Поскольку Шах Шуя выступил в поход первым, против него была направлена основная часть имперской армии под началом сына Дары Сулеймана Шукоха и раджпутского военачальника Джаи Сингха из Амбера. Они встретили Шую неподалеку от Бенареса при Бахадурпуре в феврале 1658 года и разгромили его, после чего тот бежал вниз по течению Ганга до Монгира. Тем временем другая армия тоже под командованием раджпута Джасванта Сингха из Марвара двигалась к югу, чтобы предотвратить соединение сил Аурангзеба и Мурада, но не успела сделать это и была разбита объединенной армией под командованием Аурангзеба 15 апреля 1658 года у Дхармата. В результате всех этих авантюрных событий все три мятежных царевича отправили письма отцу, заверяя, что единственной целью каждого из них было желание навестить дорогого родителя во время его болезни и что явились они с войском, лишь опасаясь враждебности Дары. Сам Шах Джахан, уже совсем выздоровевший и, возможно, обуреваемый воспоминаниями о трех годах семейной войны, пожелал встретиться с царевичами и обсудить дело на совете. Но Дара после поражения под Дхарматом предпочел удалиться и отвоевывать свою корону в сражениях.

Никколо Мануччи, итальянский канонир и по совместительству также врач на службе у Дары, оставил письменное свидетельство ухода великолепной армии царевича из Агры 18 мая 1658 года. Строй слонов в сверкающей броне и соединения кавалерии заполнили равнину, четкие ряды наконечников копий сияли на солнце, а в центре на высоком слоне сиял торжеством Дара. Но тот же Мануччи признает, что большая часть солдат в этой огромной армии «выглядела отнюдь не воинственно; то были мясники, брадобреи, кузнецы, плотники, портные и так далее». Лучшие силы армии находились в это время на востоке при Сулеймане Шукохе. План Дары заключался в следующем: пройти маршем на юг от Агры до Дхолпура и удерживать под контролем все броды через реку Чамбал, препятствуя переправе войск Аурангзеба и Мурада, пока Сулейман Шукох не подойдет со свежими и хорошо обученными силами.

Но Аурангзеб вовсе не собирался ждать. После быстрого и трудного перехода в сорок миль вниз по реке он обнаружил у Бхадаура еще не охраняемый, малоизвестный брод и переправился на другой берег. Дара, по причинам частью астрологическим, частью продиктованным тщеславием, решил не посылать против изнуренных переходом войск Аурангзеба отряд быстрого действия под командованием одного из своих военачальников, но отступил к Агре, опасаясь охвата с флангов со стороны продолжающих марш частей Аурангзеба. 29 мая обе армии сошлись на песчаной равнине Самугарха, в восьми милях на восток от Агры. Солнце так жгло, что на коже у людей под накаленными латами появлялись волдыри. Битва шла ожесточенно, в один из ее моментов Мурад оказался в полном окружении и был ранен несколькими стрелами, а беседка на слоне, из которой он вел бой, утыкана стрелами, словно дикобраз иглами. В течение нескольких поколений ее хранили в крепости Дели как некий почетный курьез. Однако неопытность Дары и его воинов сделала поражение неизбежным, и сам Дара положил начало панике, когда удача от него отвернулась.

Дара проделал обратный путь в Агру и прибыл туда в девять часов вечера в состоянии полного изнеможения. Он чувствовал себя слишком опозоренным, чтобы повидаться с отцом, хотя и получил от него любезное письменное приглашение; он сидел взаперти у себя в доме до трех часов утра, когда приготовился ускользнуть из города на слонах с женой, детьми, внуками и несколькими рабынями; небольшая кучка сподвижников сопровождала его верхом на лошадях. Шах Джахан прислал нескольких мулов, нагруженных золотыми монетами, и велел правителю Дели открыть двери сокровищницы для своего беглого сына. Перед рассветом беженцы были уже далеко, и, как оказалось, их поспешность была нелишней. Мануччи, галопом прискакавший на следующий день, чтобы присоединиться к Даре на пути к Дели, обнаружил, что дорога уже перекрыта частями армии Аурангзеба, и повернул назад.

Победоносная армия подошла к не обнесенной стенами Агре 1 июня 1658 года, к великому ужасу жителей города. Шах Джахан, находившийся под защитой крепостных стен, прислал дружественную делегацию с приглашением Аурангзебу посетить его. Он также подарил сыну знаменитый меч, называемый Аламгир, то есть «покоритель вселенной» (это звучит сильнее, чем имя Джахангир – «повелитель мира»), и Аурангзеб, став императором, принял для себя это тронное имя. Аурангзеб послал к отцу своего сына Мухаммед Султана с уведомлением, что он посетит Шах Джахана только при том условии, если тот передаст крепость в распоряжение его офицеров. Шах Джахан, естественно, отклонил такое предложение, и Аурангзеб, без всяких околичностей отказавшись от собственных слов, будто он прибыл лишь для того, чтобы находиться у одра болезни отца, взял старого императора в осаду. С этих пор и на дальнейшее Аурангзеб оправдывал собственное поведение тем, что Дара якобы низложил Шах Джахана с целью распространить индуизм и отречься от истинной веры, а он, Аурангзеб, обязан, как правоверный мусульманин, сохранить государство и веру; если Шах Джахан не согласен его поддержать, он должен быть готов к тому, что последствия падут на его голову. Аурангзеб велел установить одно орудие на террасе у Пятничной мечети, а второе в доме Дары, но их выстрелы оказали незначительное воздействие на возведенную в свое время Акбаром великолепную стену из красного песчаника. Тогда один из советников Аурангзеба предложил в качестве более простого средства захватить ворота крепости, выходящие к Джамне, через которые доставляли в крепость всю необходимую ей воду. В колодцах, не используемых годами, вода оказалась горькой, и Шах Джахан терпел такое водоснабжение всего три дня, после чего капитулировал. Перед военачальниками Аурангзеба отворили ворота, и они овладели сокровищами и оружием, накопленными тремя процветающими поколениями.

Шах Джахан был помещен под домашний арест в мраморных покоях гарема, а его стражем и единственным посредником в общении с внешним миром стал его внук Мухаммед Султан. Спустя еще три дня Аурангзеб снова выразил желание посетить отца. Он и в самом деле отправился к нему, восседая на слоне, в торжественной процессии к воротам крепости, но тут его ушей достиг слух о том, что рабыни-татарки, по-прежнему находящиеся в гареме при Шах Джахане, готовятся убить его, едва он приблизится к отцу. Аурангзеб без особой охоты выслушал известие об этой женской угрозе, но почти в то же время явилось куда более существенное доказательство злокозненных намерений его отца. Аурангзебу показали перехваченное письмо Шах Джахана к Даре, в котором император обещал старшему сыну свою неизменную поддержку. Аурангзеб повернул слона и вернулся в свои временные апартаменты в доме Дары, где продолжил приготовления к преследованию брата.

Аурангзеб выступил на север по направлению к Дели 13 июня. За его армией без видимой охоты и на значительном расстоянии следовала армия Мурада. Назревавшая стычка между двумя царевичами теперь уже казалась неизбежной. Зависть Мурада, несомненно, возросла за время, проведенное в Агре, где Аурангзеб играл главную роль, а Мурад, еще не излечившийся от ран, полученных при Самугархе, предавался вынужденному безделью. С другой стороны, армия Мурада росла быстрее, нежели армия Аурангзеба, потому что жалованье солдатам в ней было выше, а дисциплина свободнее. Царевичи держались все более настороженно по отношению друг к другу. Пошли слухи, что Мурад собирается пригласить Аурангзеба к себе в шатер и подчинить его себе, но на деле сам Мурад был обманут ласковым гостеприимством брата 25 июня в Матхуре. Вечером в шатре у Аурангзеба шла веселая дружеская пирушка. Сам Аурангзеб был слишком правоверным мусульманином, чтобы употреблять алкоголь, однако Мурад, как и было задумано, выпил чересчур много. Он почувствовал сонливость и принял предложение Аурангзеба отдохнуть. К нему послали рабыню, чтобы она сделала ему «щампу» (это слово в переводе с хинди означает «массаж»), и убаюканный ласковыми руками девушки Мурад уснул под неусыпной охраной своего евнуха Шахбаза, который в полном вооружении находился в шатре. Но Шахбаза хитростью вынудили выйти из шатра и бесшумно задушили. Пробудившись, Мурад обнаружил, что он обезоружен и окружен. В ту же ночь четыре слона, на спинах у которых были совершенно одинаковые закрытые беседки, покинули лагерь и двинулись в четыре разных стороны света, чтобы ввести в заблуждение любого, кто попытался бы освободить пленника. Тот слон, что устремлялся к северу, доставил Мурада в место его заключения, крепость Салимгарх на острове посреди Джамны возле Дели. Поступив таким образом, Аурангзеб, в отличие от своих безрассудно стремительных братьев, мудро выждал восемь месяцев и объявил себя императором.