На юге продолжались бои, в которых активное участие приняла узбекская авиация, бомбившая не только Калаихумбский район Дарваза, но и некоторые районы Бадахшана.

6 ноября в Таджикистане, а также на единственном участке для голосования в Москве прошли выборы президента республики. Как и ожидалось, президентом был избран Э. Рахмонов.

В течение последующих недель, вплоть до начала 1995 года, продолжались отдельные стычки и операции в приграничной полосе юга Таджикистана, а также в Бадахшане, причем противоборствующие стороны последовательно обвиняли друг друга в нарушении подписанных договоренностей о прекращении огня. При этом оппозиция возлагала особую вину на российские погранвойска.

В 1995 году военно-политическая обстановка в Таджикистане не претерпела существенных изменений. В течение всего года продолжались попытки проникновения на территорию республики отдельных групп боевиков или более крупных отрядов из Афганистана, обстрелы застав и пограничных постов с сопредельной территории и т. д.

Однако дважды в течение года военная обстановка существенно осложнялась, и боевые действия приобретали широкомасштабный характер. Так, в начале апреля существенно обострилась обстановка в Бадахшане. Это было вызвано тем, что еще в октябре прошлого (1994-го) года Душанбе, в нарушение соглашения о временном прекращении огня, ввел в Калаихумбский район (Дарваз) батальон правительственных войск, который решил навести «порядок» в селении Дашти-Язгулем (в зоне, контролируемой силами самообороны Бадахшана). Отряд самообороны под командованием полевого командира Зайниддина не только отбил наступление, но и предпринял контратаку, в результате которой противник с большими потерями отошел к близлежащему кишлаку Хихик. В этих боях погибло 24 таджикских и казахских военнослужащих.

В середине октября существенно обострилась обстановка в Тавильдаринском районе в результате начавшихся широкомасштабных действий правительственных сил. 22 октября правительственные войска предприняли попытку силой отбить в Тавильдаре 57 военнослужащих, 14 октября захваченных в плен оппозицией. В этих боях участвовало свыше 500 солдат при поддержке 10 единиц бронетехники. В боях была отмечена узбекская авиация, бомбившая несколько селений. Правительственным силам противостояли около 1,5 тысячи боевиков.

9 ноября в Тавильдару был выброшен тактический вертолетный десант из 50 человек, который был почти полностью уничтожен. 8 и 9 ноября узбекская авиация бомбила расположения отрядов оппозиции в Гармском районе, а 10 ноября, по оппозиционным источникам, около 100 солдат и офицеров сдались в плен командиру одного из оппозиционных отрядов Мирзохудже Низомову.

21 ноября в 15:30 правительственные силы вновь предприняли наступление на Тавильдару. В нем участвовало около 500 солдат и офицеров, а также 21 танк и другая бронетехника.

Военно-политическую обстановку в Таджикистане существенно осложнили все более обостряющиеся противоречия внутри правящей коалиции. Эти противоречия в начале сентября вылились в вооруженные «разборки» в Хотлонской области между бывшими народофронтовцами.

Кульминацией этих событий стали бои 17 сентября между 1-й и 11-й бригадами Минобороны Таджикистана, сформированными в 1993 году на базе отрядов Народного фронта. 1-й бригаде при поддержке танков и артиллерии удалось ворваться на территорию военного городка 11-й бригады, после чего командир последней Усман Мурчаев бежал в один из окрестных кишлаков.

За время этих столкновений, по официальным данным, погибло 28 военнослужащих, по неофициальным — не менее 200 человек.

Власти Таджикистана были вынуждены принять решение о расформировании обеих бригад и создании на их базе одной.

Крайне сложной продолжала оставаться криминогенная обстановка, в том числе и связанная с наркотиками. За 1995 год российскими пограничниками было обнаружено и изъято при досмотрах свыше 2 тонн наркотического сырья, 70 % которого составлял опий-сырец.

В весьма плачевном состоянии находилась экономика страны. Ситуация осложнялась действиями Узбекистана, который 28 июля прекратил подачу газа в южные районы, мотивируя это задержкой выплат таджикского долга, достигшего 146 млн долларов. В результате оказался парализован ряд крупных предприятий, в том числе Яванский химический и Вахшский азотно-туковый заводы. Тогда этот вопрос был урегулирован, но уже 6 октября Узбекистан вновь перекрыл поставки газа в Таджикистан. В южных горных районах фактически начался голод.

Экономическая ситуация усугублялась катастрофической эпидемиологической обстановкой, в частности развитием эпидемии дифтерии, в результате которой тысячи людей заболели и сотни — умерли.

23 мая начался четвертый, алма-атинский, раунд межтаджикских переговоров, который открыл специальный посланник генсека ООН Р. Пирис-Баллон. Недельные переговоры не принесли каких-либо результатов, кроме договоренности о продлении соглашения о прекращении огня.

30 ноября после более 2-месячных проволочек в Ашхабаде состоялось открытие 5-го раунда межтаджикских переговоров. В процессе последовавших консультаций оппозиция предложила направить в Тавильдару специальную комиссию, однако глава правительственной делегации Таджикистана М. Убайдуллоев заявил, что никаких военных операций власти не проводят, что «в Таджикистане вообще нет никакой войны». Одновременно правительство активизировало боевые действия, в том числе в районе Куляба и Шуроабада, с целью достижения военного преимущества и получения возможности давления на делегацию Объединенной таджикской оппозиции.

Лишь 18 декабря смогло начаться первое пленарное заседание 5-го раунда, но в тот же день переговоры были прерваны и отложены до середины января 1996 года.

Только в конце 1996 года начались переговоры, которые стали приносить конкретные результаты. Серьезные военные неудачи и усиление внутренней оппозиции заставили правительство Э. Рахмонова и его главного «спонсора» — Россию активизировать усилия в деле достижения политического урегулирования, на котором настаивал и Иран.

11 декабря на встрече в афганском городе Талукан были выработаны основные положения соглашения о политическом урегулировании, а 24 декабря 1996 года в Москве Эмомали Рахмонов, Сайд Абдулло Нури и специальный представитель Генерального секретаря ООН Герд Дитрих Меррем подписали политическое соглашение и протокол к нему. В числе прочего, была образована на пропорциональных началах Комиссия национального примирения (КНП), которая должна действовать в течение полуторагодичного переходного периода. Объем ее функций включал возвращение беженцев и реорганизацию государственного аппарата.

Урегулирование конфликтной ситуации в Таджикистане стало основной темой встречи в столице Республики Кыргызстан — Бишкеке президента Эмомали Рахмонова, лидера Объединенной таджикской оппозиции Сайда Абдулло Нури и представителя Генерального секретаря ООН по Таджикистану Герда Меррема, состоявшейся 16–18 мая 1997 года.

27 июня 1997 года была поставлена точка в пятилетней гражданской войне. Президент Таджикистана Эмомали Рахмонов и лидер Объединенной таджикской оппозиции (ОТО) Сайд Абдулло Нури в присутствии Президента РФ Бориса Ельцина подписали «Общее соглашение по установлению мира и национального согласия в республике». Оно подвело итог переговорам и закрепило обязательства сторон по выполнению всех ранее достигнутых договоренностей, направленных на поэтапное и полное урегулирование конфликта. Под документом поставили подписи также главы МИД стран-наблюдателей на межтаджикских переговорах — Ирана, Казахстана, Киргизии, Пакистана, Узбекистана, Туркмении, Афганистана и России, а также представители ООН, ОБСЕ, Организации Исламская конференция.