Министр внутренних дел А. Юрима распорядился на девять дней прекратить торговлю алкогольными напитками в приграничной полосе, а также на расстоянии 5 километров в обе стороны от шоссейных и железных дорог, по которым будут двигаться красные полки.

Советский наркомвнудел товарищ Берия, озабоченный политико-моральным состоянием военнослужащих и прогнозируемыми поползновениями иностранных разведок внедриться в части РККА в шпионских целях, специальной директивой «об оперативном обслуживании» приказал особистам тщательно проверить сеть стукачей в воинских частях «с точки зрения полного и равномерного охвата всех звеньев воинских соединений — от штабов до отдельных подразделений»; для работы с ней создать «крепкий кадр резидентов».

Как-то так совпало, совершенно случайно, что именно в начале октября Гитлер выступил в рейхстаге с речью, в которой объявил, что Германия приступает к ликвидации групп немецких национальных меньшинств в Восточной и Юго-Восточной Европе. Рейхсканцлер призвал «лиц немецкой национальности», проживавших в Прибалтике, возвращаться в Фатерлянд и включаться в строительство арийского рая. При этом германские, советские и прибалтийские официальные круги в трогательном согласии старались уверить весь мир, что между вывозом немцев на родину и договорами о взаимопомощи нет абсолютно никакой связи, а наличествует лишь стремление «к установлению четких национальных границ» и защите народов от расовых и национальных «трений».

В 8 часов утра 18 октября 1939 года после взаимных приветствий, исполнения гимнов и орудийных салютов в назначенных пунктах перехода границы с двух направлений, со стороны Нарвы и Печоры, начался ввод частей Красной Армии в Эстонию. В страну в порядке взаимопомощи входили подразделения 65-го особого стрелкового корпуса под командованием комдива A.A. Тюрина и Особой группы ВВС общей численностью 21 347 человек, 78 орудий, 283 танка, 54 бронеавтомобиля и 255 самолетов. Операция протекала в целом гладко.

Как докладывало командование пограничных войск: «Во время продвижения частей РККА в Эстонию трудящееся население сопредельной пограничной полосы прорывалось к дороге через полицейское и войсковое оцепление. Проходившие части РККА приветствовались возгласами: «Вот наша армия приехала». Кулацкие и прочие буржуазно-реакционные элементы пограничной полосы проявляли враждебное отношение к СССР и прибывшим в Эстонию частям». Но в целом операция протекала без эксцессов.

Аналогичным образом занимали «комнату» в латышской «квартире». Председателем комиссии Красной Армии был назначен командующий войсками Калининского военного округа комкор В.И. Болдин. К 23 октября военные выработали ряд соглашений по размещению советских войск, пунктами базирования которых становились Лиепая, Вентспилс, Приекуле и Питрагс. В этой день в Лиепаю вошел крейсер «Киров» в сопровождении эсминцев «Сметливый» и «Стремительный». В 11 часов утра 29 сентября на станцию Зилупе прибыл первый эшелон советских войск. В Латвию вводились части 2-го особого стрелкового корпуса и 18-й авиабригады, в которых насчитывалось 21 559 человек.

Военную комиссию на переговорах с Литвой возглавлял командующий войсками Белорусского фронта командарм 2-го ранга М.П. Ковалев, членами комиссии были комкоры Пуркаев и Павлов, комдивы Алексеев и Коробков, бригадный комиссар Николаев. Советская делегация намеревалась вести переговоры о размещении войск в Вильнюсе, Каунасе, Шауляе, Укмерге и Алитусе, но литовская сторона категорически отказалась обсуждать такую дислокацию советских войск, предлагая разместить гарнизоны ближе к германской границе. Переговоры с Литвой завершились 28 октября подписанием соглашения о размещении советских войск в районах Новая Вилейка, Алитус, Приенай, Гайжуны. ВВС должны были разместиться в Алитусе и Гайжунах и, кроме того, получить ряд оперативных аэродромов. Войска, расположенные в Новой Вилейке и Порубанке, считались уже введенными, а остальные должны были быть введены 3 ноября. Тем временем литовская армия вступила в Виленскую область, а советские пограничные отряды отошли на новую советско-литовскую границу.

Официальная церемония ввода в Литву советских войск состоялась утром 15 ноября в Вильнюсе. Она носила символический характер, поскольку советские войска уже фактически находились здесь с 20 сентября. К 17 ноября большая часть войск была выведена из Вильнюса в места постоянной дислокации. В Литве разместились части 16-го особого стрелкового корпуса, в их числе 2-я танковая бригада БТ, 10-й истребительный и 31-й авиаполк СБ общей численностью 18 786 человек.

Общее руководство всеми советскими войсками в Прибалтике согласно приказу наркома обороны от 27 ноября было возложено на его заместителя командарма 2-го ранга А.Д. Локтионова.

Ввод частей Красной Армии в Прибалтику породил у некоторых слоев местного населения радикальные «советизаторские» настроения, которые в определенной степени нашли отклик у советских военных и дипломатов. Однако Москва, не желая обострять отношения с Англией и Францией и готовясь сделать столь же неотразимые предложения Финляндии, демонстрировала свое полное невмешательство во внутренние дела прибалтийских стран. Поэтому все инициативы романтиков революции, в общем-то, правильные, но преждевременные, а потому вредные, вызывали резко отрицательную реакцию советского руководства. Так, 14 октября Молотов указывал полпреду в Каунасе Н.Г. Позднякову: «Всякие заигрывания и общения с левыми кругами прекратите». 21 октября нарком иностранных дел еще раз напомнил, что «малейшая попытка кого-либо из вас вмешаться во внутренние дела Литвы повлечет строжайшую кару на виновного… Следует отбросить как провокационную и вредную болтовню о «советизации» Литвы». 20 октября недовольство Кремля вызвало недомыслие корреспондента ТАСС в Таллине, своими статьями игравшего «на руку всяким антисоветским провокаторам», и полпред Никитин получил указание давать твердый отпор «вредным настроениям», которые можно истолковать как намерение «советизировать» Эстонию. 23 октября Никитин вновь получил от Молотова по шапке: «Нашей политики в Эстонии в связи с советско-эстонским Пактом о взаимопомощи Вы не поняли. Из Ваших последних шифровок… видно, что Вас ветром понесло по линии настроений «советизации» Эстонии, что в корне противоречит нашей политике. Вы обязаны, наконец, понять, что всякое поощрение этих настроений насчет «советизации» Эстонии или даже простое непротивление этим настроениям на руку нашим врагам и антисоветским провокаторам… Главное, о чем Вы должны помнить, — это не допускать никакого вмешательства в дела Эстонии».

Командования 65-го, 2-го и 16-го особых стрелковых корпусов 25 октября получили приказы наркома обороны «О поведении личного состава воинских частёй Красной Армии, расположенных в…».

Согласно приказам «авангардный заслон» РККА на территориях дружественных республик должен был заниматься исключительно боевой подготовкой, демонстрировать аборигенам свои высокие морально-политические качества и являть собой образец организованности, культурности и дисциплинированности. Советским войскам, «от рядового красноармейца до высшего начсостава», категорически запрещалось вмешиваться «в политические дела и социальный строй» Эстонии, Латвии и Литвы, а «настроения и разговоры о «советизации», если бы они имели место среди военнослужащих», предписывалось «в корне ликвидировать и впредь пресекать самым беспощадным образом». Ведение коммунистической пропаганды за забором воинской части, «хотя бы среди отдельных лиц», расценивалось как антисоветская провокация, играющая на руку лишь злейшим врагам социализма. Всемерно ограничивались контакты военнослужащих с местным населением.