Спустя восемь лет, в 1269 году, к Сарской епархии была присоединена Переяславльская, с кафедрой в Переяславле-Русском, на реке Трубеж, близ Киева. Преемник Митрофана епископ Феогност стал именоваться епископом Сарайским и Подонским. В укрупненную епархию входила вся Южная Русь между Волгой и Днепром. Территория ее граничила с Рязанским княжеством, и сарайские епископы, пользуясь быстрым ростом своего влияния при московском князе, стали притязать на доходы с церквей в селениях, построенных рязанскими князьями для защиты своих южных границ.

Услуги, оказываемые епископами Сарскими московским князьям в Орде, сильно укрепляли в Москве их положение. Но ослабевало ханское могущество, связи со столицей Золотой Орды утрачивали свое значение, и в 1454 году епископ Вассиан окончательно перенес кафедру в Москву, утвердив свое постоянное пребывание на Крутицах. Сарайская и Подонская епархия была поделена между соседними, а Крутицкому владыке поручили ведать делами митрополии. Вскоре была учреждена особая Крутицкая епархия, держателям которой было сохранено наименование Сарских и Подонских – «из почитания к древности».

По тому, что сохранилось из старых построек Крутицкого подворья, можно лишь отдаленно себе представить прежний его облик. За свое более чем шестисотлетнее существование «владычная обитель на Крутицах» пережила немало превращений, видела периоды расцвета и бедственного разорения, роста своего значения и богатства наряду с временами полного оскудения. Подтверждением письменных сведений о древних Крутицах остались лишь фрагменты фундаментов да вкрапления старой кладки в стенах часто неузнаваемо перестроенных или обновленных строений. Отметим, что более долговечными, чем кирпичи и камни, оказались древние названия. Возле подворья и поныне значатся Сарайский проезд и Подонский переулок. Эта стойкость топонимических обозначений, столь ценная для науки, лишний раз указывает на неправомерность практики их замены новыми: порой вместе с историческим названием уничтожается единственная вещественная память об отдаленных событиях, живших людях, наступивших переменах…

Татарское иго усилило в русских сознание общности своей судьбы и интересов, во всяком случае – наличия общего врага, и это облегчало московским государям задачу объединения разрозненных удельных княжеств и подчинения их своей власти. Правой рукой при проведении великими князьями московскими политики централизации были православные иерархи, и поощрение церковников, забота об укреплении влияния церкви проходят красной нитью в деятельности как первых «собирателей Руси», так и укрепившихся на московском престоле русских царей. Однако до времени, пока их власть не утвердилась настолько, что огромный авторитет церкви сделается помехой, и цари почувствуют, что вполне могут обойтись без содействия сделавшегося непомерно могущественным и богатым союзника.

Развитие отношений между светской и духовной властью отразилось как в зеркале на судьбе Крутиц.

Уже в XV веке, при великом князе Василии Темном, Крутицким епископам было отписано шесть городов, среди них Козельск и Лихвин (названный так за его упорную – «лихую» – защиту в Батыево нашествие, ныне, кстати, переименованный в город Чекалин), а в начале XVII века этот список удлинили Белев, Одоев, Новосиль, Ливны, Мценск, Карачев. Крутицкие владыки превратились в могущественных церковных феодалов и пользовались уже тогда исключительным влиянием. Но подлинный расцвет кафедры наступил после учреждения на Руси патриаршества: епископы Крутицкие, Сарские и Подонские были возведены в сан митрополитов, сделались первыми иерархами после патриарха и нередко заменяли последнего.

В XVII веке владения епархии все расширялись и к концу его включали уже 16 городов с 15 монастырями и 907 церквами. Числилось в них протопопов 9, попов – 1177, диаконов – 624, дьячков – 1052, пономарей – 988, праздных церковников и малолетних – 5029 – целая рать духовенства! Во всех приходах епархии насчитывалось 82 124 двора с 684 034 жителями.

Летописи и другие исторические документы XVI и XVII веков полны упоминаний о Крутицких владыках, принимавших участие в обсуждении важнейших государственных дел: они заседали на соборах, служили поручителями в «верной службе без побегов» князей, крестили татарских ханов и царевичей, судили еретиков, венчали великих князей, приглашались в числе первых на приемы и «столы» при дворе. Близость к двору не раз оборачивалась невзгодами – Крутицкие иерархи подвергались опале, ссылались, лишались сана, кончали дни заточением в дальних монастырях.

Зенитом же преуспеяния и могущества Крутиц стал период царствования Алексея Михайловича. Епархию возглавлял в те годы митрополит Павел II, известный своей ученой деятельностью. «Крутицкие храмины» становятся при нем крупным центром просвещения. Здесь основывается Ученое братское просветительное общество, руководимое самим митрополитом и киевским монахом Епифанием Славинецким, грамматиком, ритором, философом и теологом. Общество занималось переводом с иностранных языков не только церковных книг, но и светских – по истории, географии, медицине, анатомии и космографии. Епифанием был сделан первый русский перевод труда Коперника «Об обращении небесных сфер», составлен славяно-греко-латинский лексикон.

Следует отметить, что и в более ранние времена Крутицкую кафедру занимали епископы, оставившие о себе след как люди просвещенные. Сарский епископ Феогност был послом хана Золотой Орды в Византии. Епископы Матвей, Досифей, Забела, Савва Черный и Нифонт Кормилицын были авторами литературных сборников XIV – XVI веков, проводниками художественных воззрений знаменитого Дионисия. Назовем еще Крутицкого митрополита Киприана Старорусского, положившего в бытность свою архиепископом Тобольским начало сибирскому летописанию и известного в качестве составителя так называемого киприановского свода Сибирской летописи.

«Богословскую школу, – читаем мы у современника, – митрополит Павел II устроил в доме своем архиерейском, сущем вне града Москвы, именуемом Крутицы, на горах высоких и крутых, над рекою Москвою, тихом сущем месте и безмолвием приличным делу сему, храмины прилична соделал, и вертоград разных видов древ и цветов и зелий всяких посади и источник ископа, тещи сладководные за утешение и от труда приставшим успокоение, и оградою огради ради прохождения, яко некий рай».

В митрополичьих садах кроме водометов красовались беседки с надписью: «Труд с покоем».

Нелегко теперь, поднявшись на шатровую колокольню Крутицкой церкви или оглядывая окрестности из окон надвратного теремка, представить себе эти митрополичьи «голландские сады» с павильонами и фонтанами, где прогуливались монахи, отдыхая после утомительной сверки текстов и словарных разысканий: на месте буколических кущ и цветов в глубь квартала от реки уходят крыши низких строений; вид замыкает многоэтажье Пролетарского проспекта…

Проглядывая описи Крутицкой усадьбы, составлявшиеся уже под конец существования епархии, убеждаешься, насколько широко и богато обстраивалась резиденция занимавших ее владык. Помимо соборной церкви в два этажа, куда из архиерейских покоев (с домовой церковью) вели каменные переходы, были возведены и летние двухэтажные покои с каменным низом и деревянным верхом, также соединенные переходом с главным домом. Существовал еще и «особый дом для прочих лиц – певчих, монахов, разные службы, погреба», конюшни, сараи, кузницы, баня и еще особый летний флигель в саду с галереями и балконами, все это обнесено каменной оградой с четырьмя башнями и шестью воротами.