Большое значение для укрепления независимости инквизиции имело то, что после смерти Фердинанда контроль над ее финансовой деятельностью перешел от короля к великому инквизитору или Супреме. Чиновники, которые заведовали конфискацией и сбором штрафов, были ответственны теперь перед инквизицией, а не государством. Правда, формально деньги, бывшие в распоряжении трибуналов, принадлежали королевской казне, и денежные ордеры выписывались от имени короля, но на деле инквизиция распоряжалась ими по собственному усмотрению. Попытка государства вернуть контроль над средствами трибуналов окончилась неудачей. Инквизиция успешно справилась с этим, предоставив неверные сведения о поступавших ей деньгах; более того, позже в инструкциях, данных трибуналам в 1561 году, говорилось о необходимости держать короля в неведении относительно их доходов и расходов. Только во время войны за Испанское наследство, когда финансы Супремы сильно пошатнулись и она обратилась за поддержкой к королю, Филипп V, удовлетворив ее ходатайство, установил в 1703 году более или менее тщательный надзор над тем, как инквизиция получает и тратит деньги. Надзор этот в главных чертах сохранился до конца существования инквизиции.

Инквизиция, согласно данным ей при учреждении привилегиям, не была подсудна светскому суду. Все, что имело какое-либо касательство к ней, могло рассматриваться исключительно инквизиционными трибуналами, деятельность которых, все более и более расширяясь, неизбежно приходила в столкновение с обычными светскими судами. Недовольные трибуналами порой обращались за помощью к королю, но это, во-первых, редко приводило к существенным результатам, а во-вторых, считалось ненормальным и не одобрялось самой королевской властью. Неподсудность инквизиции, по ее мнению, не была даром, а явилась результатом соглашения между королем и великим инквизитором. Вначале предполагалось, что привилегия эта касается лишь вопросов религии и ереси, но вскоре инквизиция явочным порядком распространила ее на уголовные и гражданские дела. В начале XVII века великий инквизитор Портокарреро утверждал, что судебная власть инквизиции предоставлена ей Богом; следовательно, решения инквизиционных трибуналов, касающиеся любых, в том числе светских дел, не могут быть подвергнуты ревизии королем и подлежат контролю лишь со стороны духовной власти, то есть Супремы, великого инквизитора или папы. 31 марта 1646 года Супрема заявила Филиппу IV, что гражданская и политическая юрисдикция ниже духовной, которой король ни в чем не может перечить. Королевские прерогативы ведут происхождение от человеческого закона, инквизиция же получила власть от святого престола, и, значит, ее сила в конечном итоге имеет божественное происхождение, поэтому ее не могут ограничивать человеческие законы. Если король под предлогом того, что он глава судебного ведомства, будет нарушать эти принципы, он навлечет на себя и на всю страну большие бедствия, которые лягут тяжелым бременем на его совесть.

15 октября 1633 года Филипп IV отправил Супреме послание, где просил ее выработать систему наказаний для инквизиторов, которые не повинуются королю. Выглядело это в лучшем случае наивно. Неудивительно, что Супрема ответила ему, что не находит в действиях инквизиции какого-либо нарушения интересов монархии. Что же касается королевских распоряжений, которые остаются без внимания, то это имеет место лишь в тех случаях, если король плохо осведомлен о положении дел и отдает приказания, противоречащие справедливости. Поэтому Супрема просит короля впредь совещаться с ней накануне опубликования закона для того, чтобы он был справедлив и инквизиторы могли с чистой совестью его исполнять. Филиппу ничего не оставалось, как склониться перед твердой волей инквизиции.

Не только члены инквизиционных трибуналов, но даже их слуги пользовались разнообразными привилегиями, в том числе личной неприкосновенностью. Около 1540 году мурсийский коррехидор обидел прислугу курьера трибунала и был за это приговорен к слушанию в церкви мессы в качестве кающегося грешника. В 1564 году перед барселонским трибуналом предстал Михаил Бонет, побивший лакея какого-то не самого важного служащего инквизиции. В Мурсии случилась драка между слугой инквизитора и мясником Себастьяном Гальего. Мясник был подвергнут суду инквизиции и приговорен к изгнанию из города. Если так страдали лица, чем-то обидевшие прислугу, то легко предположить, какие кары постигали тех, кто имел несчастье как-либо досадить инквизиторам или членам трибунала.

Инквизиция никогда не прощала нанесенного ей оскорбления, причем особенно сильно преследовала крупных чиновников, вставших у нее на пути или просто не оказавших ей должной помощи: в этом случае она опиралась на королевские грамоты, требовавшие безусловного ей повиновения. Ряду унижений за «нарушение королевского слова» были подвергнуты вице-король Валенсии в 1488 году, вице-король Сардинии в 1498 году, губернатор Беналкасара и кордовский судья в 1500 году, кордовский коррехидор в 1503 году, коррехидор Логроньо в 1516 году, майоркский королевский наместник в 1531 году, вице-короли Сицилии и Каталонии в 1540-х годах, главный алькальд Арнедо в 1553 году, гражданский губернатор Барселоны в 1569 году, арагонские депутаты в 1571 году и т.д. Самой популярной мерой инквизиции было принуждение к покаянию, а к наиболее упорствующим в своих заблуждениях применяли отлучение от церкви и заключение в тюрьму.

Лишь в редких случаях инквизиторы получали отпор. В 1598 году была устроена процессия в Севилье, во главе которой шли члены высшего королевского суда; инквизиторы нашли это обидным для себя и потребовали уступить им первые ряды. Судьи отказались и тут же были отлучены инквизиторами от церкви. В дело вмешался Филипп III: он приказал снять анафему с судей и призвал севильских инквизиторов в Мадрид, сделав его для них своего рода местом ссылки, а затем издал эдикт, в силу которого инквизиторы могли требовать для себя наиболее почетные места лишь в процессиях на аутодафе.

В 1622 году в городе Лорка, входящем в округ Мурсии, инквизиторы вступили в спор с местным судьей, отлучили его от церкви и вынесли постановление арестовать его, потребовав от мурсийского коррехидора Тореса привести это решение в исполнение. Торес отказался от повиновения. Тогда инквизиторы отлучили от церкви и его, а заодно и всю Мурсию, поскольку горожане поддержали коррехидора. Это было сделано без ведома местного епископа Трехо, и он, отстаивая свои полномочия, не замедлил заявить, что инквизиторы не имели права налагать интердикт на город и, следовательно, он не имеет силы. В свою очередь великий инквизитор Пачеко осудил Трехо и наложил на него штраф в размере 8000 дукатов. Мало того, Трехо под страхом нового штрафа велено было явиться в Мадрид и оправдаться в своем поведении. Пока епископ раздумывал, как поступить, мурсийские инквизиторы арестовали местного священника, отказавшегося подчиниться интердикту на том основании, что епископ ничего ему не говорил о нем. И только вмешательство короля Филиппа IV, который взял под свою защиту епископа, успокоило конфликт, вернув все его стороны на исходные позиции.

В 1630 году вальядолидский епископ решил устроить по какому-то поводу особенно торжественное богослужение в главной церкви города. Одновременно инквизиция Вальядолида задумала провозгласить в этот же день вероисповедный эдикт, что исключало проведение торжественной мессы. Возник спор, жертвами которого стали каноник Милан и певчий Ниньо, оказавшиеся в инквизиционной тюрьме лишь за то, что исполняли поручение епископа. Дело и на этот раз дошло до короля Филиппа IV, и, похоже, он воспользовался им как поводом, чтобы навести порядок в этом вопросе. Под его давлением инквизиция вынуждена была пойти на конкордию[10], которая ограничивала право инквизиторов отлучать от церкви неугодных им людей. Конкордия эта порой оставалась на бумаге, и в 1634 году совет Кастилии горько жаловался королю на действия инквизиции: «Многие злоупотребления исчезли бы, если бы ваше величество соизволило запретить инквизиции путем отлучения пользоваться властью, предоставленной лишь королевской юрисдикции... Мы просим держать инквизиторов в пределах действительно данной им власти; это принесет громадную пользу и положит конец тому нестерпимому состоянию, в котором находятся подданные вашего величества. Они перестанут тогда бояться отлучения, которое лишает их энергии в деле защиты интересов короны и которое нередко продолжает лежать на них даже после того, как ваше величество приказывает снять его». Да и в дальнейшем было немало случаев отлучения от церкви лиц, чем-либо не угодивших инквизиции. Например, в 1639 году инквизиторы Льерены наказали таким образом кастильского советника Антония Вальдеса, который посчитал, что инквизиционный трибунал должен платить налоги наравне со всеми. Пришлось снова вмешиваться королю и напоминать инквизиции о конкордии, чтобы отлучение было снято.