Каранса, несомненно, был знаком с членами вальядолидской лютеранской общины, разгромленной весной 1558 года.

В нее входили многие известные люди, и во время допросов они рассказывали о встречах с Карансой; впрочем, если даже из них и выбили какие-то показания против него, они должны были померкнуть перед торжественным свидетельством монаха Доминго де Рохаса, который за несколько часов перед тем, как взойти на костер, заявил, что в Карансе он никогда не замечал ничего противного ни католической религии, ни римской церкви. Но, вероятно, не померкли. Во всяком случае, великий инквизитор Вальдес ухватился за собранные в Вальядолиде данные, дабы дискредитировать Карансу в глазах Карла V и Филиппа II. 12 мая 1558 года в докладе, представленном Карлу V, он просил разрешение арестовать одного весьма важного беглеца, якобы искавшего убежища у Карансы. Истинным мотивом этого ходатайства было, разумеется, желание нанести удар Карансе. После этого любой добытый от арестованных намек, который можно было использовать против Карансы, доводился до Карла уже как бесспорный факт.

Одновременно пошел в дело козырь, до поры приберегавшийся врагами архиепископа. Во время своего пребывания в Англии он написал весьма объемные, в 900 страниц, комментарии к Библии, которые должны были, по его замыслу, служить руководством к познанию незыблемых истин католической религии и охранять народ от предательского яда еретических учений. Но книга эта была столь же сумбурна, как и речи Карансы, и многое в ней при желании можно было обратить против автора. Вальдес с подачи Педро де Кастро лично поручил Мельчору Кано заняться исследованием этого сочинения, и Кано без затруднения насчитал в нем сто одну страницу с еретическими идеями. Таким образом, почва для судебного следствия была подготовлена.

Несмотря на глубокую тайну, которой все это было окружено, Каранса, находившийся в это время во Фландрии, узнал о происходящем. Друзья убеждали его не возвращаться в Испанию и бежать в Рим под покровительство папы. Однако он отказался, поскольку это неизбежно привело бы к потере покровительства Филиппа II. Вместо этого Каранса отправился к императору Карлу. Но Вальдес решил помешать этому свиданию, и 8 августа Карл получил письмо от принцессы Хуаны, в котором она, по просьбе Вальдеса, просила его проявить сдержанность в сношениях с Карансой, так как тот замешан в деле арестованных лютеран и сам должен был быть арестован. Встреча не состоялась, а через полтора месяца Карл умер, и надежды Карансы, что он найдет у императора защиту, рухнули.

Тем временем его враги уже достаточно подготовились для нанесения ему решающего удар; не хватало лишь разрешения папы. Чтобы получить его, прибегли к коварному приему. 9 сентября Супрема представила Павлу IV доклад о своей деятельности в преследовании лютеранских еретиков. Составители доклада постарались преувеличить опасность, грозившую церкви, чтобы получить от папы возможно широкие полномочия. Они утверждали, что необходимы чрезвычайные меры, так как некоторые еретики встречают поддержку даже со стороны служителей инквизиции; поэтому Супрема просила дать ей право арестовывать всех подозрительных лиц независимо от их должности или духовного сана. Так как инквизиция пользовалась правом юрисдикции над всеми за исключением епископов, то очевидно, что целью ее был Каранса.

Каранса же, понимая, что кольцо вокруг него сжимается, решил, по крайней мере внешне, продемонстрировать смирение. Узнав о смерти Карла, он отправил письма Вальдесу и прочим членам Супремы, что готов подчиниться всем их требованиям. Он предлагал временно запретить злополучные комментарии в Испании и дать ему возможность их исправить. Но его покорность не принесла ему ничего хорошего — она лишь поощрила его врагов, которые отделались от него неопределенными ответами, поскольку находились в ожидании получения чрезвычайных полномочий от папы.

Между тем Каранса прибыл в Толедо и ревностно принялся за исполнение своих обязанностей. Он служил в храме, посещал тюрьмы и монастыри, проводил незначительные местные реформы, принуждал священников жить в назначенных для них приходах — словом, проявлял многостороннюю деятельность. Благотворительность его была велика; за десять месяцев он истратил более 8000 дукатов на свадьбы сирот, выкуп пленных, помощь вдовам, учебу студентов в университетах и пожертвования на нужды больниц. Одновременно он собирал благоприятные отзывы о своих комментариях. Например, гранадский архиепископ Педро Гуэреро заявил, что книга Карансы заслуживает самого широкого распространения. Но Вальдес, узнав об этом, немедленно принял меры против появления благоприятных Карансе суждений: было разослано письмо всем ученым корпорациям, запрещающее им под страхом отлучения и штрафа высказывать о какой-либо книге мнение прежде, чем она не будет рассмотрена Супремой. Не довольствуясь этим, Вальдес начал следствие против теологов, высказавшихся в пользу комментариев Карансы, и большинство их предпочло отречься от своего мнения.

Наконец 7 января 1559 года Супрема получила от папы долгожданное письмо. Вслед за этим против Карансы было начато формальное следствие. 6 мая прокурор потребовал его ареста и наложения секвестра на его имущество. Но так как дело было слишком серьезно, решено было предварительно заручиться согласием короля, который в это время находился во Фландрии.

Каранса между тем дал своим врагам новый повод восторжествовать над собой. В апреле 1559 года собрался доминиканский капитул, и здесь между Карансой и Кано, который распускал о нем слух как о еретике более опасном, чем сам Лютер, произошло резкое столкновение. Каранса потребовал наказать клеветника и пытался помешать его избранию на должность провинциала, а когда не достиг успеха, имел неосторожность обратиться с жалобой в Рим. Папа Павел IV отнесся к его жалобе сочувственно, но враги Карансы очень ловко воспользовались этим инцидентом, чтобы восстановить против него Филиппа. В целом ряде писем к королевскому духовнику Кано выставил себя жертвой суровых гонений, ставших следствием интриг Карансы. О том же писали Филиппу Супрема и Вальдес; они всячески расхваливали Кано и выражали надежду, что король не допустит преследования человека, у которого столько заслуг перед Богом и его величеством. В то же время они заверяли короля, что у него нет никаких оснований опасаться несправедливости по отношению к Карансе, ибо следствие по его делу ведется с полнейшим беспристрастием.

26 июня король изъявил Кано свое удовольствие и уверил его в поддержке; одновременно с этим он одобрил действия Супремы. Санкционируя таким образом преследования, начатые против Карансы, Филипп, однако, просил щадить его епископский сан. Но Вальдес понимал, что оставить Карансу на свободе во время производства следствия по обвинению его в ереси, как это предполагал Филипп, значило открыть дверь для вмешательства в дело короля или папы; если же арестовать архиепископа и заключить в тюрьму, то Филиппу ничего более не останется, как согласиться с последствиями этого шага. Поэтому он распорядился об аресте Карансы; также был наложен арест на все его движимое и недвижимое имущество и все документы и рукописи.

Вести дело поручили вальядолидскому инквизитору Диего Гонсалесу. В длинной бессвязной записке, адресованной Супреме, Каранса жалуется, что Гонсалес относится к нему без всякого почтения, третирует самым оскорбительным образом, мешает его сношениям с Супремой, фабрикует за него ответы, всячески препятствует его защите — в общем, с адской изобретательностью старается еще более отягчить ужас его положения. Хотя упомянутое письмо папы уполномочивало Супрему в отношении епископов лишь на собирание доказательств и пересылку их вместе с обвиняемым в Рим, инквизиция действовала как полноправный суд. Вальдес лично прибыл в Вальядолид и по обычаю сделал обвиняемому духовное увещание, предложив ему для облегчения совести добровольно покаяться. Каранса на это ответил отводом Вальдеса и двух других судей на том основании, что они питают к нему вражду. Это привело к спору, которым занимался третейский суд. 23 февраля 1560 года он вынес решение в пользу Карансы. Таким образом, возникла необходимость в новом составе суда.