На следующей, броневой, палубе располагались практически все помещения для матросов, в том числе кубрики и столовые. Их площадь сильно ограничивалась дымоходами и барбетами башен главного калибра. Единственным „нежилым“ помещением на этой палубе (официально — палубе твиндека) являлась запасная радиорубка. По стандартам других стран, особенно американским, помещения для команды на „хипперах“ были слишком тесными и неудобными. Впрочем, такие замечания высказывались и в адрес японских крейсеров, да и у британцев и французов на большинстве кораблей проблемы размещения личного состава стояла весьма остро. Поэтому оценки победителей являются весьма и весьма пристрастными. Правда, у немцев имелись свои дополнительные проблемы с размещением людей. Во-первых, сам по себе экипаж был весьма многочисленным. Во-вторых, постоянное нахождение на кораблях сверхкомплектного персонала зачастую приводило к тому, что он был вынужден размещаться на боевых постах и во время отдыха.

Верхняя палуба имела значительное возвышение к форштевню. В большей части она выполнялась из броневой стали, а сверху покрывалась толстой обшивкой из тиковых брусьев (на полубаке — 8,5 см, в остальных частях — 5,5 см).

В соответствии с тактическими рекомендациями тяжелые крейсера получили башенноподобную многоуровневую переднюю надстройку, очень сильно напоминавшую аналогичные „сооружения“ на строившихся германских линкорах (типов „Шарнхорст“ и „Бисмарк“). В совокупности с одинаковой формой корпуса и единственной массивной дымовой трубой „хипперы“ имели очень похожий внешний вид и удачно „маскировались“ под более мощные боевые единицы, что по мнению Редера и других адмиралов Кригсмарине могло сбить с толку противника. И действительно, в начальные моменты боя в Датском проливе 24 мая 1941 года английские наблюдатели на „Худе“ спутали „Ойгена“ с „Бисмарком“; адмирал Холланд приказал сосредоточить огонь на головном крейсере, что в той или иной степени сказалось на трагическом для него исходе сражения.

В нижней надстройке, простиравшейся от 1-го до 4-го барбета, львиная доля пространства приходилась на все те же дымоходы, а также ангары и вспомогательные помещения для авиаоборудования. Оставались две зоны: спереди, где находился медицинский блок, и сзади, где шли каюты командного состава. Еще далее в корму, сразу за барбетом кормовой возвышенной башни, помешалась обширная кают-компания, где одновременно могли обедать до 60 офицеров. Медчасть крейсера имела хорошее оборудование и включала специальные помещения для операционной и рентгеновского кабинета.

Второй уровень надстройки в корме целиком выделялся „святая святых“ — блоку помещений командира корабля. Там имелись кабинет, спальня и ванная, практически идентичные адмиральским помещениям, расположенным в той же надстройке по правому борту. В блок адмиральских помещений кроме того входила еще и большая приемная, использовавшаяся в качестве зала для важных совещаний. Аналогичный уровень носовой надстройки использовался для кают командного состава корабля. В этом отношении немцы отступили от многовековой морской традиции, в соответствии с которой весь командный состав сосредотачивался в корме. (Для этого на „хипперах“ просто не было места.)

Нижний уровень носовой надстройки включал каюты для вахтенных офицеров, а также первого и второго штурманов, присутствие которых в рубке могло оказаться нужным в любую минуту. Им не приходилось далеко бежать по тревоге — штурманская рубка примыкала к обеим каютам. Над этой рубкой находился пост гидроакустики и боевой информационный центр (БИЦ). Еще выше размещался рулевой мостик, представлявший собой большую открытую платформу с ветровым щитом в носовой части. С обоих бортов платформа оборудовалась еще одной характерной особенностью больших кораблей Германии — узкими и длинными раскладными крыльями, значительно увеличивающими обзор и использовавшимися при маневрировании в стесненных условиях, обычно в портах и на подходах к ним. В открытом море и в бою крылья, представлявшие собой хрупкие конструкции, складывались.

В боевых условиях крейсер должен был управляться из броневой боевой рубки, но в остальное время рулевой пост располагался в находящемся над передней частью боевой рубки маленьком и тесном помещении, единственным преимуществом которого являлась крыша над головой рулевых и вахтенных офицеров. Интересно, что вместо обычного рулевого колеса рациональные немцы использовали 2 кнопки, соответствовавшие перекладке руля вправо и влево. Другой любопытной особенностью являлся перископ, позволявший вахтенному офицеру непосредственно со своего места рассматривать карту, находившуюся на штурманском столе ниже „этажом“. В забитой до отказа рулевой рубке имелись компасы обоих типов — гирокомпас и магнитный, а также аппаратура внутрикорабельной связи. Аналогичное, но более совершенное и обширное оборудование помешалось в броневой рубке, предназначенной для самых ответственных моментов, когда крейсер вступал в бой.

Высокая башенноподобная структура носовой надстройки включала боевые адмиральские помещения, сигнальные посты и многочисленные посты управления системами вооружения. Там же имелся метеорологический пост. Немцы придавали особое значение „службе погоды“ непосредственно на корабле, и метеоролог получил просторную рубку и вполне приличную каюту рядом с ней.

Третий крейсер несколько отличался по внутреннему расположению от предшественников. Каждый из отсеков машинно-котельной установки (МКУ) удлинили на 0,8–1,3 м, чтобы несколько сгладить выявившуюся к тому времени чрезвычайную тесноту этих помещений. Также был удлинен ангар, в каждом из крыльев которого теперь располагалось по два самолета вместо одного. Для подобного расширения пришлось изменить расположение катапульты, которая уже не помещалась между ангаром и грот-мачтой. Ее сместили в нос от ангара вместе с кранами для гидросамолетов. В результате такой „рокировки“ пришлось значительно изменить и расположение внутренних помещений носовой надстройки.

Германская система учета нагрузки корабля включала 4 группы, относящиеся к корпусу: SI — стальные элементы конструкции (в основном из стали ST52), исключая броневой пояс по ватерлинии, SII — крепления и вспомогательные элементы, SIII — деревянные части корпуса и SIV — окраска, а также элементы вооружения и оборудования: А — Артиллерия, Т — торпедное вооружение и оборудование, F — гидросамолеты и авиационное оборудование, Spr — мины и устройства для их подачи и постановки, N — навигационное оборудование и приборы. Кроме того, в отдельные группы М сводились веса механизмов, причем распределение их между этими группами несколько отличалось от принятых в других флотах. Так, в группу MI входили не только главные котлы и механизмы, но также и вспомогательные механизмы, трубопроводы, валы и винты и даже дымоотводы, а в группу МII — вспомогательный котел, опреснительное оборудование, оборудование кухонь, прачечных, холодильников для пищи, систем вентиляции кают и кубриков и других устройств для обслуживания команды, и такие корабельные системы, как приводы управления рулями и якорными шпилевыми устройствами, системы сигнализации и навигации (гирокомпасы, сирены и т. д.). Внутри каждой из групп нагрузка в свою очередь распределялась по отделам. В результате в разных источниках фигурируют различные сводные цифры, полученные в результате попыток просуммировать их по более привычным для других стран категориям.