Нелидов и Филиппов были убеждены, что русское научное учреждение в Стамбуле является хорошим подспорьем для решения внешнеполитических задач России и может содействовать укреплению ее нравственного авторитета среди балканских православных народов. Благодаря неоценимому содействию Филиппова и Нелидова русские ученые-византинисты института, возглавляемого директором, известным славистом и византинистом Федором Ивановичем Успенским, и учеными секретарями (П.Д. Погодиным, Б.В. Фармаковским, Р.Х. Лепером, Б.А. Панченко, Ф.И. Шмитом, Н.Л. Окуневым), широко развернули научные исследования практически на всей территории бывшей Византийской империи.

Ученый Е.Ю. Басаргина отмечала, что с первых шагов после создания РАИК «был окружен заботой своих высоких покровителей. Нелидов, первые три года ex officio являвшийся почетным председателем РАИК, успел оказать вверенному ему институту неоценимую услугу: перед отъездом посла из Константинополя султан Абдул-Хамид II, «желая ему сделать приятное», даровал РАИК право проводить раскопки по всей территории Оттоманской империи с правом сохранения за институтом половины находок». А благодаря авторитету Филиппова, по утверждению исследователя, в греческих церковных кругах перед сотрудниками института распахнулись двери афонских монастырей и афонские монахи предоставили ученым свои бесценные рукописные сокровища.

Приобретя известность и популярность, директор института Успенский занялся международной политикой, которая, впрочем, по утверждению ученых, никогда не отражалась на работе учреждения. Е.Ю. Басаргина писала, что Успенский «направил деятельность РАИК в русло славяноведения и добился в этой области блестящих успехов. Благодаря Успенскому честь открытия столицы Второго болгарского царства Абобы-Плиски принадлежит именно РАИК. Результатом тесного сотрудничества со славянскими учеными явилось создание в 1911 г. Славянского отделения при РАИК».

Впечатляли результаты археологических работ сотрудников института и в самом Константинополе: была изучена мечеть Кахрие-Джами, и Ф.И. Шмитом написана о ней работа. Археолог и ученый Б.А. Панченко исследовал Студийский монастырь и опубликовал монографии о его рельефах, он также изучал археологические остатки Большого дворца, квартала Св. Евгения и других исторических памятников.

Сотрудники института уделяли большое внимание сохранению христианских храмов. Царское правительство жертвовало значительные суммы на реставрацию памятников культуры.

В одной из своих работ Е.Ю. Басаргина отмечала, что «авторитет РАИК в области изучения археологии и топографии Константинополя был столь высок, что западные ученые после закрытия РАИК в 1914 г. некоторое время не решались приступать к археологическим работам в столице, считая, что это «вотчина» русских и ожидая их возвращения, которого, впрочем, не последовало…».

Одним из организаторов РАИК и сподвижником директора Ф.И. Успенского был Н.П. Кондаков, к тому времени уже маститый ученый, византинист, непревзойденный знаток древнего искусства Европы, Африки и Ближнего Востока. Никодим Павлович много путешествовал, знакомясь с памятниками искусства в Крыму, Грузии, Италии, Турции, Египте, Греции, Сирии, Палестине и других регионах и странах. Кондаков был академиком Петербургской академии наук и почетным членом ряда российских духовных академий.

Н.П. Кондаков

В Константинополе Никодим Павлович бывал неоднократно еще до образования Русского археологического института, во время своих многочисленных экспедиций по Востоку начиная с конца 60-х годов XIX века. Несмотря на то что ученый много внимания уделял изучению русского искусства, византиноведение стало для Кондакова главным делом жизни. Результатом его научных поездок в Стамбул в 70–80-х годах XIX века появились его работы: «Мозаики мечети Кахрие-Джамиси в Константинополе», изданная в 1881 году; «Византийские церкви и памятники Константинополя», изданная в 1887 году; «Византийские эмали», выпущенные в 1892 году, и другие книги. В своих трудах Кондаков исследовал отдельные виды художественной деятельности, описывал и систематизировал комплексы памятников целых регионов.

В научном мире России и зарубежных стран не только высоко ценили охват и глубину знаний академика Кондакова, но и отдавали первенство в обобщении и систематизации знаний, накопленных в области византиноведения. Кондаков «впервые охарактеризовал важные особенности византийского искусства и обосновал его периодизацию, — писала исследователь жизни и научной деятельности ученого И. Кызласова. — Изучая культуры Византии и византийского ареала — Закавказья, балканских стран и особенно Древней Руси, много сделал для выяснения связей и взаимовлияния между ними и отличительных черт каждой из этих культур». Кондаков оказался также первым, кто заявил о «генетическом родстве искусства Западной Европы, Византии и Востока» на примере прикладного искусства и архитектурной декорации.

Совершенно очевидно, что такой человек, далекий от политики, владеющий колоссальным багажом необходимых знаний, полностью посвятивший себя науке, был востребован Русским археологическим институтом в Константинополе. Кондаков, подобно лоцману на корабле, намечал пути и направления научных изысканий и экспедиций для сотрудников института в неисчерпаемом море византийского искусства, древних памятников культуры и архитектуры. Вместе с тем Кондаков сам принимал активное участие в проводимых институтом экспедициях и научных исследованиях.

После закрытия РАИК он вернулся в Петербург, затем жил и работал в Москве, Ялте, Одессе, эмигрировал в 1920 году вначале в Софию, а потом поселился в Праге, где продолжил заниматься наукой, писал книги на две главные темы своей жизни: история искусства и культуры России и Византии.

В январе 1899 года на стажировку в РАИК приехал из Петербурга молодой ученый, историк, византинист Александр Александрович Васильев. Несмотря на незнатное происхождение (сын военного и купчихи), молодой человек успел уже проявить себя в научном мире. Ему несказанно повезло, так как в Петербургском университете он сразу попал под опеку известного византиниста академика В.Г. Васильевского. Одновременно Александр Александрович изучал арабский язык под руководством В. Розена. Как отмечал исследователь биографии Васильева Ю. Дойков, сам Александр Александрович впоследствии говорил о себе: «Васильевский и барон Розен сделали мою жизнь». Помимо арабского, Васильев изучил турецкий и эфиопский языки, владел также и другими.

Во время стажировки, длившейся два года, Васильев участвовал в экспедициях Русского археологического института. Он выезжал в Грецию вместе с Б. Фармаковским и П. Милюковым и участвовал в раскопках в Македонии. Результаты проведенных исследований, полученные им во время стажировки в Стамбуле, вошли в его докторскую диссертацию «Византия и арабы. Политические отношения Византии и арабов за время Македонской династии (867–959)», которую он в 1902 году блестяще защитил. Вся дальнейшая научная и преподавательская деятельность А.А. Васильева была связана с историей Византии.