Общее наступление немецко-румынских войск против Южного фронта началось 2 июля. Учитывая успех наступления на Украине и то обстоятельство, что советские войска в Молдавии удерживали свои позиции, командующий группой армий «Юг» генерал-фельдмаршал К. фон Рундштедт решил ударами 11, 17-й немецких армий и румынских соединений в общем направлении на Винницу окружить и уничтожить главные силы Южного и Юго-Западного фронтов. Утром ударные группировки атаковали соединения 9-й армии на двух узких участках. Главный удар из района Ясс наносили четыре пехотные дивизии в стык двух советских стрелковых дивизий. Другой удар силами двух пехотных дивизий и кавалерийской бригады пришелся по одному стрелковому полку (74 сп 176 сд). Добившись решающего превосходства, германское командование уже в первый день прорвало слабо подготовленную оборону на реке Прут на глубину 8–10 км.

Генерал армии И. В. Тюленев решил перебросить часть своих резервов на правое крыло фронта, по которому наносился главный удар противника. Пока советские войска сосредоточивались, противник продвинулся еще на 30 км. Командующий 9-й армией генерал-полковник Я. Т. Черевиченко контрударами 2-го механизированного корпуса и стрелковой дивизии пытался уничтожить врага, наступавшего на Яссы, Бельцы, но безуспешно.

К этому времени обстановка в полосе Юго-Западного фронта резко ухудшилась. Главная группировка германских войск глубоко вторглась в пределы Украины. К 7 июля противник, овладев Бердичевом, завязал бои у Житомира. В связи с тем что войска 6, 26-й и 12-й армий этого фронта, отходя, вели бои значительно западнее меридиана Бердичева, возникла угроза глубокого охвата немецкими танковыми войсками не только армий левого крыла Юго-Западного фронта, но и выхода их в тыл армий Южного фронта. В этот день в связи с отходом 12-й армии Юго-Западного фронта на рубеж Летичев, Копай-город командующим Южным фронтом была отдана директива об отводе войск правого крыла фронта на рубеж Могилев-Подольский, Бельцы, река Прут и об организации на нем обороны.

10 июля 1941 года для координации действий Юго-Западного и Южного фронтов было создано Управление Юго-Западного направления, которое возглавил Маршал Советского Союза С. М. Буденный.

Тяжелое положение, сложившееся в первые две недели войны на Юго-Западном фронте, не могло косвенно не отразиться и на Южном фронте. Уже в первых числах июля, когда шли напряженные бои под Ровно, предназначавшийся в состав Южного фронта 7-й стрелковый корпус, который располагался в районе Кривой Рог, Днепропетровск, Запорожье, был по указанию Ставки передан в Юго-Западный фронт и спешным порядком направлен на Ровно. 4 июля по приказу Ставки пришлось передать в Юго-Западный фронт 16-й механизированный корпус, а также две стрелковые дивизии, сосредоточившиеся в районе Котовска, и 18-й механизированный корпус, действовавший к югу от Жмеринки.

2-й мехкорпус, сильно потрепанный в предыдущих боях, с 14 по 17 июля в районе Котовска тоже проводил восстановление материальной части. В этот период в нем оставалось 10 KB, 46 Т-34, 275 БТ-7, 38 Т-26, 9 огнеметных танков, 13 — Т-37/38[7].

Основываясь на ошибочных данных разведки о состоянии противника, И. В. Тюленев сделал вывод: против фронта действует до 53 дивизий, в том числе 13 танковых и моторизованных. В действительности дивизий было в два раза меньше, а танковые и моторизованные соединения и вовсе отсутствовали. Оценив обстановку, командующий решил отвести войска за Днестр, доказывая Ставке, что против столь сильного противника фронт может вести боевые действия только «методом подвижной обороны, опираясь на укрепрайоны на Днестре».

Не дожидаясь, пока Ставка утвердит его решение, И. В. Тюленев приказал войскам начать отход. Однако Главное Командование признало такое решение не отвечающим обстановке и отменило его. 7 июля И. В. Тюленев получил приказ контрударом отбросить противника за Прут, чтобы территорию Бессарабии использовать как плацдарм для будущего наступления; к Днестру отвести разрешалось только примыкавшую к Юго-Западному фронту 18-ю армию генерал-лейтенанта А. К. Смирнова.

При организации контрудара возникло немало сложностей. Так, соединения 9-й армии утром 7 июля начали отходить за Днестр, а чтобы вернуть их, потребовались целые сутки. И только с утра 8 июля три корпуса армии генерала Я. Т. Черевиченко атаковали противника. Вплоть до 10 июля продолжались упорные атаки советских войск. В результате контрудара наступление 11-й немецкой и 4-й румынской армий, действовавших на кишиневском направлении, было задержано.

Командующий 11-й немецкой армией генерал Э. Шоберт, ссылаясь на отсутствие горючего и необходимость восполнения потерь, просил у генерал-фельдмаршала К. фон Рундштедта передышки в наступлении. Тот согласился, но приказал повернуть 54-й армейский корпус для помощи румынам в овладении Кишиневом. 10 июля начальник генерального штаба ОКХ генерал-полковник Ф. Гальдер докладывал генерал-фельдмаршалу В. Кейтелю, который возглавлял штаб главного командования вермахта: шансы 11-й армии на успех незначительны, и продолжать наступление она сможет не ранее 16 июля.

Положение на Южном фронте временно удалось стабилизировать. Задержка противника позволила 18-й армии отойти и занять Могилев-Подольский укрепленный район, а 9-я армия сумела закрепиться западнее Днестра. Оставшиеся в нижнем течении Прута и Дуная ее левофланговые соединения 6 июля были объединены в Приморскую группу войск под управлением генерал-лейтенанта Н. Е. Чибисова (25, 51-я и 150-я стрелковые дивизии и части, расположенные на Черноморском побережье). Совместно с Дунайской военной флотилией они отразили все попытки румынских войск перейти границу СССР на этом участке. Большую помощь войскам Южного фронта оказали и Черноморский флот, и Дунайская военная флотилия, по силам и средствам превосходившие флот Румынии.

К исходу 9 июля 1941 года в состав Южного фронта входили следующие объединения и соединения.

18-я армия (командующий — генерал-лейтенант А. К. Смирнов) вела бои на фронте Марьяновка, Каменец-Подольский (западнее Марьяновки) и далее по реке Днестр до Сороки.

9-я армия (командующий — генерал-полковник Я. Т. Черевиченко) сдерживала наступление противника на фронте Сороки, Орфеев, Минжир, а ее 48-й стрелковый корпус вел наступление с целью овладения городом Бельцы.

Приморская группа (созданная 8 июля 1941 года из левофланговых соединений 9-й армии, прикрывавших одесское направление) прочно удерживала рубеж по восточному берегу рек Прут и Дунай до Черного моря.

В середине июля обстановка на Юго-Западном направлении резко обострилась. Моторизованные корпуса 1-й танковой группы, выйдя в район Бердичев, Казатин, стали поворачивать на юг, угрожая выходом в тыл войскам 6, 12-й и 18-й армий, главные силы которых вели бои на рубеже Казатин, Летичев, Могилев-Подольский. Одновременно усилился нажим противника на могилев-подольском направлении, особенно в стыке 18-й и 9-й армий. К этому времени в связи с передачей ряда соединений Юго-Западному фронту все силы Южного фронта (около 20 дивизий) оказались втянутыми в бои. Из-за отсутствия во фронте резервов для контратак и контрударов приходилось использовать действовавшие войска, выводя их с большими трудностями из боя. Вследствие недостатка времени для необходимой подготовки, большой утомленности войск и слабой их огневой обеспеченности контратаки и контрудары не достигали поставленных целей. Но, тем не менее они оказывали на врага большое моральное воздействие и наносили ему существенные потери.