До последних дней июля 1912 года на белоснежную красавицу «Св. Анну», стоявшую на якоре на Неве, грузили снаряжение и продовольствие. Продовольствие брали с большим запасом — с расчетом на полтора года на 30 человек. Рацион был хорошо продуман: пять сортов мяса, пять сортов масла, десять сортов муки и крупы, много консервированных фруктов и овощей…

Но перед самым выходом в плавание неожиданно возникли трудности с экипажем, прежде всего с командным составом. По первоначальному замыслу Г. Л. Брусилов намеревался иметь две группы вахтенных офицеров, как на военно-морском флоте, каждую из офицера флота и штурмана, офицер командует маневрами судна, штурман ведет счисление пути. Штурманами в экспедицию были приглашены В. Альбанов и В. Бауман, первую вахту Г. Л. Брусилов собирался стоять сам, на вторую был приглашен лейтенант Н. Андреев, который согласился на участие в экспедиции с условием, что он тоже станет пайщиком акционерного зверобойного товарищества. Но незадолго до отплытия А. Н. Брусилова, фактически являвшаяся полноправной владелицей судна, а значит, и самой экспедиции и имевшая на экспедицию далеко идущие коммерческие планы, потребовала от Г. Л. Брусилова, чтобы мелкие акционеры вышли из дела, оставаясь на судне лишь наемными служащими. Надо заметить, что сам же Г. Л. Брусилов планировал коммерческую сторону экспедиции только потому, что без этого была невозможна сама организация экспедиции, сам он в такого рода делах был совершенно неопытен. Н. Андреев, в отличие от него, тоже видящий в организации экспедиции прежде всего коммерческий смысл, сразу не высказал своего окончательного решения по поводу этого заявления, но к отходу судна из Петербурга не явился, уклончиво пообещав присоединиться к команде на Мурмане.

Экспедиция Г. Л. Брусилова с самого начала, еще не начавшись, была обречена на трагический исход. Трагедия крылась в самой организации экспедиции, и может, первым виновником будущей беды была ее основная «благотворительница». Казалось, все было направлено против экспедиции, кончая природой — необычайно суровой ледовой обстановкой в Арктике в том году. Потому был дорог не только каждый месяц, каждый день и час промедления уменьшали шансы на сколько-нибудь успешный исход. Но наконец вроде бы все неурядицы со сборами позади. Но тут возникла еще одна непредвиденная загвоздка, из-за которой было потеряно столько драгоценного времени. Она была вызвана вдруг всплывшей необходимостью разрешить с Министерством финансов вопрос пошлинного обложения. Оказалось, о чем Г. Л. Брусилов до этого слышать не слышал, что по существовавшему тогда законодательству любое приобретенное за границей судно облагалось налогом в целях поощрения отечественного судостроения. Пошлина была очень высока — из расчета 12 рублей на каждую тонну водоизмещения. А это более 12 тысяч рублей, то есть более половина суммы, за которую была приобретена «Св. Анна» Только при помощи благожелательно настроенной к экспедиции прессы и влиятельных сослуживцев отца наконец удалось утрясти и этот вопрос. Но драгоценное время было потеряно.

Только 28 июля (10 августа) 1912 года «Св. Анна» — наконец-то! — вышла из Петербурга. Огибая Скандинавию, она заходила в датские и норвежские порты для приобретения недостающего китобойного снаряжения и для экскурсий пассажиров, взятых на вполне комфортабельное судно в качестве туристов до первого русского порта, таким образом планировалось тоже утяжелить казну зверобойного товарищества, из Архангельска они должны были вернуться в Петербург железной дорогой. В Дании на борт судна поднялась вдовствующая императрица Александра Федоровна, мать императора Николая II. Г. Л. Брусилов 27 августа из Трандгейма писал по этому поводу своей матери: «…здесь я запасся всем необходимым для китобойного дела и зверобойного. Следующий порт Тромсе, потом Варде и Александровск. В Архангельск совершенно нет времени зайти. Очень жаль, что в подробностях не могу описать посещение императрицы. Сначала я был у нее, потом она приехала ко мне на судно и осматривала все, говорила с командой…»

«Св. Анна» зашла, чтобы окончательно загрузиться углем, водой, продовольствием, снаряжением и забрать последних членов экипажа. На Г. Л. Брусилова свалилась, правда, уже не столь неожиданная, но убийственная весть: лейтенант Н. Андреев и еще двое пайщиков, в том числе доктор, отказались от участия в экспедиции. По болезни или под предлогом болезни отказались от экспедиции механик, штурман В. Бауман (впрочем, штурманом его можно было назвать с некоторой натяжкой, он не был профессиональным моряком, а всего лишь членом «Петербургского кружка любителей спорта», знавшим штурманское дело) и несколько матросов. Экспедиция была на грани краха, она могла закончиться, так и не начавшись. Г. Л. Брусилов посоветовался с В. И. Альбановым, который оставался кроме него, Брусилова, единственным офицером на судне, и решили, что они будут стоять на вахте поодиночке поочередно, а вместо списавшихся на берег матросов Г. Л. Брусилов принял на судно несколько оказавшихся в Александровске-на-Мурмане без работы архангельских поморов.

Но была еще одна, казалось, неразрешимая проблема: уходить в тяжелое полярное плавание, где на всяком шагу грозили опасности, без врача? Неожиданно исполнять обязанности врача вызвалась одна из пассажирок — двадцатидвухлетняя Ерминия Александровна Жданко, отправившаяся в плавание на «Св. Анне» из Петербурга до Александровска-на-Мурмане лишь потому, что врачи ей, страдающей малокровием, рекомендовали лечение морским воздухом. Почему она отправилась в морское путешествие именно на «Св. Анне»? Потому что она была дальней родственницей Г. Л. Брусилова, к тому же приходилась племянницей начальника Гидрографической экспедиции Тихого океана, известного гидрографа М. Е. Жданко. Она закончила самаритянские курсы сестер милосердия и, глубоко переживая положение безвыходности, в котором оказалась экспедиция, предложила себя в экспедицию в качестве доктора.

Г. Л. Брусилов пытался ее отговорить: она сама нуждается в лечении, к тому же это не женское дело, одна среди двух десятков далеко не интеллигентных, даже грубых мужчин и не представляет все трудности экспедиции, не говоря уж о матросском поверье, что женщина на экспедиционном судне не к добру… Но она была упорна, и он, внутренне радуясь такому выходу из создавшегося положения, вынужден был с ней согласиться. В письме матери, в последнем письме, отправленном им 14 сентября уже из Югорского Шара, Г. Л. Брусилов так описывает события последних дней: