на Руси. Тверской княжеский дом породил множество ярких политиков, смелых борцов с ордынским игом. Однако во второй половине XV столетия Тверь уже не имела возможности противопоставить Москве равную силу. И тверской князь Михаил Борисович попытался договориться с литовцами, надеясь на их вооруженную поддержку против восточного соседа. Его надежды были тщетны: в разразившейся войне тверичи не получили помощи от Литвы. Напротив, политика Михаила Борисовича вызвала решительные ответные действия Ивана III: Тверь подверглась осаде. Михаил Борисович бежал, а горожане, видя безнадежность своего положения, присягнули на верность Ивану III. Независимое Тверское княжество исчезло с карты Руси.