Силы турок насчитывали около 220 галер и 66 галиотов. Общая численность команд и абордажных отрядов могла достигать 88 тыс. человек (из них около 16 тыс. в абордажных командах).

Главнокомандующим флота и армии Священной лиги был назначен дон Хуан Австрийский, внебрачный сын императора Карла V. Дону Хуану было только 26 лет, но он уже имел репутацию опытного военачальника.

Турецким флотом командовал Али-паша Муэдзинзаде, муж одной из дочерей султана Селима II.

В середине мая 1571 года к берегам Кипра подошел турецкий флот из 188 судов с 80-тысячным десантом. Флотом командовал Али-паша, а десантом – Нала Мустафа-паша. Высадка произошла 3 июля. Летом 1571 года турки осадили кипрский город Фамагусту, который 1 августа сдался, оказав упорное сопротивление. Турки, разозленные большими потерями, нарушили условия капитуляции и устроили резню в Фамагусте. С начальника гарнизона капитана Маркантонио Брагидино с живого содрали кожу. Ее набили соломой и хлопком, взвалили на корову и торжественно провезли по городу. Говорят, несчастный капитан был жив еще три дня.

Отплывая 22 сентября с Кипра, Мустафа-паша в качестве трофея прихватил с собой и кожу Маркантонио Брагидино и подарил ее Селиму II. А 10 лет спустя некий Джироламо Полидоро, один из немногих уцелевших жителей Фамагусты, выкрал кожу из стамбульского арсенала и передал ее сыновьям Брагидино.

Случай Фамагусты доказывает, что преемники Сулеймана Великолепного вели войну менее рыцарски, чем он, и не гнушались нарушать условия сдачи. Подобное поведение наносило Османской империи лишь вред, поскольку заставляло гарнизоны других осажденных крепостей сражаться до последнего человека, с сознанием, что в случае сдачи пощады не будет. Это хорошо понимал Сулейман Великолепный, но не его преемники.

В связи с подходом основных сил союзного флота турецкий флот отступил в Лепанто, где за узким проливом чувствовал себя в полной безопасности, ожидая подкреплений. Через месяц начинался сезон бурь, и союзникам пришлось бы укрыться в портах. В рамках подготовки к кампании будущего года Али-паша Муэдзин-заде, заменивший Пиале-пашу на посту командующего флотом, отправил отряд из 60 галер в Эгейское море за подкреплением и припасами. Дон Хуан только 24 августа прибыл в Мессину и вышел оттуда 15 сентября, когда Али-паша уже ждал его в Лепанто.

На рассвете 7 октября 1571 года союзный флот подходил к острову Петала. Одновременно в бухте Калидон снялись с якоря и турки, не подозревавшие о близости противника, и двинулись к выходу в открытое море. Наблюдатели союзного флота обнаружили паруса турецкого флота раньше противника, поскольку союзники шли на веслах. Дон Хуан тотчас вошел в пролив между островом Оксия и мысом Скрофа и дал сигнал «выстроить линию баталии». Турки увидели передовые суда союзников только тогда, когда те уже выходили из пролива. Флот Али-паши начал строиться в боевой порядок. Для обоих противников столкновение оказалось неожиданным. Дон Хуан полагал, что турецкий флот стоит в Лепанто, а Али-паша думал, что христианский флот стоит на якоре у острова Кефалония.

Турки, казалось, были в более выгодном положении, поскольку находились на широком плесе и могли развернуться. А флоту дона Хуана перед построением боевого порядка надо было по частям выйти из узкого прохода.

К началу боя у турок было 210 галер и 66 галиотов против 201 галеры и 6 галиотов у союзников. Но галиоты из-за своей маневренности не могли вести бой в одном строю с галерами. На турецких кораблях было только 2,5 тыс. янычар, вооруженных аркебузами, а остальные солдаты были вооружены только луками. Кроме того, на турецких галерах не было никаких приспособлений для ведения ружейного и артиллерийского огня. Через возвышенные носы галер трудно было стрелять прямо вперед. Солдаты союзников были защищены железными шлемами и кирасами, а рыцари были закованы в латы с головы до пят. Неприятельские стрелы могли угрожать им только с очень близкого расстояния. Дон Хуан приказал срезать носы галер, и на них были сделаны приспособления для устройства траверсов и щитов.

По плану боя, разработанному союзными адмиралами, боевой порядок должен был состоять из центра и двух крыльев. Флагманская галера дона Хуана находилась в середине центра, а рядом с ней стояли галеры адмирала Веньера и венецианского адмирала Марка Антонио Колонны. Сзади них должны были находиться несколько галер, предназначенных для поддержки адмиралов. Позади центра располагался резерв из 30 галер под началом маркиза Круца. Правым крылом из 58 галер командовал генуэзец Андреа Дориа, а левым из 53 галер – венецианский адмирал Барбариго. Галеасы планировали выдвинуть вперед. Обладая сильной артиллерией и большим количеством солдат, они должны были выдержать первый натиск противника и нарушить его строй, подготовив условия для атаки галер.

Центром турецкого флота командовал сам главный адмирал Али-паша, окруженный галерами своих ближайших помощников. За центром находился турецкий резерв под началом губернатора острова Хиос. Левым крылом командовал самый опытный из мусульманских адмиралов алжирский вице-король Улудж-Али, а правым крылом предводительствовал вице-король Александрии Мехмет-Сирокко.

Обнаружив противника, турки быстро убрали паруса и стали строиться в боевой порядок. Особенно сильным было левое крыло. Пользуясь его длиной, Улудж-Али надеялся охватить линию противника и, когда центр и правое крыло уже выстроились, собирался продолжить медленное движение на юг.

Союзный флот в это время выходил из пролива между островом Оксия и мысом Скрофа, по очереди, начиная с правого крыла. Дориа, шедший в авангарде, так увлекся соревнованием с Улудж-Али, что в какой-то момент оказался даже впереди него, и между правым крылом и центром обозначился опасный разрыв. При этом восемь галер из отряда Дориа под началом сицилийского капитана Кардона, бывшего перед этим в разведке, сильно отстали из-за утомления гребцов. Спешно выходило из пролива левое крыло союзного флота, а резерв был еще далеко. Отстали также более тихоходные галеасы.

В 11 часов дня, когда уже заняло свое место левое крыло, из пролива показался резерв Круца. Дон Хуан на шлюпке с поднятым в руке крестом прошел вдоль линии своих судов, воодушевляя экипажи и обещая им от имени папы отпущение всех грехов.

На союзных галерах отковывали гребцов-христиан из числа преступников и выдавали им оружие, обещая свободу в случае победы. У турок же все гребцы были христианами, и их нельзя было освобождать, поскольку они могли перейти на сторону союзников. Галеасы центра и левого крыла выходили вперед. В это время наступил полный штиль. Волнение на море улеглось.

Вернувшись на свою галеру, дон Хуан поднял сигнал о начале боя. Противники быстро шли навстречу друг другу. Огонь галеасов вызвал в турецких рядах некоторое замешательство, но Али-паша вышел вперед на своей галере, и турецкие суда устремились за ним, так что тяжелые галеасы остались далеко позади и уже не могли принять участия в первой фазе боя.

Первыми столкнулись крылья, ближайшие к берегу. Из-за незнания местности Барбариго недостаточно близко держался к отмелям. Этим воспользовался Сирокко, и галеры правого фланга полным ходом обошли христиан и напали на них с тыла. Другие турецкие галеры прорвались в промежуток между левым крылом и центром союзного флота. Барбариго оказался окруженным со всех сторон.