Именно в «английском вопросе» интересы и предпочтения правителя Бориса Годунова напрямую сталкивались с противодействием Андрея Щелкалова. В записках и письмах Джерома Горсея много говорится о кознях «Шалкана» в отношении Московской торговой компании, в том числе и в отношении самого мемуариста. Возможно, прозвище дьяка было подслушано Горсеем у русских людей, использовавших созвучие фамилии Щелкалова с именем Щелкана (Чол-хана) — одного из татарских разорителей Руси, убитого в Твери во время восстания в 1327 году. Так что сравнение было явно невыгодное и «говорящее» об устремлениях приказного дельца. Горсей называл Андрея Щелкалова «лукавейшим из всех живших скифов» и описал случай, когда тот внес невыгодные для Горсея дополнения в письма английской королеве Елизавете без ведома «правителя» Бориса Годунова. Это раскрылось на заседании Боярской думы, где рассматривалось «дело Горсея», обвиненного собственным слугой (по проискам Щелкалова) в «непригожих» речах о царе Федоре Ивановиче. Английская «история» не раз сказывалась в отношениях Годунова и Щелкалова, что было заметно даже иностранным послам. Один из них, Николай Варкоч, в 1589 году писал, что канцлер Щелкалов вышел из доверия правителя Бориса Годунова[430].

Борис Годунов долго терпел присутствие рядом с собой во власти Андрея Щелкалова, но, когда ему это оказалось выгодно, отправил его в отставку. Это произошло в 1594 году. Историкам точно не известны причины прекращения выдающейся служебной карьеры Андрея Щелкалова[431]. Возможно, что его отставка, случившаяся вскоре после смерти единственной дочери царя Федора Ивановича Феодосии, открыла новый раунд борьбы «не на живот, а на смерть» за будущее московской царской короны. Действительно, в этот момент должны были возобновиться разговоры о судьбе династии Рюриковичей. Возможно, дьяк неосторожно обнаружил свои предпочтения, которые шли вразрез с планами Бориса Годунова. А он мог простить многое, кроме попыток отобрать у него власть. Щелкалов, близкий сторонник Романовых, стоявший в центре управления делами государства, стал Годунову не угоден. А может быть, дело объяснялось проще, и справедливо предположение А. А. Зимина о том, что причиной отставки «большого дьяка», работавшего, по отзыву еще одного иностранного мемуариста Исаака Массы, как «безгласный мул», стала старость[432]. В любом случае, уход Щелкалова с должности главы Посольского приказа — того самого, где хранился царский архив, сосредоточивались нити управления не только внешней политикой, но и сбором доходов, — был заметным событием. Теперь кто-то другой должен был получить «ключи» ко всем вековым тайнам московского великокняжеского дома.

Отставка одного из братьев Щелкаловых дана новый повод недоброжелателям Годунова укорять правителя в неблагодарности. Под руководством Андрея Щелкалова начинали свою приказную службу многие в будущем заметные дьяки, получавшие думный чин. Конечно, они всегда хранили память о своем «патроне», правда, память эта была далеко не однозначной. Дьяк Иван Тимофеев, автор «Временника», озвучивая общие представления приказных людей, писал, что Щелкалов был «наставником и учителем» Годунова в «злокозненных» делах. Андрей Щелкалов у Тимофеева — «древний муж», «цветущий глубочайшими сединами старец», который «был приближен к государственным тайнам», но он же наставлял Годунова, как тому, двигаясь по ступеням чинов, «одолевать благородных». Иван Тимофеев писал, что без Щелкалова «ни одна правителей тайна, ни одно постановление, связанное с установлением законов по управлению землей, не совершались»[433].

Устранение от дел прежнего «канцлера» было смягчено назначением в Посольский приказ его брата Василия. Борис Годунов сделал передачу власти в Посольском приказе плавной, от брата к брату, хотя самим Щелкаловым изменение их участи таковым не показалось. Нашлось много людей, которые решили, что пришло время поквитаться за прежние дела. Однако Андрей Щелкалов смог спокойно дожить свои дни; умер он в 1597 или 1599 году. Василий Щелкалов до своего назначения в Посольский приказ ведал делами Разряда. Но он явно не обладал способностями брата и не имел такого влияния на дела. Тем, вероятно, и был угоден Годунову.

К приказной «гвардии» Бориса Годунова, служившей по двадцать и больше лет в своих ведомствах, относился незаменимый «финансист», дьяк Дружина Петелин; он служил в Казанском дворце и Приказе Большого прихода. Роль главного финансового ведомства английский автор «Писаных законов» характеризует следующим образом: «Большой приход (Bolshoi prekhode) или Большое [ведомство] государственных сборов (gret revenew) получает пошлины со всех больших и рядовых городов, сборы из всех ведомств, а также излишки поборов (Tributes) из четвертных ведомств (the offices of the provences), дает корм (allowances) послам и чужеземцам и платит жалованье тем солдатам, которых государь берет на службу». Дьяком Разрядного приказа долгое время был Сапун Тимофеевич Аврамов. В «Писаных законах» читаем о нем и о главном военном ведомстве: «Разряд (Raizrade), маршал или констебль Сапун Аврамов (Sapowne Abramove), дьяк или секретарь совета и государства (secretary of counsell and state)… Он [С. Аврамов] заведует всей знатью и джентри страны, которые ежегодно все призываются на военную службу или для управления дома и непрестанно переводятся из одного места в другое на второй или третий год. У него также [в управлении] четь страны». Наконец, еще одному близкому к Годунову человеку, известному нам угличскому следователю Елизарию Вылузгину, были поручены дела о земельных владениях: «Поместный приказ (Pomestnoi prikaze), в нем дьяк Елизарий Вылузгин (Yelezarie Veilowzgyne)… Этот секретарь совета и государства (secretary of counsell and state) учитывает все поместья (free holdes) государя, жалуемые его знати и джентри для поддержки существования дома и на войне. Боярину полагается иметь тысячу акров, дворянину (the Dvoranine) — шесть[сот] акров, и сыну боярскому (the sin boyarskie) — три сотни. За это они обязаны служить лично в походе или где-нибудь еще в управлении [и выставлять] двух или более всадников с каждой сотни акров [в случае войны] против их вечного врага крымских татар или другого [неприятеля]. Вотчины и монастырские земли (inheritances and monasteries lands) также обязаны посылать в поход в соответствии с этим верстанием (rate). Он [Е. Вылузгин] решает все споры об их владениях и нарушителях границ… У него [в подчинении] четь страны»[434]. А. А. Зимин, отдавая должное этим специалистам приказного аппарата, справедливо писал, что Борису Годунову удалось привлечь к правительственной деятельности по-настоящему «выдающихся администраторов»[435]. Новейший исследователь истории московских приказов Д. В. Лисейцев пришел к выводу о том, что «окончательное оформление ядра приказной системы приходится на конец XVI века и связано с правительственной деятельностью Бориса Годунова». Основными вехами годуновской административной реформы стали оформление системы судных приказов и создание после 1595 года новой финансовой системы, связанной с обособлением четвертных приказов от других ведомств[436].