Когда каждая из десятков последовательностей команд, которые вместе составляли сценарий всего пролета, была разработана и прошла экспертную оценку, группа управления полетом начала тестировать их на симуляторе космического аппарата NHOPS, чтобы посмотреть, будут ли они работать так, как этого ожидают. Ошибки часто находили, исправляли и в расписание вводили новые проверки на NHOPS. Группа управления полетом повторяла эти процедуры снова и снова, пока каждая из последовательностей не начинала работать абсолютно без ошибок. Для основной программы — критически важной девятидневной последовательности команд, которая указывала аппарату, как выполнять все действия во время максимального сближения, — потребовалось восемь попыток. Каждый из этих запусков основной программы на NHOPS занимал полные девять дней. Первая версия называлась V-1, вторая — V-2 и так далее. Каждый раз, обнаружив ошибки, команда переписывала содержащую их часть последовательности и запускала NHOPS снова, с чистого листа. Когда основная программа V-8 отработала без единой ошибки в течение девятидневного прогона на симуляторе, Алан отметил это, купив пару упаковок маленьких баночек с соком V-8 и вручив их каждому члену команды, чтобы они сохранили их как сувениры на память о долгой битве за безошибочную работу основной программы.

После того как этапы по исправлению ошибок прошли, главная последовательность была «окончательно утверждена» с помощью тщательно выверенного процесса «никаких изменений без скрупулезных проверок и одобрения», который называется «управление конфигурацией проекта». Это необходимо, чтобы удостовериться: любые изменения, даже самые незначительные, будут внесены в программу только после тщательных, суровых проверок. Еженедельные собрания группы под названием «Совет по контролю изменений встречи с Плутоном» (Encounter Change Control Board, ECCB) проводили, чтобы оценить требования к изменениям в основной программе и нескольких других последовательностей команд, которые будут управлять «Новыми горизонтами» с мая по июль 2015 г. Совет возглавлял Алан, в него входили главный инженер Крис Херсман, менеджер проекта Глен Фонтейн, глава группы управления полетом Элис Боуман, старший научный сотрудник проекта Хол Уивер, глава группы PEP Лесли Янг и менеджер встречи с Плутоном Марк Холдридж.

Одновременно с разработкой последовательностей команд пролета Плутона сотрудники проекта также внимательно изучали все, что может пойти не так во время встречи с Плутоном, и искали пути, с помощью которых они или космический аппарат смогут отреагировать на любую ситуацию и исправить ее. К такому способу разработки процедур в случае отказа оборудования или возникновения неисправностей прибегают во всех космических экспедициях, и он особенно важен для тех полетов, в которых есть только одна попытка выполнить цель миссии, как при пролете Плутона.

Большая часть усилий по подготовке решений потенциальных проблем легла на плечи главного инженера-системотехника Криса Херсмана. Человек чрезвычайно наблюдательный, известный своим вниманием к деталям и в подробностях знающий обо всем, связанном с аппаратом, Херсман составил план на каждый из 264 возможных отказов космического аппарата, наземных систем, а также других проблем, которые могли возникнуть. Эта обширная работа, на выполнение и претворение в жизнь которой потребовалось три года, касалась каждой стороны проекта. Херсман пошел гораздо дальше, изучив не только то, что может случиться с космическим аппаратом, но и то, что может случиться с командой или с самим центром управления полетом. Так, например, была запланирована подготовка заместителей для всех ключевых людей экспедиции на тот случай, если кто-то не сможет выполнять свои обязанности во время пролета из-за проблем со здоровьем, автомобильных аварий или по семейным обстоятельствам. Также Крис убедился, что разработаны, прошли независимую проверку и введены в повседневную практику подробные инструкции для операторов полета о том, как действовать в случае десятков различных отказов приборов космического аппарата, слишком сложных для того, чтобы автономная система управления «Новыми горизонтами» справилась с ними самостоятельно. Крис даже позаботился, чтобы в случае пожара или атаки террористов (в конце концов, в 2015 г. «Новые горизонты» будут лакомой целью) у проекта был полнофункциональный и прошедший все проверки второй ЦУП в другом конце кампуса Лаборатории прикладной физики. Каждый из 264 резервных планов Херсмана проверили инженеры проекта, которые также искали в них слабые места, а затем передали для одобрения Глену и Алану. Все это обсуждалось в течение двух десятков доскональных, многочасовых собраний, проходивших в период с 2011 до 2014 г.

Еще один этап подготовки к пролету начался с разработки плана логистики «наземной игры», где в конце концов должны были участвовать примерно 200 человек. Им в следующие несколько месяцев предстояло работать очень слаженно. Марк Холдридж, его заместитель Энди Кэллоуэй, Глен Фонтейн, заместитель Глена Питер Бидини и помощница Алана Синди Конрад взяли на себя громадную работу по созданию этого плана. Они начали с составления списка того, где именно каждый из 200 человек должен находиться, какие совещания он должен посетить, и все это было расписано на каждый день с января по июль 2015 г.

Был составлен и список всех поездок в Лабораторию прикладной физики для каждого участника пролетных операций, который не проживал в Мэриленде, и даже расписание сменной работы, чтобы определить периоды, когда каждый отдельно взятый член команды, возможно, будет страдать от недостатка сна, поскольку из-за режимов бортовой деятельности космического аппарата работать на Земле приходилось в достаточно странное время суток. Также в планирование входила оценка всех кабинетов и конференц-залов в Лаборатории прикладной физики и резервирование необходимых помещений для примерно 130 членов команды, которые приезжали в APL. Синди Конрад и ее ассистентка Райана Тедфорд планировали, кому и какие именно понадобятся бейджи для прохода в лабораторию, а также какие еще вещи будут нужны приезжим во время пребывания в Лаборатории. Они даже позаботились о наличии людей, которые смогут сбегать за едой, когда у членов команды не будет достаточно времени, чтобы сходить пообедать, и прикинули, кто из сотрудников APL живет слишком далеко и кому придется перебраться в гостиницы неподалеку, чтобы быть доступными в любое время в течение нескольких недель вокруг даты максимального сближения.

С приближением встречи с Плутоном сотрудники проекта составили планы провести репетиции и тренировки стольких аспектов пролета, сколько им позволяло время, средства и индивидуальное расписание каждого члена команды.

Главной частью этой деятельности была разработка репетиций в полете, когда в космический аппарат загружали настоящую последовательность действий во время пролета Плутона и отдавали команду выполнить ее полностью. Эти репетиции пролета происходили далеко от Земли, в пустом межпланетном пространстве, при этом «Новые горизонты» проходили через всю последовательность, чтобы убедиться: то, что сработало на симуляторе NHOPS, будет так же хорошо работать и на самом аппарате во время реального пролета.