30 января 1939 года Пейпер был произведен в обер-штурмфюреры СС (обер-лейтенанты) и в тот же день назначен 2-м адъютантом рейхсфюрера СС. На этом посту он по долгу службу постоянно находился при Генрихе Гиммлере, выполнял его личные поручения, в том числе занимался связями с комендантами концентрационных лагерей. 1 июня 1939 года ему было поручено исполнение обязанностей 1-го адъютанта рейхсфюрера СС – дело в том, что бывший 1-й адъютант рейхсфюрера СС Карл Вольф получил новое назначение начальником Главного управления «Личный штаб рейхсфюрера СС» и не мог уже в полной мере исполнять свои непосредственные адъютантские обязанности. На этом посту Пейпер оставался во время Польской кампании, сопровождая Гиммлера во время его поездки в Польшу.

В 1938 году адъютант рейхсфюрера СС познакомился с сотрудницей секретариата Генриха Гиммлера Зигурд Хинрихсен (она родилась в 1912 году и была, таким образом, почти на три года старше Йохена).[92] Между молодыми людьми возникла симпатия. Рейхсфюрер всячески приветствовал развитие романа между своими ближайшими сотрудниками – тем более идеальными в расовом отношении. 26 сентября 1939 году состоялась их свадьба, и фройлейн Хинрихсен превратилась во фрау Пейпер. В этом браке родилось трое детей: две дочки – Эльке (родилась 7 июля 1940 года) и Сильке (родилась 7 марта 1944 года) и сын Хинрих (родился 14 апреля 1942 года).

Адъютантские обязанности тяготили Пейпера, и он постоянно обращался с рапортами с просьбой отправить его в действующую армию. Наконец Гиммлер дал согласие, и 18 мая 1940 года Пейпер был откомандирован в «Лейбштандарт» на свою старую должность – командира взвода 11-й роты. При этом должность адъютанта за ним пока была сохранена – Гиммлер лишь разрешил ему принять участие в очередной кампании. К этому времени «Лейбштандарт» уже завершал свои операции в Голландии и начинал переброску на юге к Валансьену. Уже 22 мая французские войска предприняли попытку прорыва, и Пейпер принял участие в боевых действиях – его первым боем стало столкновение у Ваттенберга. На следующий день «Лейбштандарт» включен в группу «Клейст», которая вела бои по периметру немецкой блокады в районе Дюнкерка. 25 мая, проигнорировав «стоп-приказ» фюрера, Дитрих приказал 3-му батальону (в составе которого командовал взводом Пейпер) в четырех местах форсировать канал Ла-Бассе, после чего в течение нескольких дней им пришлось отбивать ожесточенные атаки англо-французских войск. В ночь на 27 мая Гитлер отменил «стоп-приказ», и «Лейбштандарт» ринулся в атаку – на этот день пришлись наиболее тяжелые бои за всю кампанию. В них Пейпер показал себя храбрым офицером и 31 мая 1940 года был награжден Железным крестом 2-го класса, а 1 июня произведен в гауптштурмфюреры СС. Рано утром передовые части «Лейбштандарта» вышли к побережью Ла-Манша – в районе мыса Гри-Не.

В начале июня «Лейбштандарт» вошел в танковую группу «Клейст». 7 июня эсэсовцы форсировали Сомму у Меронна и двинулись на юг, к городу Руай. На следующий день 3-й батальон был придан 1-й кавалерийской дивизии, наступавшей по шоссе Суассон – Шато-Тьерри. 14 июня находившиеся в деревне Этрепилли, солдаты 11-й роты «Лейбштандарта», получили известие о взятии Парижа и отметили это событие колокольным звоном в местной церкви.

18 июня командир 3-го батальона Август Трабандт заболел и был вынужден эвакуироваться в тыл. Его место занял командир 11-й роты гауптштурмфюрер СС с довольно занятным именем – Карл Маркс.[93] Освободившееся место командира 11-й роты временно занял Иоахим Пейпер, через пять дней возглавил подразделение прикрытия. С этого момента почти вся его последующая карьера была связана исключительно с высокомобильными моторизованными и танковыми соединениями. К этому времени кампания уже стремительно катилась к закату, и 24 июня «Лейбштандарт» практически без сопротивления занял Сент-Этьен (юго-западнее Лиона). В ночь на следующий день Дитрих получил уведомление, что боевые действия завершены – Франция капитулировала.

Во время Французской кампании Пейпер был первый раз ранен – осколок гранаты застрял в затылочной области головы, впереди у него было еще много ранений, если судить по выписке из его солдатской книжки за январь 1945 года: их было девять.

После окончания кампании – 20 июля 1940 года, – приняв участие в торжественном параде в Париже, Пейпер вернулся к исполнению обязанностей 1-го адъютанта рейхсфюрера СС. По результатам Французской кампании Пейпер был награжден в том же году Железным крестом 1-го класса (1 июля 1940 года), а также получил Пехотный штурмовой знак в бронзе (7 сентября 1940 года). 14 ноября 1940 года рейхсфюрер СС утвердил гауптштурмфюрера СС Иоахима Пейпера в должности своего 1-го адъютанта, придав этому, так сказать, официальное звучание (причем старшинство в должности ему было установлено с 1 ноября 1939 года). На этой должности он пробыл до начала войны с СССР. Таким образом, при рейхсфюрере СС Пейпер состоял довольно продолжительное время – целых три года. Гиммлер сохранил о своем адъютанте самые теплые воспоминания и впоследствии постоянно оказывал ему поддержку. И хотя в общем-то Пейпер в этом не нуждался, жизнь такое отношение рейхсфюрера значительно облегчало, особенно при назначении на очередную должность.

В середине июня 1941 года пришло печальное сообщение: 11 числа старший брат Йохена, командир 1-й роты разведывательного батальона дивизии СС «Мертвая голова» гауптштурмфюрер СС Хорст Пейпер покончил жизнь самоубийством. Основная версия, которая, впрочем, не стала официальной, говорила, что Хорст поступил так, не будучи в силах справиться со своими гомосексуальными наклонностями, что было неприемлемым для офицера СС.[94]

После начала кампании против СССР Пейпер вновь начал бомбардировать Гиммлера рапортами об отправке на фронт. Рейхсфюрер некоторое время сопротивлялся, но затем признал, что истинный эсэсовец должен тяготиться тыловой службой, в то время как его товарищи проливают кровь на фронте.