Второй этап осады продолжался с 18 до 30 октября. Имея возможность уничтожить верфь и судоремонтные мастерские, японцы этого не делали, стараясь получить военно-морскую базу целой и невредимой. За время третьего этапа (31 октября-7 ноября) 2-я эскадра интенсивно поддерживала общую бомбардировку с морского направления; почти ежедневно, если позволяла погода, большие корабли выходили на обстрел. Район маневрирования при этом избрали между полуостровом Хайси и группой островов 1жуньшаньдао, чтобы поражать береговые батареи с фланга, а пехотные укрепления и батареи Ильтис с тыла. Предварительно этот район протралили. За пять последних дней обстрела флот выпустил по крепости 180 305-мм, 408 254-мм, 107 203-мм, 190 120-мм снарядов (всего 815).

Главными целями для корабельной артиллерии служили форт Хуйцянь и пехотное укрепление № 1. Отдельные стрельбы проводились по батареям Сяонива и Ильтис. Отмечено одно прямое попадание в тыльную часть купола 240мм установки форта Хуйцянь в момент, когда она была повернута для стрельбы по сухопутному участку фронта. В результате этого попадания вся прислуга погибла, а установку разрушило. Бомбардировками с моря продолжали разрушаться дороги и средства связи.

Японские линкоры по-прежнему вели огонь с предельных дистанций, несмотря на то что берег отвечал уже редко, мины были вытралены, подводных лодок не было, а единственный самолет их не атаковал (на нейтральную территорию Плюшов улетел по приказу коменданта 6 ноября, накануне сдачи крепости). К 6 ноября почти весь артиллерийский боезапас крепости был исчерпан. В ночь с 1 на 2 ноября крейсер "Кайзерин Элизабет" вывели в бухту на глубину 45-55 м и взорвали в одной миле на W от маяка Юной, где уже лежали "Тигр", "Ильтис", "Луке" и "Корморон". В следующую ночь на том же месте была затоплена канонерская лодка "Ягуар", последний из действующих кораблей. 7 ноября германцы выбросили белый флаг и крепость пала.

На переговоры об условиях сдачи японцы прибыли с уже заготовленным текстом, а содержание протокола почти в точности повторяло условия сдачи Порт-Артура. В итоге японский флот потерял 23 офицера убитыми и 1 раненым, 261 нижнего чина убитыми и 31 ранеными; у англичан 1 офицер был ранен, 3 нижних чина убито и 4 ранено. Как видим, основные потери союзными флотами понесены при гибели "Такачихо". В результате этой операции Япония устранила с Дальнего Востока одного из конкурентов, оккупировала одну из самых богатых китайских провинций, приобрела новую военно-морскую базу, лишив тем самым Германию опорного пункта для морской войны с союзниками, снова убедив своё население в оправданности расходов на нужды военноморского флота.

Но 4 февраля 1927 г. в Вашингтоне под давлением представителей США между Японией и Китаем был подписан договор о возвращении Китаю территории Кяочао, по которому Китай получал обратно свои владения при условии возмещения стоимости германских предприятий и последующих вложений в них со стороны Японии, которые были незначительны – японцы с самого начала не были уверены в возможности удержания за собой нового приобретения. Крепость не восстанавливалась. Американцы мирным путем сократили боевые возможности будущих вероятных противников, и Японии пришлось покинуть Циндао.

Сильной стороной японского флота, проявившейся в этой операции, был высокий коэффициент напряжения при его использовании. Японское командование берегло корабли от повреждений и гибели, напряжённо используя людей и механизмы. Как и в прежних войнах с Китаем и Россией, они успешно решили вопросы стоянки кораблей, имевших повышенные степени готовности механизмов и вооружения, на незащищенных рейдах, ремонта материальной части и погрузки топлива, боезапаса, провизии.

И всё это проходило без схода людей на берег и без смены кораблей для профилактического ремонта и отдыха их экипажей в течение почти трёх месяцев. Такие хорошие результаты могли быть только при отменной боевой подготовке в мирное время, когда денег для отработки кораблями задач в море не жалели, с тем чтобы не платить потом более высокую цену кровью своих людей и потерей территорий.

Взятием Циндао и заканчивается участие японского флота в боях с Германией. Основную тяжесть борьбы с эскадрой Шпее и одиночными германскими рейдерами взяли на себя англичане. Японский флот оказывал им посильную поддержку. В итоге хронология нейтрализации германских морских сил на этом театре выглядит следующим образом. "Кайзер Вильгельм дер Гроссе" 26 августа в испанских водах у Золотого берега (побережье Сахары) был потоплен британским бронепалубным крейсером "Хайфлаер" ("Highflyer"). 14 сентября британский вспомогательный крейсер "Кармания" ("Carmania") возле о. Тринидад нанес тяжелые повреждения германскому "Кап. Трафальгару", затопленному собственной командой.

Японские эскадренный броненосец "Хизен" и броненосный крейсер "Асама" вынудили интернироваться в Гонолулу старую канонерскую лодку "Гейер" (1892 г., 1630 т, 16,3 уз, 8 104-мм), ставшую там на якорь 15 октября. На подвиг "Варяга" немцы не решились, слишком были неравны силы. "Кенигсберг", действовавший в водах восточной Африки, 30 октября был заблокирован англичанами в дельте р. Руфиджи, а уничтожен лишь в июле 1915 г.

4 ноября в 350 милях к востоку от британского о. Тринидад в Вест-Индии от внутреннего взрыва погиб "Карлсруэ". "Эмден", захвативший и потопивший 7 английских пароходов в период лишь с 9 по 15 сентября, отвлек на себя многочисленные силы союзников: английские броненосные крейсера "Минотавр", "Хемпшир" ("Hampshire"), вспомогательный крейсер "Эмпресс оф Эзия" ("Empress of Asia"), японский броненосный крейсер "Ибуки", французский броненосный крейсер "Дюплэ" (все они обладали существенным недостатком – меньшей, чем германский крейсер скоростью). Возле французского порта Пондишери "Эмден" ушел от находившихся поблизости "Хемпшир" и "Тикума".

Командир японского броненосного крейсера "Ибуки" просил удостоить его корабль чести выполнить это задание, но, как уже упоминалось, ему недоставало скорости, а его четыре 305-мм и восемь 203-мм орудий смогли бы надежно защитить транспорты в случае появления любого неприятельского рейдера. Правда, эскадра вице-адмирала Шпее находилась в это время за многие тысячи миль от этих мест, почти на другой стороне земного шара, потопив 1 ноября 1914 г. в бою у Коронеля британские броненосные крейсера "Гуд Хоуп" ("Good Норе") и "Монмаут" ("Monmouth"). Конечно, командир японского корабля и сам это понимал, а вызвался идти в поиск, вероятнее всего, лишь из вежливости. Впрочем, "Сидней" в тот день и сам справился с "Эмденом".

Наступал черед и кораблей Шпее. Для поиска противника в Тихом океане Япония сформировала и выслала в море две крейсерские эскадры. Первая, под командованием адмирала Ямата, включавшая в свой состав броненосные крейсера "Курама", "Цукуба" и "Асама" и называемая иногда "эскадрой Южного моря", вышла из Йокосуки 14 ноября. Предполагалось, что она встретится с австралийской эскадрой адмирала Пэти у Каролинских островов и будет действовать к востоку от них. В ноябре на поддержку этой эскадре был направлен и броненосный крейсер "Икома", стоявший к началу войны в Куре и встретившийся с ее кораблями 2 декабря возле Сува (о-ва Фиджи). Шпее теснили на восток, и западная часть Тихого океана была очищена от противника под давлением британских и японских сил, которые немедленно захватили германские базы.