В конце ноября Отт получил и письмо из прокуратуры с кратким резюме данных следствия, где отмечалось: "Находящийся под подозрением Рихард Зорге в ноябре 1919 года в Гамбурге вступил в германскую коммунистическую партию…"

Зорге подчеркивал, что работал главным образом не на военную разведку, а на Коминтерн. Он утверждал, что Четвертое управление обеспечивало его работу только технически. Таким образом он стремился избежать передачи своего дела в ведение военной контрразведки.

Отт потребовал предоставить "вещественные доказательства" и отправил предоставленные японцами данные в Берлин. Уже в самый разгар скандала Отт писал Риббентропу, будто власти Японии относятся к нему по-прежнему: "Премьер-министр пригласил меня, когда я передал ему мои новогодние поздравления, на семейную встречу; его супруга по-прежнему тесно сотрудничает с моей женой в организации помощи японским солдатам. Меня, как и раньше, приглашают члены кабинета на ужины в узком кругу…". Но это была лишь дипломатическая вежливость. После разоблачения Зорге германский посол безнадежно потерял лицо в глазах японцев. А когда выяснилось, как много информации получил Зорге, а значит, и Кремль, от посла Германии и военных атташе, японские чиновники и дипломаты становились все осторожнее в контактах с немецкими коллегами. По словам главы германской Дальневосточной экономической миссии Гельмута Вольтата, Отт "пытался как можно дольше продержаться на своем посту", несмотря на явное нежелание японцев иметь с ним дело. Но Отта отозвали только через год.

23 ноября 1942 года он получил совершенно секретную телеграмму из Берлина с пометой "в собственные руки, расшифровать лично". Риббентроп писал: "По различным признакам дело Зорге вызвало в японских инстанциях сильный резонанс, последствия которого сказались на отношении этих инстанций к Вашей персоне. После глубокого изучения вопроса фюрер принял решение согласиться с моим предложением относительно изменений в руководстве посольства в Токио и отозвать Вас в ведомство внешних сношений для нового назначения. Вашим преемником избран посол в Нанкине Штамер. Прошу Вас получить для него агреман…

Ваша безопасность при возвращении в Германию… в настоящее время… не может быть гарантирована. Поэтому прошу Вас до поры оставаться в Японии в качестве частного лица. Средства, необходимые для содержания приличествующего Вам дома в подходящем для Вас спокойном месте и для поддержания материального уровня, соответствующего занимавшейся Вами до сих пор должности, будут Вам предоставлены. Само собой разумеется, что во время дальнейшего пребывания в Японии Вам следует воздерживаться от какой бы то ни было политической деятельности".

Проблема была в том, что Отта, после того, как США и Германия оказались в состоянии войны, трудно было заменить. Не было реальной возможности прислать на смену ему дипломата из Германии.

Иоахим фон Риббентроп

В конце концов Отта с января 1943 года сменил Генрих Георг Штамер, присланный в Токио еще в 1940 году в качестве специального посланника в Токио для заключения Тройственного пакта, а в октябре ставший послом Германии при марионеточном прояпонском правительстве Китая. Отт же так и остался в Китае до конца войны, поскольку у него не было никакой возможности выехать в Германию. Возможно, если бы группу Зорге разоблачили раньше, в 1940-м или в начале 1941 года, и Отт до японского нападения на Перл-Харбор успел бы вернуться в Германию, принимая во внимание его антинацистские настроения, у генерала был бы большой шанс принять участие в антигитлеровском заговоре и быть повешенным вместе с другими заговорщиками. Так что то, что Зорге продержался так долго, возможно, спасло Отту жизнь.

Когда Риббентроп предлагал Отту задержаться на Дальнем Востоке, как подразумевалось, до конца войны, он, по всей видимости, действовал с согласия Гитлера. Доставить в тот момент Отта в Германию было практически невозможно. Все страны, через которые он мог выехать из Японии, находились в состоянии войны с Германией. На морях господствовали американский и британский флот. На любом пассажирском судне Отт рано или поздно был бы арестован союзниками. Оставалось посылать за экс-послом подводную лодку, что, впрочем, тоже не гарантировало безопасности: лодку могли потопить.

Главное же, Гитлер, наверное, решил, что подводникам лучше захватить в обратный рейс побольше натурального каучука и другого дефицитного в Германии сырья, а не проштрафившегося генерала-посла. У Риббентропа и так был переизбыток высокопоставленных дипломатов, так как все больше стран разрывали дипломатические отношения с Третьим рейхом. На фронте от генерала, не имевшего современного боевого опыта, не было бы никакого толка. Вряд ли кто-нибудь рискнул бы доверить Отту командование дивизией. Оставалось пристроить его на какую-то канцелярскую должность в военном министерстве. Но за таким "специалистом" посылать подлодку было бы слишком накладно. Очевидно, то, что Отт остался на Дальнем Востоке, устраивало как его самого, так и его начальство в Берлине.

Отт переехал из Японии в Китай и оставался там до конца войны. Он был свидетелем защиты на Токийском процессе над главными японскими военными преступниками, в том числе по делу бывших послов Осима и Сиратори, но предпочел встречаться с адвокатами подсудимых в Нанкине и давать письменные показания, а не ехать на процесс самому.

Зорге был арестован 18 октября 1941 года. Но только 17 мая 1942 года министр юстиции Японии выпустил первое официальное заявление по делу Зорге — скупое сообщение с перечислением имен арестованных. В анкете в личном деле Зорге появилась фраза: "По данным НКВД, расстрелян японцами в 1942 году". Очевидно, чекисты и разведчики ориентировались на советскую практику, когда шпионов расстреливали вскоре после вынесения приговора.

В январе 1942 года прошла вторая волна арестов по делу Зорге, на основании показаний подследственных, арестованных в октябре 1941 года. Всего по делу группы Зорге было арестовано 35 человек, но привлекли к суду только 18, из которых один умер, не дожив до приговора. Дознание длилось до мая 1942 года. Следствие по деду "Рамзай" вели сначала чиновники японской тайной полиции, а затем — прокуратуры. 16 мая 1942 года официальные обвинения были предъявлены первым 7 обвиняемым: Зорге, Одзаки, Максу Клаузену, Вукеличу, Мияги, Сайондзи и Инукаи. Остальным обвинения были предъявлены позднее. В июне 1942 года дела 18 обвиняемых были направлены в Токийский окружной уголовный суд. Однако прежде чем начались судебные заседания, Зорге и остальные обвиняемые в течение полугода подвергались повторным допросам — теперь уже со стороны судей. Зорге допрашивал судья Кадзуо Накамура. Его допросы закончились 15 декабря 1942 года. Допросы остальных обвиняемых продолжались.

В "Тюремных записках", подводя итоги деятельности резидентуры, Зорге приводил примеры своих сбывшихся прогнозов: "(1) Я сначала предсказывал, что японо-китайский конфликт страшно затянется и ослабит Японию до такой степени, что ей уже не удастся восстановиться; (2) во время событий на Халхин-Голе я твердо был убежден в том, что Япония не имеет намерений развязать войну с СССР; (3) а летом 1941 г. выдвинул версию о том, что общая мобилизация в Японии не направлена в первую очередь против СССР".