Проверка лояльности КПА велась с июля 1943 г. по апрель 1946 г., до момента, когда КПА был демобилизован из ВВС КБФ в запас. В связи с малозначительностью оперативных материалов проверка была прекращена[332].

Всего за период Великой Отечественной войны контрразведчики КБФ предоставили командованию и Военному совету флота 603 специальных сообщения и справки по различным вопросам, в том числе 17 — о недостатках в организации обороны и проведения боевых действий; 111 — о недостатках организации службы в частях и соединениях КБФ; 21 — об авариях и выводе из строя материальной части; 32 — об антисоветских настроениях среди личного состава; 21 — по законченным следственным делам на немецких агентов, изменников Родины и вскрытых контрреволюционных группах; 29 — об утрате секретных документов и разглашении гостайны; 228 — об аморальных проявлениях; 42 — о смерти и ранении личного состава военнослужащих в результате чрезвычайных происшествий; 16 — о дезертирстве; 14 — о самоубийствах или покушениях на самоубийство; 12 — о недостатках в продовольственном и вещевом снабжении военнослужащих; 15 — по документам военной цензуры и 45 других сообщений[333].

Вследствие недостаточного опыта организации контрразведывательной работы в боевых условиях в первые месяцы войны агентам противника удавалось проникнуть в части и соединения флота, осесть в их окружении, что в дальнейшем отрицательно сказалось на работе советской контрразведки. Негативное влияние на организацию оперативно-розыскной деятельности морских контрразведчиков в тот период оказала гибель во время боевых действий Особого отдела КБФ. Морские контрразведчики стали нести потери практически с первых дней войны. Так, 27 июня 1941 г. на одном из эсминцев Балтфлота погиб оперуполномоченный Особого отдела младший лейтенант Н.П. Мух-ранов. Большое количество советских контрразведчиков погибло при эвакуации из Таллина в августе 1941 г.

Вместе с жителями Ленинграда офицеры контрразведки Балтийского флота вынесли все невзгоды, обрушившиеся на блокадный город (1941–1944): голод, непрерывные бомбежки, гибель боевых товарищей. Порой смерть настигала сотрудников прямо на рабочем месте. Так, 4 апреля 1942 г. при попадании бомбы во двор Большого дома на Литейном погиб за рабочим столом в служебном кабинете сотрудник Особого отдела КБФ капитан 3-го ранга М.М. Черногоров.

В блокадном Ленинграде морские контрразведчики вели борьбу с разведками противника, выявляли агентов немецкой разведки из числа военнопленных моряков и жителей временно оккупированных советских территорий, особенно районов Ленинградской области, расположенных на южном побережье Финского залива. В 1941–1942 гг. немецкой разведке удалось внедрить в части и соединения флота некоторых захваченных агентов разведотдела штаба КБФ. Этих лиц она перебрасывала в районы флотских баз, расположенных на островах Лавенсаари и Сескар[334], с заданиями выяснить состояние береговой обороны, ее технических средств и гарнизонов. Масштабность заброски агентуры, а также близость фронта к основным базам КБФ создали реальную угрозу проникновения немецких разведчиков на флот и в осажденный Ленинград, поэтому от морских контрразведчиков потребовались значительные усилия по совершенствованию своей работы.

В 1942–1943 гг. в целях локализации деятельности немецкой разведки, ликвидации ее агентуры, действовавшей в советском тылу, и защиты от проникновений на базы КБФ оперсостав стал шире практиковать мероприятия с использованием возможностей зафронтовой агентуры, оперативной техники, а также более широкое применение заградительных мер. Благодаря этим мерам только с марта по май 1943 г. в районах указанных выше островов контрразведка арестовала 19 немецких агентов.

Вместе с тем полученные уже после войны данные свидетельствовали о том, что противнику в 1942–1943 гг. были заранее известны некоторые из подготавливаемых советским командованием планов боевых операций в Финском заливе.

Например, анализ добытых материалов финской разведки свидетельствовал, что выходы советских подводных лодок из Кронштадта на боевые операции довольно точно фиксировались во времени и по маршруту немецкой и финской разведками. Возможно, это и привело к самым большим за весь период войны потерям советского подводного флота, когда за 1942–1943 гг. погибли 18 подлодок КБФ. В частности, 21 октября 1942 г. финской подлодкой «Весихииси»[335] в Аландском море[336] была потоплена подводная лодка С-7[337] под командованием Героя Советского Союза С.П. Лисина. Произошло это в момент всплытия советской подлодки в определенном квадрате, предусмотренном планом боевого похода. Из всего экипажа уцелели четверо, в том числе и командир лодки. 5 ноября 1942 г. финская подлодка «Ветехинен»[338] в Ботническом заливе[339] потопила советскую лодку Щ-305[340] со всем экипажем.