Приняв во внимание, что тем не менее в будущем может настать такое время, когда русский народ захочет довести начинавшееся исследование и следствие до полного конца и установления определенной истины трагедии Дома Романовых, подлежавшие выполнению работы по продолжению следствия и расследования мы намечали вести по плану, предусматривавшему единовременное изучение обстоятельств, сопровождавших совершение преступления, по трем направлениям: юридическому, историческому и национальному. При этом каждая отдельная работа в области следственного производства, в области исследования, из которых в будущем должно было создаться общее дело в целом, подлежала изучению и запротоколированию, насколько возможно, во вполне законченном в указанных направлениях виде. Так, если допрашивался свидетель, то допрос не ограничивался только юридической стороной дела, а старался исчерпать данного свидетеля и в целях исторического и национального освещения вопроса, конечно, постольку, поскольку данный свидетель был способен предоставить данные в этом отношении; если изучались надписи на какой-нибудь стене в комнатах дома Ипатьева, то действие не ограничивалось запротоколированием данных надписей, но зафиксировывало их еще фотографическим путем, переводило через специалистов на русский язык, если они были сделаны на иностранном, производило экспертизу почерков, стремилось установить авторов, время производства надписи и обстоятельства, ее сопровождавшие, и т. д.

Таким положением имелось в виду, с одной стороны, использовать проходивших свидетелей и еще сохранившиеся на месте следы преступления насколько возможно полнее, пока работы могли вестись еще в Екатеринбургском районе, и, с другой стороны, представить тем, кому будет суждено в будущем, возможность пользоваться материалами предыдущих работ как вполне исчерпывающими вопрос во всех отношениях и, по возможности, освобожденными от сомнений в их существовании в данное время и от произвольного толкования их значения в истекших событиях.

Работы по расследованию и следствию производились всегда в условиях самого тесного сотрудничества всех лиц, привлеченных к ведению таковых, формально проявлявшегося в жизни всей комиссии в одном помещении, в одном вагоне, в одном пункте. Директивы по расследованию вытекали из материалов и предположений, устанавливавшихся следственным производством, и в сущности лица, работавшие по расследованию, являлись лишь прямыми исполнителями заданий следователя и выполняли работу тех агентов и помощников следователя, которыми в прежнее время являлись чины полиции и назначенные ею агенты и рабочие для различных работ по требованию следователя и прокурорского надзора. Это позволяло сосредоточивать все силы и средства на разработке положений и предположений, строго обосновывавшихся серьезными данными следственного производства, не разбрасываясь и не раскидываясь по отвлекавшим в стороны соблазнам провокационного характера, которые не прекращались во все время, пока производилось следствие и расследование.

В Омске к вещам и документам, собранным в Екатеринбурге и относившимся к делу об убийстве Царской Семьи, по повелению Верховного правителя были присоединены и вещи, собранные генерал-майором Голицыным в Алапаевске и принадлежавшие убитым там Великой княгине Елизавете Федоровне, Великому князю Сергею Михайловичу, князьям Иоанну, Игорю и Константину Константиновичам и графу Владимиру Палею. Кроме того, адмирал Колчак передал в комиссию полученную им еще ранее шкатулку с некоторыми более ценными вещами упомянутых Высочайших Особ. В общем вещей получилось довольно много. Они были сложены по сундукам, чемоданам и ящикам без описей содержавшегося в них, а некоторые вещи и документы, снятые с тела Великой княгини, Великого князя и князей, не были в свое время продезинфицированы, почему теперь часть их совершенно испортилась под влиянием оставшихся на них отделений разложения. Шапки, пальто и обувь Великого князя и князей после судебного осмотра их и занесения в протокольные постановления пришлось сжечь за невозможностью приобрести в Омске герметическое хранилище достаточных размеров для дальнейшего их хранения. Обезвредить разложение дезинфекционным путем уже не представлялось возможным.

Из вещей, собранных в Екатеринбурге, прежде всего были отобраны те вещи и документы, которые были найдены при осмотрах дома Ипатьева, дома Попова, помойной ямы во дворе дома Ипатьева, при исследовании и розысках в районе Ганиной ямы, в комнатах бывшего областного совета и в почтово-телеграфной конторе. Все эти вещи и документы по существу являлись вещественными и документальными доказательствами по делу, и потому все они подверглись детальному обследованию, изучению и описанию. Главнейшие и необходимейшие из них по следственному указанию подвергались, кроме того, экспертизе специалистов, научным анализам, фотографированию и подробному протокольному описанию. По исследовании всех этих вещей в следственном отношении большая часть их, в том числе представлявшая большую материальную ценность, была внесена в новые описи, вновь уложена, упакована, запечатана и передана по указанию Верховного правителя на хранение в надежное место, так как сохранять при себе все это ценное в историческом и национальном отношениях имущество, представлявшее реликвии погибшей Царской Семьи, комиссия не считала обеспеченным.

После этого были разобраны вещи, отобранные от бывших охранников и их семей и знакомых в Екатеринбурге, Верх-Исетском и Сысертском заводах, а равно вещи и документы, оставшиеся в каретнике дома Ипатьева и в кладовой Волжско-Камского банка. Насколько позволило время, письма, дневники и книги, принадлежавшие членам Царской Семьи и погибшим с ними приближенным, мы просмотрели и использовали как материалы исторического и национального значения, но в общем бегло, оставляя эту область исследования на будущее в обстановке более благоприятной, чем та, в которой велось следственное производство. Этим вещам и документам были также составлены подробные описи и списки, после чего их снова уложили в особые ящики, упаковали, запечатали и сдали на хранение туда же, куда были переданы и вышеуказанные вещи.

Разборка и изучение вещей и документов, оставшихся после убитых членов Царской Семьи, дали для следствия несколько очень ценных и характерных указаний, изложенных ниже.

1. Среди вещей Царской Семьи, найденных как в комнатах дома Ипатьева, так и в каретнике при этом доме, не оказалось ни одной вещи из носимого белья, одежды, платьев, обуви и верхней одежды. В то время как в буфете столовой нашлось 57 икон и образков, принадлежавших членам Царской Семьи, ни в комнатах, где они жили, ни в кучах разбросанных вещей и в развороченных ящиках в каретном сарае не было ни одного чулка, ни одной тельной рубашки, ни носового платка, ни башмака, ни шляпы, – словом, ничего из одежды и белья. Все эти вещи были вывезены Исааком Голощекиным и Янкелем Юровским начисто.

При исследовании этого обстоятельства удалось установить следующие факты: разводящий охранной команды Анатолий Якимов и охранник Филипп Проскуряков рассказали, что названные руководители преступления, уезжая из Екатеринбурга в Москву, кроме драгоценностей, принадлежавших Царской Семье и снятых с ее членов после убийства, главным образом собирали, упаковывали и отправляли на вокзал белье, обувь и одежду Августейшей Семьи. Далее из счетов комиссара, бывшего кронштадтского матроса Хохрякова, перевозившего вместе с комиссаром Родионовым Царских детей из Тобольска в Екатеринбург, выясняется, что со вторым эшелоном Царской Семьи было перевезено багажа 2700 пудов. Ныне все собранные в Екатеринбурге вещи составляли груз едва в 150 пудов, или, значит, почти ничего из всего имущества Царской Семьи, привезенного из Тобольска. Что счет Хохрякова правилен, тому служат подтверждением расписки, приложенные к счету по упаковке вещей, переноске их, перегрузке в Тюмени, перевозке на пароходе, по железной дороге и на возчиках в Екатеринбурге. Кроме того, Филипп Проскуряков, со слов бывшего с ним на вокзале при отъезде из Екатеринбурга охранника Таланова, свидетельствует, что вещами из дома Ипатьева комиссары наполнили три больших американских товарных вагона.