Сменивший Альбу в качестве наместника Нидерландов дон Луи Рекезенс смог навербовать в Германии 8 тысяч наемников, командование которыми принял дон Санчо д’Авила. Это войско должно было помешать соединению отрядов Людовика Нассауского и Вильгельма Оранского и не допустить вторжения войск Людовика в Брабант. 14 апреля Людовик был разгромлен у деревни Моок к югу от Нимвегена и погиб. После разгрома и гибели брата принц Оранский вынужден был покинуть Нидерланды. Однако и Авила не смог воспользоваться результатами победы, ибо уже 15 мая в его войске начался мятеж. Испанская казна была пуста, и жалованье солдатам не выплачивалось.

Вскоре голландский флот одержал победу над испанским у Антверпена, после чего испанцам пришлось снять, наконец, осаду Лейдена.

В 1576 году после смерти Рекезенса наместником Нидерландов стал дон Хуан Австрийский. К тому времени партизанская война охватила и южную часть страны. В городах Брабанта и Фландрии возникли «комитеты восемнадцати» – не подчинявшиеся испанской власти органы самоуправления. На помощь оранжистам (так называли сторонников Вильгельма Оранского) были переброшены 6 тысяч английских солдат. Однако почти все они в составе нидерландского войска были уничтожены армией дона Хуана, которой руководил герцог Пармский Александр Фарнезе, в январе 1578 года в битве при Жамблу.

У испанцев было 18 тысяч пехоты, 2 тысячи всадников и сильная артиллерия. Голландская армия насчитывала 20 тысяч пехоты со слабой артиллерией и совсем не имела кавалерии. Испанская конница внезапно атаковала голландский арьергард, а затем обрушилась и на главные силы. После разгрома при Жамблу принц Оранский бежал из Брюсселя в Антверпен. В том же году Александр Фарнезе сменил дона Хуана в качестве наместника Нидерландов. Победа под Жамблу обеспечила сохранение контроля Испании над южными Нидерландами, но не могла помешать северным Нидерландам год спустя, в январе 1579-го, подписать Утрехтскую унию, что фактически означало создание независимого государства – Соединенных провинций. В 1581 году независимость Нидерландов была провозглашена уже формально.

В 1582 году в южных Нидерландах с большой испанско-итальянской армией появился Александр Фарнезе, герцог Пармский. Он брал занятые противниками испанской короны города измором, перекрывая навигацию по близлежащим рекам и терпеливо дожидаясь, когда голод заставит осажденных сдаться. В январе 1583 года Фарнезе осадил Ипр, в мае взял Дист и Сихэм, а 5 июня – замок Вестерлоо. Тем временем испанские войска под командованием Ла Мотта, Монтиньи и Мондрагона изгнали из Дюнкерка союзные голландцам французские войска, которыми командовал герцог Анжуйский, и 16 июля овладели городом. Вильгельм Оранский вместе с Генеральными штатами бежал из Антверпена и укрылся в Голландии.

В марте 1584 года испанцам сдался Брюгге, где за 8 месяцев осады 40 тысяч жителей умерло с голоду, а в апреле его примеру последовал Ипр. В сентябре капитулировал Гент, одна из твердынь кальвинистов. За несколько дней до этого от рук подосланного испанцами убийцы погиб Вильгельм Оранский.

Генеральные штаты предложили нидерландскую корону французскому королю Генриху III, но тот, опасаясь нападения Испании и войск Католической лиги, в марте 1585 года это предложение отверг. Тогда штатгальтером (правителем) Соединенных провинций стал сын Вильгельма Оранского Мориц. Он вновь обратился за помощью к английской королеве Елизавете. В Нидерланды прибыл 7-тысячный британский экспедиционный корпус во главе с графом Лейстером. Однако тот вскоре поднял мятеж против королевы, который голландские войска подавили лишь с большим трудом.

Тем временем испанцам 25 февраля 1585 года сдался Брюссель, а 17 августа – Антверпен. Местные кальвинисты в течение четырех лет должны были принять решение либо о переходе в католичество, либо об эмиграции. Однако испанцы не смогли овладеть Голландией, жители которой отвергали католицизм, а сама страна представляла собой естественную крепость, будучи изрезана устьями рек и каналами.

Интервенция Англии побудила короля Филиппа отправить флот с десантом к Британским островам, однако гибель «Непобедимой армады» в бурю в 1588 году сорвала операцию. Нидерландской армии, после смерти талантливого полководца Александра Фарнезе, последовавшей в 1592 году, удалось в том же году нанести испанцам поражения при Кевердене, а затем при Торнгуте в 1597 году и при Ньюпорте в 1600 году.

Сражению при Ньюпорте предшествовало вторжение 20-тысячной армии Морица Оранского во Фландрию. 21 июня 1600 года она высадилась в форте Филиппин, а затем совместно с флотом осадила Ньюпорт. Для деблокады города из Антверпена двинулся наместник Нидерландов эрцгерцог Альберт с 10 тысячами пехоты и 1,5 тысячами кавалерии. Мориц двинулся ему навстречу. Обе армии сошлись 2 июля на дороге к Остенде. Мориц выслал к Лессингену 19 рот пехоты и 4 корнета конницы с 2 орудиями, но этот был разбит испанцами и отброшен к форту Альберт. Пока шел бой, Мориц успел переправить через канал Остенде главные силы армии. Корабли голландского флота должны были огнем артиллерии не допустить противника к отлогому морскому берегу, по которому можно было обойти армию Морица.

Бой начался с столкновения передовых отрядов конницы, в котором испанцы одержали верх. Испанская пехота попыталась обойти голландцев по прибрежной полосе, но огонь корабельных пушек и начавшийся прилив воспрепятствовали этому. Тогда Альберт приказал осуществлявшему обход отряду вернуться обратно. В это время Мориц атаковал неприятельский авангард, а затем в сражение оказались втянуты главные силы обеих армий. Успех клонился на сторону испанцев, когда Мориц бросил в бой конницу и пехоту арьергарда. Испанцы, которые ввели в сражение уже все свои силы, не выдержали удара и отступили.

Огонь полевой и корабельной артиллерии расстроил ряды испанской пехоты, обратившейся в бегство. Армия Альберта потеряла более 3 тысяч убитыми и ранеными. Потери нидерландской армии составили около двух с половиной тысяч человек. Мориц не воспользовался победой, а погрузился на суда и отплыл в Голландию.

После боя при Ньюпорте война продолжалась с переменным успехом. Как попытки голландцев завоевать южные Нидерланды, так и стремление испанцев восстановить контроль над южными Нидерландами окончились безрезультатно. В сентябре 1604 года испанский полководец Амброзий Спинола после трехлетней осады овладел крепостью Остенде. Однако сил для оккупации Голландии у него не хватило. Испания больше не в состоянии была выплачивать армии в Нидерландах 300 тысяч экю в месяц, а средств одной только Бельгии не хватало на содержание необходимого количества наемных войск. В ходе кампании 1606 года Спиноле удалось захватить и удержать за собой, несмотря на мятеж двух тысяч оставшихся без жалованья солдат, важные голландские крепости Рейнберг и Гролль.

В апреле 1607 года было заключено 6-месячное перемирие, после чего активные боевые действия больше не возобновлялись. 9 апреля 1609 года в Гааге Испания и республика Соединенных провинций при посредничестве Франции, которая надеялась тем самым избавиться от выплат обременительных субсидий голландцам, заключили перемирие на 12 лет. Испанский король признал независимость северных Нидерландов, но удержал за собой более богатые южные области страны со столицей Брюсселем и крупнейшим портом Антверпеном. Окончательно же Испания признала независимость Нидерландов по Мюнстерскому миру 1648 года.