В начале 30-х годов он являлся не только референтом местной организации Национал-социалистического союза учителей, но и лектором окружной партийной организации и тайным агентом СД в Мюнхенском университете. Став в 1935 году деканом философского факультета, Вюст заявил о себе как о наиболее реальном претенденте на место ректора Мюнхенского университета. Его научное влияние было помножено на партийный авторитет. Уже в 1933 году он держал под контролем все баварские учебные заведения. Вюста и Гиммлера познакомил генеральный секретарь Аненербе Вольфрам Зиверс — он был знаком с ученым еще со времен своей работы в издательстве Брукмана. Эта историческая встреча произошла в январе 1936 года. Вюст произвел самое благоприятное впечатление на рейхсфюрера. Шеф СС решил привлечь молодого профессора-нациста к участию в «Празднике Генриха»], проводимом силами СС в замке Кведлинбург.

В августе 1936 года Вюст встретился с Гиммлером в доме шефа СС, располагавшемся на озере Тегерн. Там они обменялись мнениями о задачах и целях исследовательского общества «Наследие предков». Точное содержание этой беседы неизвестно, но можно предположить, что Вюст «очаровал» Гиммлера своей эрудицией и научной смелостью. Скорее всего, ученый изложил собственное видение задач Аненербе в рамках культурно-политической деятельности СС. Гиммлер понял, что получил бы гораздо больше, сотрудничая с Вюстом, нежели сохраняя свои отношения с Виртом, От рейхсфюрера не могло ускользнуть и то, что Вюст подчеркнуто негативно высказывался о Вирте. Подобное отношение Вюсг питал к нему не всегда. В начале 30-х годов он, как и многие молодые Германисты, был околдован фантастическими идеями этого исследователя. Так, например, в 1934 году во время диспута о подлинности «Хроник Ура-Линды» Вюст встал на сторону Вирта. Но постепенно его симпатии начали сменяться сомнениями в истинности его теории. Вдобавок ко всему Вюст был разочарован Виртом как человеком и его личными качествами.

Начав сотрудничество с Аненербе, Вюст очень внимательно следил за тем, чтобы его репутация не пострадала от невольных ассоциаций с именем этого ученого-шарлатана. Во время переговоров о вступлении в «Наследие предков» Гиммлер прекрасно понимал, что профессор Вюст наотрез откажется выполнять какие-либо распоряжения Вирта. Поэтому Гиммлер предложил ему занять привилегированную должность представителя Аненербе, а самое главное, дал в решении научных вопросов преимущество перед Виртом. Отныне все лекции, читаемые сотрудниками Аненербе, контролировал именно Вюст. Возглавить одну из структур «Наследия предков» он согласился при ряде условий: во-первых, он не будет зависеть от Вирта; во-вторых, он сможет продолжить в Аненербе свои собственные научные разработки и, в-третьих, он сам сформирует список сотрудников своего отдела. Гиммлер гарантировал, что все его требования будут выполнены.

Это отвечало на вопрос, почему Вюст сразу же согласился присоединиться к исследовательской организации Гиммлера. Но до сих пор неясно, почему он пошел на сотрудничество с нацистами вообще и СС в частности? Этот момент кажется важным хотя бы потому, что после войны Вюст попал в число тех преподавателей высшей школы, против которых были приняты суровые репрессивные меры. Можно выделить четыре группы преподавателей высшей школы, которые активно сотрудничали с нацистами. К первой группе относились такие ведущие теоретики и философы, как, например, А. Боймлер и Э. Крик. Они имели прерогативу самолично подстраивать теорию и практику университетского образования под национал-социалистическую идеологию. Вторая группа состояла, как правило, из «молодежи» периода 1900–1920 годов рождения, которая работала младшими научными сотрудниками в отдельных областях науки, проводя в жизнь национал-социалистические принципы. Третья группа была сформирована из профессуры старой закалки, которая сотрудничала с режимом, желая сохранить свое прежнее положение. Четвертая группа была самой многочисленной — это ученые, которые в 1933 году приняли новый режим, но постепенно дистанцировались от него, став пассивными оппозиционерами. Вальтеру Вюсту не нашлось места в этой схеме — он не являлся представителем ни одной из вышеперечисленных групп.

Вюст хотя и был молод, но уже к 1933 году стал не только профессором, но и корифеем в своей сфере. По мнению бывших сотрудников, его членство в НСДАП было предопределено желанием сохранить свободу научного поиска. Подобно Лангсдорфу и Шляйфу, он находился в весьма натянутых отношениях с Розенбергом и его представителями. Тем не менее ведомство Розенберга пыталось заманить талантливого ученого в свои ряды. Этому должен был поспособствовать профессор Вольфганг Шольц, представитель «Союза борьбы за немецкую культуру» в Мюнхенском университете. Когда в 1936 году Гиммлер только начинал переговоры о вхождении Вюста в Аненербе, Шольц предпринял активную обработку ученого с целью склонить его к сотрудничеству с Розенбергом. В этих условиях Гиммлер был просто вынужден предоставить Вюсту научную независимость, чтобы тем самым обеспечить его присутствие в Аненербе. Как видно, СС, в отличие от других нацистских структур, давали любому ученому, готовому к сотрудничеству, возможность продвинуться вверх по партийной лестнице.

В октябре 1936 года Вюст был назначен главой отдела Аненербе, который отвечал за лингвистические исследования. Эта структура находилась в Мюнхене. Гиммлер сдержал свое слово — он не стал мешать Вюсту преподавать в университете и заниматься собственными исследованиями. Влияние Вюста начало расти только тогда, когда стало ясно, что он являлся официальным выразителем позиции рейхсфюрера СС. Но пока не был решен инцидент с Виртом, это не было очевидным. Да и сам Вюст не всегда понимал, какая роль была отведена ему в гиммлеровском исследовательском обществе.

В целом работа Аненербе внутри СС могла вестись только в двух направлениях. Оно могло заниматься идеологическими разработками и обучением, которые должны были вылиться в своего рода «секуляризованную религиозность». Практические научные результаты, полученные «Наследием предков», можно было использовать для формирования не просто элиты, а мировоззренческого авангарда национал-социалистического режима. Так, исследования Аненербе стали важнейшими общественно-политическими задачами. В то время любые проекты «Наследия предков» были подчинены одной цели — мировоззренческому обучению. Даже раскопки, начатые СС в 1938 году, не имели для Аненербе собственно археологической ценности. Все находки: посуда, украшения, остатки жилищ — должны были быть подтверждением новой картины мира.

Пока Аненербе раздиралось внутренними противоречиями, пока Вирт пытался обосновать свои фантастические идеи, не могло быть и речи о том, чтобы доклады и лекции были как-то стандартизированы и упорядочены. Гиммлер, слабо разбиравшийся в истории, также не мог подготовить какой-либо целенаправленный и комплексный план. В 1937 году Вюсту самому предстояло привести в порядок лекторскую деятельность «Наследия предков». За несколько месяцев до того, как вступить в Аненербе, профессор делал доклад по актуальной тогда теме «Майн кампф» фюрера как зеркало индо-германского мировоззрения». Как рассказывали очевидцы, это сообщение получило положительный отзыв у студенчества и преподавательского корпуса. Уже находясь в составе Аненербе, Вюст, подработав свой доклад, выступал в структурных подразделениях СС с серией лекций по этой тематике. Он говорил о гитлеровском понимании героизма, о духовном опыте «Майн кампф» и, естественно, о духовной базе национал-социализма, основополагающих идеях расизма. Надо сказать, лекции Вюста пользовались успехом. После первых же выступлений он с энтузиазмом говорит, что надо обязательно продолжать доклады. Существовали многочисленные примеры того, что, базируясь на эсэсовской идеологии, Аненербе пыталось выстроить новое, более глубокое мировоззрение, которое должно было стать обязательным для каждого эсэсовца. Начав с обучающих лекций и докладов, исследовательское общество Гиммлера постепенно перешло к изучению культовых форм и практик. Важнейшим инструментом для осуществления «религиозных» обрядов СС должна была стать «сакральная» символика, которая была призвана укреплять «веру» эсэсовцев.