После Сумгаита начались погромы и массовые убийства армян в удаленных на сотни километров от НКАО городах Азербайджана — Баку, Кировабаде, Шамхоре, затем по всему Азербайджану, в результате которых сотни людей погибли и были ранены. Около 450 тысяч армян из городов и сел Азербайджана и Нагорного Карабаха стали беженцами.

В течение 1989 года в Баку не прекращались периодические отдельные нападения на армян, избиения и убийства, погромы отдельных квартир, выселения из квартир. Точной статистики не велось, уголовные дела «спускались на тормозах», но известно, что в течение года случаи убийств армян исчислялись десятками.

Всплеск уличных нападений на армян и убийств приходится на август-сентябрь и декабрь 1989 года. Люди продолжали уезжать, и к январю 1990 года в Баку, по приблизительным данным, оставалось около 30–35 тысяч армян, большинство из них — пожилые люди, которые не могли или не желали уезжать.

К 12–13 января 1990 года армянские погромы в Баку приобрели организованный и массовый характер. 13 января после 17 часов толпа из примерно 50 тысяч человек, вышедшая с митинга на площади Ленина, разделившись на группы, стала методично, дом за домом, «очищать» город от армян.

Существует множество свидетельств о совершенных с исключительной жестокостью зверствах и убийствах. Армян выбрасывали из окон, забивали железными прутьями и ножами, насиловали женщин, многих сжигали заживо. Беженцы рассказывали, что существовала четкая схема осуществления насилия: группа погромщиков, ворвавшись по указанным адресам в квартиры армян, начинала избиение и насильственные действия.

Затем следовал визит членов НФА с так называемыми законно оформленными документами в квартиру. Погромщики предлагали армянину, владельцу квартиры, для спасения своей жизни немедленно отправиться в порт. Очевидцы свидетельствуют, что как только армянского жильца выдворяли из его дома, сразу же появлялся новый хозяин с официальным ордером в руках. Армянам позволяли брать с собой только то, что они могли унести с собой. Остальное имущество, документы на дом, ценные вещи, даже книжки сберегательной кассы конфисковывались.

Во время трагических событий 1990 года в Баку на улицах, рабочих местах, в домах, в общественном транспорте сотни армян были подвергнуты избиениям и получили тяжелые телесные повреждения. Большая часть депортированных были стариками, многие из которых, не выдержав жестоких побоев, унижений, огромных душевных потрясений, умерли по дороге или сразу после прибытия в больницы. Беженцы, добравшиеся на пароме до города Красноводска Туркменской ССР, самолетами были перевезены в Ереван. Это были избитые, в повязках старики.

Волна насилия и армянских погромов перекинулась затем на русское население Баку, в частности на семьи военнослужащих, среди которых также были жертвы и множество раненых.

15 января в Баку погромы и нападения продолжались. При этом руководство СССР не вмешивалось в эти события, хотя в городе было достаточно подразделений министерства обороны и внутренних войск МВД СССР, которые могли бы быстро и решительно навести порядок. Серьезность положения диктовала необходимость введения комендантского часа для восстановления порядка, однако центральные власти медлили.

Убийства и грабежи продолжались вплоть до 20 января, когда был дан приказ войти в город. Для сохранения в Баку советской власти М. Горбачев подписал указ о введении чрезвычайного положения. Исполнение указа было возложено на командующего воздушно-десантной дивизией Александра Лебедя. После ввода войск было оказано сопротивление, в результате которого погибли около 150 азербайджанцев, а также солдаты и случайные прохожие.

Точное число жертв армянских погромов, организованных в Баку, еще не установлено. По всей видимости, оно превышает 400 человек. Исследование произошедших в Баку событий усложняется также распространением беженцев по всей территории бывшего СССР и невозможностью опроса всех пострадавших.

Фактически, в Баку повторился сумгаитский сценарий: многочисленные митинги, пропаганда ненависти, использование азербайджанцев — беженцев из Армении как зачинщиков столкновений, предварительный отбор квартир, бездействие правоохранительных органов, а также зверские действия по отношению к беспомощным старикам, женщинам и детям. Но масштаб произошедшего в Баку был несравнимо бо́льшим.

Погромы в Баку нашли отражение в ряде европейских и американских СМИ. 18 января группа американских сенаторов направила совместное письмо М. Горбачеву, в котором выразила беспокойство по поводу армянских погромов в Баку.

29 марта 1990 года было проведено закрытое заседание Верховного Совета СССР, посвященное произошедшим в Баку событиям. Азербайджанская делегация потребовала создать комиссию для расследования подробностей введения войск в Баку и оценки их действий. В ответ на это министр обороны Д. Язов, министр внутренних дел В. Бакатин, глава КГБ В. Крючков рассказали присутствующим подробности погромов, представив такие сведения о резне, которые не были отражены в прессе. Ускорившийся процесс распада СССР помешал доведению до конца расследования бакинского дела.

Погромы армян в январе 1990 года были осуждены также Европарламентом и Конгрессом США. Последствием ужасных событий являются сотни тысяч беженцев, а также сотни убитых и подвергнутых пыткам и, конечно же, превращение территориального конфликта вокруг НКАО в этнический.

12 января 1989 года Президиум Верховного Совета СССР своим Указом «О введении особой формы управления в Нагорно-Карабахской автономной области Азербайджанской ССР» с 20 января 1989 года ввел особую форму управления при сохранении статуса Нагорного Карабаха как автономной области в составе Азербайджанской ССР, были приостановлены полномочия Совета народных депутатов Нагорно-Карабахской автономной области и его исполнительного комитета, был создан Комитет особого управления Нагорно-Карабахской автономной областью, подчиненный непосредственно высшим органам государственной власти и управления Союза ССР и обладающий всеми полномочиями Совета народных депутатов Нагорно-Карабахской автономной области и его исполнительного комитета. Этим указом впервые в истории СССР было установлено прямое управление из Москвы.

Пост внутренних войск, Карабах, 1988 г. (из архива В. Солдатова)

Только такими колоннами перемещались по Нагорному Карабаху в 1988–1991 гг. (из архива В. Солдатова)

В период существования Комитета особого управления Нагорным Карабахом (КОУНК, председатель А. И. Вольский) в Нагорно-Карабахской автономной области использовались государственные герб и флаг Союза ССР.